Důležité základní konstanty a parametry
Při výpočtech budeme vycházet z následujících informací o nukleových kyselinách a proteinech:
Počet částic v jednom molu = 6,023 x 1023
Průměrná molekulová hmotnost páru bazí v DNA = 650
Průměrná molekulová hmotnost bazí v RNA = 360
Průměrná molekulová hmotnost aminokyseliny = 110
Pro dsDNA když A260 = 1,0 v 1cm kyvetě, pak koncentrace dsDNA = 50 μg/ml = 0,15mM
Pro ssDNA když A260 = 1,0 v 1cm kyvetě, pak koncentrace ssDNA = 33 μg/ml = 0,10mM
Pro ssRNA když A260 = 1,0 v 1cm kyvetě, pak koncentrace ssRNA = 40 μg/ml = 0,11mM
Molekulová hmotnost dsDNA = (počet bp) x 650
Počet molů konců dsDNA = 2 x (hmotnost DNA v gramech) / (molekulová hmotnost)
Počet molů konců vytvořených restrikčním štěpení
a) kružnicová DNA = 2 x (moly DNA) x (počet štěpných míst)
b) lineární DNA = 2 x (moly DNA) x (počet štěpných míst) + 2 x (moly DNA)
1μg DNA o délce 1 000 bp = 1,5 pmol = 9,1 x 1011
molekul
1μg DNA plasmidu pUC18/19 (délka 2 686 bp) = 0,57 pmol = 3,4 x 1011
molekul
1μg DNA plasmidu pBR322 (délka 4 361 bp) = 0,35 pmol = 2,1 x 1011
molekul
1μg DNA fága M13mp18/19 (délka 7 249 bp) = 0,21 pmol = 1,3 x 1011
molekul
1μg DNA fága λ (délka 48 502 bp) = 0,03 pmol = 1,8 x 1010
molekul
1 pmol DNA o délce 1 000 bp = 0,66 μg
1 pmol DNA plasmidu pUC18/19 (délka 2 686 bp) = 1,77 μg
1 pmol DNA plasmidu pBR322 (délka 4 361 bp) = 2,88 μg
1 pmol DNA fága M13mp18/19 (délka 7 249 bp) = 4,78 μg
1 pmol DNA fága λ (délka 48 502 bp) = 32,01 μg
DNA o délce 1,0 kb má kódovací kapacitu 333 aminokyselin = protein o M = 37 000
Protein o M = 10 000 může být kódován DNA o velikosti 270 bp
Protein o M = 50 000 může být kódován DNA o velikosti 1,55 kb