C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 20. února, 2015 -1Petr
Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul
&
CEITEC – Středoevropský technologický institut
Univerzitní kampus Bohunice, Pavilon A4
Masarykova Univerzita
Kamenice 5, Brno
Výpočetní chemie
Skupina LCC
LCC Laboratory of Computational
Chemistry
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 20. února, 2015 -2Výpočetní
chemie
reálný problém
(chování chemického systému na
makroskopické úrovni)
molekulární podstata
(chování chemického systému na
mikroskopické úrovni)
experiment
výpočet



k
Tk
U
b
b
k
eTkA
)()(ˆ rr kkk
EH  
i
i
i
r
V
m
dt
rd



)(
2
2
R
rozlišení
přesnost
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 20. února, 2015 -3Nobelova
cena za chemii 1998/2013
The Nobel Prize in Chemistry 1998 was divided
equally between
Walter Kohn "for his development of the
density-functional theory" and
John A. Pople "for his development of
computational methods in quantum
chemistry"
http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1998/
http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2013/
Development of Multiscale Models for
Complex Chemical Systems
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 20. února, 2015 -4Co
děláme …
"malé" komplexy
biomolekulární
systémy
průchod nanočástice membránou
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 20. února, 2015 -5Výpočetní
zdroje ....
MetaCentrum/CERIT-SC
• Národní gridová infrastruktura
• ca 6000 CPU jader
• CEITEC/NCBR vlastní zdroje cca 1000
CPU jader
• 5 x 100 TB úložných diskových polí
http://www.metacentrum.cz/
http://www.cerit-sc.cz/
Účet může získat student libovolné vysoké školy.
C2110 Operační systém UNIX a základy
programování
C2115 Praktický úvod do superpočítání
http://www.it4i.cz/
• grantové žádosti
• cca 25 % strojového času pro LCC skupinu
C6005 Projekty a bakalářské práce v oboru Chemie, 20. února, 2015 -6-
Shrnutí
Laboratoř výpočetní chemie http://lcc.ncbr. muni.cz
C2110 Operační systém UNIX a základy programování
C2115 Praktický úvod do superpočítání
C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I – cvičení
Národní centrum pro výzkum biomolekul, UKB, Pavilon A4
Vedoucí skupiny: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
kulhanek@chemi.muni.cz
 Práce na zajímavých projektech
 Využívání nejmodernějších výpočetních
technologií
 Práce ve zkušeném kolektivu
 Zahraniční stáže
 Možnost práce z domu