C2150: Zpracování informací a vizualizace v chemii
Program PyMOL
	
  	
  
PyMOL – taje příkazové řádky
1. Otvírání	
  a	
  získávání	
  struktur	
  
load /home/martinp/C2150/structs/mbco.pdb
fetch 3rfm	
  
2. Výraz	
  výběru	
  
Slouží	
  jako	
  parametr	
  pro	
  mnoho	
  příkazů	
  a	
  lze	
  jej	
  většinou	
  použít	
  jako	
  
zastoupení	
  objektu.	
  Základní	
  výrazy	
  naleznete	
  v	
  CheatSheetu	
  nebo	
  na	
  
wiki	
  (http://www.pymolwiki.org/index.php/Selection_Algebra).	
  
	
  
Ukázkový	
  příklad:	
  
Stáhněme	
  (fetch	
  3ln1)	
  si	
  strukturu	
  3LN1	
  z	
  PDB	
  databáze.	
  Skryjeme	
  (hide	
  lines)	
  
dratový	
  model	
  a	
  zobrazíme	
  (show	
  cartoon)	
  pouze	
  cartoon.	
  Řetězec	
  A	
  obarvíme	
  
(color)	
   na	
   červeno,	
   B	
   na	
   modro,	
   C	
   na	
   žluto	
   a	
   D	
   na	
   oranžovo.	
   Skryjeme	
   vodu	
  
(select	
   resn	
   HOH)	
   a	
   uložíme	
   vyrenderovaný	
   (ray	
   x,y;	
   save	
   img.png)	
   obrázek	
   o	
  
velikosti	
  rozlišení	
  plochy.	
  (Teď	
  si	
  obrázek	
  uložíme	
  jako	
  pozadí	
  plochy.)	
  
Přidáme	
   zobrazení	
   (show	
   surface)	
   povrchu	
   a	
   změníme	
   (set	
   transparency,	
   0.5)	
  
průhlednost	
  povrchu	
  na	
  hodnotu	
  0.5.	
  Uděláme	
  si	
  další	
  obrázek.	
  
Nyní	
   na	
   sebe	
   přiložíme	
   a	
   změříme	
   RMS	
   pro	
   řetězec	
   C	
   a	
   D.	
   Vytvoříme	
   si	
   dva	
  
objekty	
  a	
  použijeme	
  funkci	
  super.	
  
Teď	
  vybereme	
  pouze	
  řetězec	
  A	
  a	
  vytvoříme	
  (create	
  chainA,	
  chain	
  A)	
  z	
  něj	
  nový	
  
objekt	
   s	
  názvem	
   chainA.	
   Původní	
   objekt(y)	
   skryjeme	
   a	
   pak	
   odstraníme	
   (delete	
  
chainC	
   chainD	
   3ln1).	
   Všechny	
   heteroatomy	
   zobrazíme	
   pomocí	
   tyčinkového	
  
modelu	
  (sticks)	
  a	
  obarvíme	
  pomocí	
  elementu.	
  Přidáme	
  vodíky	
  (h_add).	
  Dle	
  PDB	
  
naznačíme	
  interakce	
  celecoxibu.	
  A	
  uděláme	
  další	
  obrázek.	
  
	
  
Odstraníme	
   ostatní	
   heteroatomy	
   kromě	
   celecoxibu.	
   Ten	
   vyextrahujeme	
   do	
  
samostatného	
  objektu.	
  A	
  spustíme	
  redokování.	
  
	
  
Úkol	
  1:	
  
Stáhněte	
  protein	
  1ynw	
  a	
  udělejte	
  obrázek.	
  
	
  
Úkol	
  2:	
  
Stáhněte	
  strukturu	
  adenosinového	
  receptoru	
  (3rfm),	
  vizualizujte	
  interakci	
  
kofeinu	
  s	
  receptorem	
  a	
  uložte	
  obrázek.	
  
	
  
Úkol	
  3:	
  
Porovnejte	
  strukturu	
  řetezce	
  A	
  oxy-­‐	
  (1hho)	
  a	
  deoxyhemoglobinu	
  (2hhb).	
  Uložte	
  
obrázek.	
  
	
  
Úkol	
  4:	
  
Redokujte	
  do	
  adenosinového	
  receptoru	
  A2A	
  (2ydo)	
  adenosin	
  a	
  poté	
  dokujte	
  
kofein.	
  Porovnejte	
  interakce	
  a	
  vytvořte	
  obrázek.