Milí studenti,
zde je návod pro záznam 2D souřadnic pomocí programu tpsDIG, případně a lépe tpsDIG2.
Program zdarma stáhnete a nainstalujete na stránce:
http://life.bio.sunysb.edu/morph/
Software – Data acquisition
Dále si nainstalujte program tpsUtil ze stejného webu.
Software – Utility programs
Pro detaily studujte manuály obou programů.
Stručně postupujte takto.
1. Připravte si snímky svých objektů (fotografie nebo skeny, s měřítkem)
s jednoduchými názvy souborů bez diakritiky (např.: hand001.tif). Všechny obrázky
dejte do jedné složky (např. HANDS). Obrázky musí být v některém z běžných
grafických formátů (tif, bmp, jpg). Doporučuji snímat/skenovat všechno se stejným
zvětšením a rozlišením, abyste nemuseli každý snímek samostatně kalibrovat.
2. Otevřete program tpsUtil a v „select operation“ vyberte Build tps file from images.
Klikněte na Imput a otevřete svou složku s obrázky, kliknete na jeden z obrázků a dáte
Otevřít. Pak kliknete na Output a zvolíte název souboru, jak chcete, aby se jmenoval
soubor s daty, například: hands.tps a zajistíte, aby byl uložen ve stejné složce, jako
obrázky. Pak kliknete na Setup a zkontrolujete, že jsou všechny obrázky
„odfajfkované“, že jsou čísla pěkně po pořádku od 001.tif po poslední tif, a dále, že
naopak není odfajfkované Include path? a kliknete na Create. Ve složce HANDS se
vám vytvořil soubor tps, který je zatím bez dat, ale který už je navázaný na vaše
obrázky. Můžete si ho otevřít bokem v NotePad a podívat se na jeho strukturu.
3. Otevřete tpsUtil a vyberete operaci Randomly order specimens. Jako Imput zadáte
právě vytvořený soubor (např: hands.tps) a jako Output zadáte tentýž název
obohacený o“_ran“ (např: hands_ran.tps). Pořadí obrázků se vám změní na náhodné,
takže vám nebudou vznikat nežádoucí efekty spojené s pořadím měření. (Pokud
například první polovina souboru budou ženy a druhá muži, mohli byste vytvořit
sexuální dimorfismus čistě uměle tím, že první půlku měříte systematicky mírně jinak
(třeba přesněji) než druhou polovinu, kdy už jste třeba unavení. Díky znáhodnění –
randomizaci – pořadí se to nestane, i když se vaše přesnost bude v průběhu měření
měnit, čemuž se vyhnout nelze.).
4. Nastudujete si definice význačných bodů, které jste si definovali nebo převzali
(ukázka, jak by to mohlo vypadat je na konci tohoto dokumentu pro obličej na
fotografii zepředu).
5. Otevřete si program tpsDig (čti: týpíesdydž) (nebo novější tpsDig2) a zadáte Imput
source – File a zvolíte tps soubor, který jste vytvořili (např.: hands_ran.tps). Otevře
se vám první obrázek a můžete začít digitalizovat body. Na horní liště ikon (když
najedete myší, ukáže se vám, co která znamená) vyberete takový terčík (kříž a
kolečko) s označením Digitize landmarks, umístíte ho do polohy příslušného
význačného bodu a kliknete myší. Tím se zaznamenají x,y souřadnice bodu, ve kterém
se v té chvíli nacházel kurzor. Na každém snímku dodržujte přesně stejné pořadí bodů,
jaké je uvedeno v definicích, na všech snímcích musí být např. první digitalizovaný
bod vždy pravá pupila, 13. digitalizovaný bod levý cheilion atd. Až nadigitalizujete
všechny body na prvním snímku, kliknete na červenou šipku (v levé části lišty a
směřuje doprava) a posunete se k dalšímu obrázku. Pokud se spletete v digitalizaci
(umístíte bod špatně nebo spletete pořadí, vyberete bílou šipku (Edit landmarks and
curves), bod s ní chytnete a buď posunete nebo vymažete normálně Deletem. Až
uděláte všechny snímky, uložíte soubor (doporučuji provádět i průběžně :-) jako Save
data – Overwrite, čímž přepíšete prázdný soubor (např.: hands_ran.tps) na soubor
stejného názvu, ale již plný vašich dosud nadigitalizovaných souřadnic. Zase si soubor
můžete otevřít v NotePad a podívat se, co tam přibylo za údaje.
6. Až nadigitalizujete všechn\ obrázky a body, otevřete tpsUtil a vyberete operaci
Restore original order a obdobným způsobem jako poprvé uložíte váš tps soubor
(např.: hands_ran.tps) jako soubor s přidaným „_re“ (např.: hands_re.tps). To vám
vrátí náhodné pořadí obrázků do původního.
7. Data si do R načtete takto:
# Nainstalujete si balicek geomorph
install.packages("devtools")
devtools::install_github("EmSherratt/geomorph",ref = "Stable")
# Nactete balicek geomorph
library("geomorph")
# Nactete si data ze souboru hands_re.tps
DATA <- readland.tps("cesta ve vasem pocitaci/hands_re.tps", specID = "imageID")
dim(DATA)
# Preskladate data z 3D pole na 2D matici
DATM <- two.d.array(DATA)
dim(DATM)
8. Objekt DATM pak použijete pro svoje analýzy.
Definice význačných bodů na fotografii obličeje z pohledu en-face
(Josef Duda 2007)
Pupila (pravá 1, levá 2) – střed zornice oka. V případech, kdy panenky jedince směřují do
strany, je tento bod umístěn ve středu oční štěrbiny.
Ektokanthion (pravý 3, levý 4) – vnější koutek oka, místo kde se stýká okraj horního a
dolního víčka. Pokud nelze toto místo nalézt, leží ve styku pomyslných linií, získaných
protažením okrajů víček. Na méně ostrých snímcích je třeba se vyvarovat záměny okraje
horního víčka s jeho stínem na oční kouli či se stínem kožní řasy nad víčkem.
Entokanthion (pravý 5, levý 6) – vnitřní koutek oka, místo kde se stýká okraj horního a
dolního víčka na mediálním okraji slzného jezírka. V případě výskytu kožní nadvíčkové
řasy (epicantus, plica mongolica, plica marginalis fetalis), přes kterou nelze okraj jezírka
vidět, určíme entokanthion v místě styku této řasy s dolním víčkem.
Subnasale (7) – nejníže viditelný bod nosu v mediánní rovině. Standardně leží tento bod
v místě styku nosní přepážky a horního rtu, na některých snímcích je však nutné tento bod
umístit na spodní okraj nosního hrotu. Je tomu tak zejména v případech špatné pozice
hlavy vůči objektivu či v případě výskytu převislého, tzv. „římského“ nosu či nosu
masitého.
Alare (pravé 8, levé 9) – nejlaterálněji viditelný bod na nosním křídle. Při špatné pozici hlavy
vůči objektivu se nemusí pozice tohoto bodu na fotografii shodovat s odpovídajícím
bodem na obličeji in natura. Je-li na jedné straně tento bod skryt ve stínu či naopak
v přílišném světle, určí se tak, aby byl osově souměrný s bodem kontralaterálním, přičemž
osou souměrnosti se v takovém případě rozumí mediánní rovina.
Labrale superius (10) – průsečík tangenty proložené horním okrajem červeně horního rtu
s mediánní rovinou. Výšková poloha tohoto bodu na mediánní ose tak nemusí odpovídat
vždy výšce hranice červeně uprostřed horního rtu, ale vždy odpovídá nejvýše sahající části
hranice rtu po stranách spodní části philtra.
Labrale inferius (11) – bod ležící na průsečíku mediánní roviny se spodní hranicí červeně
dolního rtu. Přesné umístění tohoto bodu je zvláště u starších neostrých snímků velmi
problematické, hranici červeně lze často v takových případech určit protažením křivky
viditelné části této hranice v laterálních částech rtu.
Cheilion (pravý 12, levý 13) – bod ležící v koutku úst v místě styku hranice červeně horního a
dolního rtu. Zmíněné umístění tohoto bodu je dodržováno i v případech, kdy se jedinec na
snímku usmívá či jinak mění standardní pozici koutků úst. V případě, kdy jsou koutky úst
zakryty kožní řasou, je cheilion umístěn v nejlaterálněji viditelném bodě ústní štěrbiny.
V případě neviditelnosti ústního koutku z důvodu rozmazání či stínu je cheilion určen
protažením linií hranic červení rtů až do místa jejich předpokládaného styku.
Trichion (14) – bod na hranici vlasové linie v mediánní rovině. Bod leží vždy v mediánní
rovině na úrovni nejnižšího místa růstu vlasů i pokud toto místo není přímo v mediánní
rovině.
Zygion I (pravý 15, levý 16) – nejlaterálněji viditelný bod obličeje ležící na přímce
procházející středy obou zornic. Při špatné pozici hlavy jsou oba body umístěny
asymetricky. Nejzazší místo, kam je možné bod umístit na přivrácené straně obličeje, je
úpon ušního boltce, případně počátek vlasového pokryvu.
Zygion II (pravý 17, levý 18) – nejlaterálněji viditelný bod obličeje v místě jařmového
oblouku. Nejzazším místem, kam je možné bod umístit při špatné pozici hlavy, je úpon
ušního boltce. Nesmí ležet nad bodem zygion I.
Gnathion (19) – bod ležící nejvíce dole na spodním okraji dolní čelisti v mediánní rovině.
V případě plynulého přechodu brady v krk určíme spodní okraj dolní čelisti protažením
jejích patrnějších kontur v laterálních částech. Dalším pomocným indikátorem tohoto
místa může být počátek nejtmavšího stínu pokračujícího zpod brady kaudálně.
Gonion II (pravý 20, levý 21) – nejlaterálněji viditelný bod na dolní čelisti ležící na přímce
procházející bodem stomion (střed ústní štěrbiny v mediánní rovině) kolmo k mediánní
rovině. Na rozdíl od klasického bodu gonion neleží nezbytně v místě úhlu dolní čelisti.
Zdroj: Duda J. (2007): Pohlavní dimorfismus lidského obličeje: morfometrická studie (využití
archivních materiálů Katedry antropologie). Magisterská diplomová práce, Ústav
antropologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno.