C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 21. února, 2014 -1Petr
Kulhánek
petr.kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul
&
CEITEC – Středoevropský technologický institut
Univerzitní kampus Bohunice, Pavilon A4
Masarykova Univerzita
Kamenice 5, Brno
Výpočetní chemie
Skupina LCC
LCC Laboratory of Computational
Chemistry
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 21. února, 2014 -2Výpočetní
chemie
reálný problém
(chování chemického systému na
makroskopické úrovni)
molekulární podstata
(chování chemického systému na
mikroskopické úrovni)
experiment
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 21. února, 2014 -3Výpočetní
chemie
reálný problém
(chování chemického systému na
makroskopické úrovni)
molekulární podstata
(chování chemického systému na
mikroskopické úrovni)
experiment
)()(ˆ rr kkk
EH  
i
i
i
r
V
m
dt
rd



)(
2
2
R



k
Tk
U
b
b
k
eTkA a další ....
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 21. února, 2014 -4Výpočetní
chemie
reálný problém
(chování chemického systému na
makroskopické úrovni)
molekulární podstata
(chování chemického systému na
mikroskopické úrovni)
experiment
výpočet



k
Tk
U
b
b
k
eTkA
)()(ˆ rr kkk
EH  
i
i
i
r
V
m
dt
rd



)(
2
2
R
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 21. února, 2014 -5Výpočetní
chemie
Výpočetní chemie (Computational Chemistry, počítačová chemie)
výpočetní
chemie
“rozlišení”
Výpočetní chemie může doplnit experimentální výsledky pomocí počítačových simulací
studovaných systémů s atomovým rozlišením a získat tak ucelený a konzistentní pohled
na studovaný problém.
experiment
“přesnost”
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 21. února, 2014 -6Kdo
jsme ...
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
1 profesor
5 výzkumných asistentů
3 post-doc studenti
14 doktorských studentů
20 bakalářských a magisterských studentů
Mgr. Martin Prokop, Ph.D.
E-mail: martin.prokop@ceitec.muni.cz
Expertise: Software dev, Dockig
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
E-mail: petr.kulhanek@ceitec.muni.cz
Expertise: QM, QM/MM, MD, Free Energy
RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
E-mail: radka.svobodova@ceitec.muni.cz
Expertise: Chemo and Bioinformatics
RNDr. Robert Vácha, Ph.D.
E-mail: robert.vacha@ceitec.muni.cz
Expertise: MD, MC, Coarse Grain, Free Energy
Mgr. Stanislav Kozmon, Ph.D.
E-mail: stano@chemi.muni.cz
Expertise: QM, QM/MM
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 21. února, 2014 -7Kam
patříme ...
Masarykova univerzita VUT MENDELU VUVELVFU IPM
CEITEC
Přírodovědecká fakulta CEITEC-MU
NCBR
Strukturní
biologie
LCC
Skupina výpočetní chemie
Spolupráce:
Ústav chemie, Ústav biochemie,
RECETOX, Skupina
Glycobiochemie, Skupina NMR,
a další ...
Studijní obory:
Chemie, Biochemie, Strukturní
chemie, Biomolekulární chemie,
Chemoinformatika a
bioinformatika
http://lcc.ncbr. muni.czhttp://ncbr. muni.cz
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 21. února, 2014 -8Výpočetní
zdroje ....
MetaCentrum/CERIT-SC
• Národní gridová infrastruktura
• ca 6000 CPU jader
• CEITEC/NCBR vlastní zdroje cca 1000
CPU jader
• 5 x 100 TB úložných diskových polí
http://www.metacentrum.cz/
http://www.cerit-sc.cz/
Účet může získat student libovolné vysoké školy.
C2110 Operační systém UNIX a základy
programování
C2115 Praktický úvod do superpočítání
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 21. února, 2014 -9Co
děláme …
"malé" komplexy
biomolekulární
systémy
průchod nanočástice membránou
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 21. února, 2014 -10Vyvíjený
software
SiteBinderMoleTriton EEM
Více na: https://lcc.ncbr.muni.cz
NEMESIS
TRITON
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 21. února, 2014 -11-
Kontakty
Laboratoř výpočetní chemie
http://lcc.ncbr. muni.cz
Semináře LCC skupiny každý čtvrtek
v 10 hodin v místnosti A4/2.11
C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I – cvičení
C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II
C8856 Počítačová chemie a molekulové modelování II – cvičení
Národní centrum pro výzkum biomolekul, UKB, Pavilon A4