Projekty



Projekt 1 – zmena expresie
•Úloha: Porovnajte úroveň expresie na úrovni génov a molekulárnych drah medzi pacientami s KRAS
mutáciu a bez KRAS mutácie. Použite minimálne 2 rôzne postupy.
•
•Kroky analýzy:
•získanie dat a zhodnotenie kvality
•normalizácia
•popisné štatistiky vybraných klinických premenných
•analýza zmeny expresie
•interpretácia výsledkov
•

Projekt 2
•Úloha: Je známe, že pacienti s rovnakým klinickým typom nádorou, nepredstavujú homogénnu skupinu.
Často sú medzi nimi pozorované odlišné odpovede na rovnakú terapiu, dĺžka prežitia a pod. Pokúste
sa rozdeliť pacientov z prvého súboru do čo najhomogénnejších skupín. Do ktorých z vytvorených
skupín patria pacienti z druhého súboru?
•
•Kroky analýzy:
•získanie dat a zhodnotenie kvality
•normalizácia dat
•rozdelenie pacientov z prvého súboru
•priradenie pacientov z druhého súboru k vytvoreným skupinám
•klinicky popis vytvorených skupin

Projekt 3
•Úloha: Nájdite gény súvisiace s dobou prežitia a dobou do výskytu relapsu u pacientov s KRK.
Porovnajte minimálne 2 rôzne metódy.
•
•Kroky analýzy:
•získanie dat a zhodnotenie kvality
•normalizacia
•popisné štatistiky vybraných klinických premenných
•analýza prežitia
•interpretácia výsledkov

Dáta pre projekty 1-3
•ID:GSE39582
•Zdroj: Gene Expression Omnibus
•Kolorektálne karcinómy
•celkom 566 vzoriek
•platforma: HGU133plus2
•
•Projekt 1 – dávka 08
•Projekt 2 – prvý súbor dávka 03, druhý súbor dávka 07
•Projekt 3 – dávka 01

Projekt 4
•Úloha: Popíšte zmeny v počte kópii génov u pacientov s KRK. Porovnajte výsledky minimálne 2
rôzných metód.
•
•Kroky analýzy:
•získanie dat a zhodnotenie kvality
•normalizácia
•detekcia zmien
•porovnanie výsledkov

Dáta pre Projekt 4
•ID: E-GEOD-63216
•Zdroj: ArrayExpress
•Celkom 352 vzoriek metastatických KRK
•Použite: A ramena štúdie CAIRO na platforme: Agilent SurePrint G3 CGH array (4X180K) CCA_VUMC
design AMADID#022522

Očakávané výstupy
•popis analýzy vrátane komentovaného skriptu
•grafické a tabuľkové znázornenie hodnotenia kvality a normalizácie
•finálna dátová tabuľka
•Výsledky:
1.tabuľky popisujúce zmenu expresie génov a génovych sad
2.vizualizácia rozdelenia vzoriek, klasifikátor, priradenie nových vzoriek do skupín
3.tabuľka popisujúca vplyv génov na prežitie
4.tabuľka detekovaných zmien
•Slovné zhrnutie výsledkov
•

Termíny a hodnotenie
•Celkom 15 bodov (potrebných 10)
•5 bodov (2+3) za prezentácie výsledkov
•10 bodov – závěrečná správa a skript
•
•1. prezentácia – normalizácia
•30.3.
•5 minút
•2. prezentácia + odovzdanie správy a skriptu
•18.5.
•10 minút