STUDIJNÍ MATERIÁL 2:


Návod pro tvorbu základních Species Sensitivity Distribution (SSD) modelů


ČÁST A: Tvorba databáze

1.       Otevřete si online databázi http://cfpub.epa.gov/ecotox/ . Zde jsou dvě možnosti na výběr,
zvolte tu složitější a sice "Advanced Database Query".

2.       Proklikejte si všechny záložky a postupně zadejte látku, pro kterou vytváříte SSD model
(nejlépe dle CAS čísla), endpointy, které vás zajímají (EC50/ED50, LC50/LD50, IC50/ID50, NR) apod.
Můžete si také filtrovat, od jakého roku chcete údaje vyhledávat.

3.       Nakonec si zvolte formát, v jakém chcete databázi prohlížet (velmi vhodný je Excel).

4.       Klikněte na "Perform Query for Aquatic Data" (pracujeme s akvatickým ekosystémem).

5.       Po otevření Reportu ve formátu Excel si všechny sloupce prohlédněte. Pro rozšifrování
zkratek si otevřete a používejte "Code List"
(http://cfpub.epa.gov/ecotox/blackbox/help/codelist.pdf).

6.       Postupně si odfiltrujte nežádoucí hodnoty (jako průvodce vám poslouží teoretický výukový
materiál a vyučující).

7.        ! Nezapomeňte převést všechny hodnoty na stejné jednotky!

8.       Po vytvoření databáze vhodné pro použití pro tvorbu SSD modelu je ještě potřeba vyřešit
problém s více údaji pro jeden druh. Ze dvou možností uvedených v teoretickém výukovém materiálu
použijeme možnost zprůměrování těchto údajů. Vytvořte si tak novou tabulku, ve které bude uveden
vždy pouze druh, rozmezí expozičních dob a geometrický průměr hodnot EC50 pro tento druh
(Excelovský vzorec "geomean").

9.       Hodnoty z této nové tabulky mohou být použity pro tvorbu SSD modelu.

POMOCNÝ NÁVOD PRO PRÁCI S ECOTOX DATABÁZÍ V EXCELU

Přidejte k tabulce 4 nové sloupce (např. "Opakovaný údaj",  "Podezřelý údaj" a "Čistota" a
"Poznámky")


Horní řádek se dá zafixovat pomocí příkazu: "zobrazení à ukotvit příčky à ukotvit horní řádek"


Filtrování se nastaví pomocí: "Data à Filtr"


Pro práci s databází (zjištění významu zkratek) si otevřete:
http://cfpub.epa.gov/ecotox/blackbox/help/codelist.pdf


Sloupce, které nás příliš nezajímají a můžeme je skrýt (klikneme pravým tlačítkem na sloupec a z
nabídky vybereme "skrýt":

-          Species Common Name

-          Chemical Analysis

-          Test Location

-          Response Site

-          Response Site Description

-          Všechny "BCF" sloupce

-          Trend

-          Všechny "Effect Percent Mean" sloupce

-          Všechny "Conc 2 Type" a "Conc 3 Type"  sloupce

-          Oba "Application Rate" sloupce

-          Statistical Significance

-          Všechny "Significance Level" sloupce

Sloupce, podle kterých se vybírají data do SSD databáze:

-          Sloupec „Exposure Type“ :        Environmentálně relevantní typ expozice (tedy NE např.
                                                     gavální, injekční, intraperitoneální apod)


-          Všechny sloupce „Observed Duration (Days)“ :             Hodnoty z akutních testů
toxicity : 1-7 dní


-          Sloupec „Endpoint“:     EC50/IC50/LD50/ED50/LC50


-          Sloupce „Effect“ a „Effect Measurement“ :        Efekty s přímým vlivem na změnu
abundance a složení společenství organismů (intoxikace, mortalita, efekty na populaci, u primárních
producentů i efekty na růst a fyziologické efekty jako změna fotosyntézy nebo fixace dusíku; zvažte
také vliv na reprodukci – konkrétně efekt „GREP“)


-          Sloupec „Conc 1 Type (ug/L)“ :                              Hodnoty z testů prováděných
s čistou látkou (tzn. všechny údaje značené "A" , u údajů značených "F" je nutné čistotu látky
dohledat v online databázi - OK je čistota látky 90% a víc, NESMÍ se používat data získaná
testováním přípravků jako např. FURADAN apod., naopak technický karbofuran použít lze)

V dalším kroku převeďte všechny koncentrace na stejné jednotky (sloupec Conc 1 Units
(Standardized)) a označte podezřelé (odlehlé) a opakující se údaje.


Nakonec "odfiltrovanou tabulku", ve které jsou viditelná pouze správná data celou zkopírujte do
nového listu. Ta již bude obsahovat pouze správná data a bude se používat pro výpočet průměrných
druhových EC50 hodnot, které se použijí pro tvorbu SSD.


Na co si dát pozor:

-     Dejte pozor na hodnoty koncentrace uvedené jako „<” či “ >” (např EC50 < 25 ug/l). Tyto
hodnoty jsou „nic neříkající“ a nepoužívají se! (sloupec „Conc 1 Op (ug/L)“)

-     Pokud je hodnota koncentrace uvedena jako rozmezí (min-max), použijte průměr těchto dvou
hodnot

-     Pokud jsou některé z uvedených důležitých údajů neznámé („NR“), měli byste najít původní
článek a tyto údaje dohledat a do tabulky doplnit


ČÁST B: Tvorba modelu

1.        Otevřete si program ETX 2.0.

2.       Zkopírujte do "Input toxicity data" vaše hodnoty z tabulky a klikněte na šipku.

3.       Program za vás udělá všechny výpočty a vytvoří model. Postupně si (s vyučujícím) projděte
výstupy, abyste věděli, co znamenají.

4.       Zaměřte se na testy normality a na to, co vám řekli.

5.       Seznamte se také s možností barevného značení různých taxonů a výhodami, které to skýtá.

6.       Hodnoty HC[5] jsou poskytnuty přímo ETX programem. Výpočet hodnot PAF je zde však
složitější a proto si otevřete Excel a vyzkoušejte si funkci NORMDIST. Jako průměr a směrodatnou
odchylku zadejte hodnoty získané ETX softwarem. Koncentraci, která na ekosystém působí si zvolte
podle svého uvážení. Hrajte si s různými hodnotami.

7.       Zamyslete se nad celým postupem, nad výsledky a jejich interpretací a nebojte se ptát !