C3211 Aplikovaná bioinformatika

                                      Blok 3: Funkce proteinů


Úloha 1:

Vyhledejte homologní proteiny k následující sekvenci pomocí Blastu na serveru UniProt
(http://www.uniprot.org/). Pokuste se na základě výsledku určit funkci tohoto proteinu.


Sekvence:
SHLSQPWPITCFADRPTPRRSSPDASGQTMHSVFVVHVPYPVVFLKPAHLTPQWYRHPIPVNPVVRQPHLPVLYPAPNAGHTPAHSRQGDAALQPLFSV
PQTVNPTGPVIHGDVAKQKPDTGQSWALNPYCTENWRRILRISRNSHGQRMPLTTLLQKTSGRNATLITKNSDQNTTTSIVSESSMTISACCHSAILRN
N



Úloha 2:

Vyhledejte pomocí nástroje CD search (NCBI) konzervované domény následujícího proteinu
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi).


Protein:
PEVRSSTQSESGMSQWMGKILSIRGAGLIIGVFGLCALIAATSVTLPPEQQLIVAFVCVVIFFIVGHKPSRRSQIFLEVLSGLVSLRYLTWRLTETLSF
DTWLQGLLGTMLLVAELYALMMLFLSYFQTIAPLHRAPLPLPPNPDEWPTVDIFVPTYNEELSIVRLTVLGSLGIDWPPEKVRVHILDDGRRPEFAAFA
AECGANYIARPTNEHAKAGNLNYAIGHTDGDYILIFDCDHVPTRAFLQLTMGWMVEDPKIALMQTPHHFYSPDPFQRNLSAGYRTPPEGNLFYGVVQDG
NDFWDATFFCGSCAILRRTAIEQIGGFATQTVTEDAHTALKMQRLGWSTAYLRIPLAGGLATERLILHIGQRVRWARGMLQIFRIDNPLFGRGLSWGQR
LCYLSAMTSFLFAVPRVIFLSSPLAFLFFGQNIIAASPLALLAYAIPHMFHAVGTASKINKGWRYSFWSEVYETTMALFLVRVTIVTLLSPSRGKFNVT
DKGGLLEKGYFDLGAVYPNIILGLIMFGGLARGVYELSFGHLDQIAERAYLLNSAWAMLSLIIILAAIAVGRETQQKRNSHRIPATIPVEVANADGSII
VTGVTEDLSMGGAAVKMSWPAKLSGPTPVYIRTVLDGEELILPARIIRAGNGRGIFIWTIDNLQQEFSVIRLVFGRADAWVDWGNYKADRPLLSLMDMV
LSVKGLFRSSGDIVHRSSPTKPSAGNALSDDTNNPSRKERVLKGTVKMVSLLALLTFASSAQAASAPRAVAAKAPAHQPEASDLPPLPALLPATSGAAQ
AGSGDAGADGPGSPTGQPLAADSADALVENAENTSDTATVHNYTLKDLGAAGSITMRGLAPLQGIEFGIPSDQLVTSARLVLSGSMSPNLRPETNSVTM
TLNEQYIGTLRPDPAHPTFGPMSFEINPIFFVSGNRLNFNFASGSKGCSDITNDTLWATISQNSQLQITTIALPPRRLLSRLPQPFYDKNVRQHVTVPM
VLAQTYDPQILKSAGILASWFGKQTDFLGVTFPVSSTIPQSGNAILIGVADELPTSFGRPQVNGPAVLELPNPSDANATILVVTGRDRDEVITASKGIA
FASAPLPTDSHMDVAPVDIAPRKPNDAPSFIAMDHPVRFGDLVTASKLQGTGFTSGVLSVPFRIPPDLYTWRNRPYKMQVRFRSPAGEAKDVEKSRLDV
GINEVYLHSYPLRETHGLIGAVLQGVGLARPASGMQVHDLDVPPWTVFGQDQLNFYFDAMPLARGICQSGAANNAFHLGLDPDSTIDFSRAHHIAQMPN
LAYMATVGFPFTTYADLSQTAVVLPEHPNAATVGAYLDLMGFMGAATWYPVAGVDIVSADHVSDVADRNLLVISTLATSGEIAPLLSRSSYEVADGHLR
TVSHASALDNAIKAVDDPLTAFRDRDSKPQDVDTPLTGGVGAMIEAESPLTAGRTVLALLSSDGAGLNNLLQMLGERKKQANIQGDLVVAHGEDLSSYR
TSPVYTIGTLPLWLWPDWYMHNRPVRVLLVGLLGCILIVSVLARALARHAARRFKQLEDERRKS



Úloha 3:

V následujícím proteinu byla zjištěna kombinace rhodanasové a ankyrinové domény. Zjistěte, zda je
tento případ unikátní a v jakých jiných kombinacích se tyto domény v přírodě vyskytují. Použijte
aplikaci CDART (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/lexington/lexington.cgi).


Sekvence:

MNTRSFHRIDVHKARELLQRPDTVLLDCRHPSDFRAGHIAGASPLGDYNADDHVLNIAKHRPVLIYCYHGNASQMRAQLFADFGFAEVYSLDGGYEAWR
KVHTPANSQLTEALQCWLMAQEFPAADIHARTRDGVTPLMRAAGEGDPARVAELLAAGADPHQRNNDGNQALWFACVSENLDTLDLLVAVGAHLNHQND
NGATCLMYAASAGKTAVVERLLAFGADRSLLSLDDFTALDMAANLECLNLLRETPRRIKAVT



Úloha 4:

Pokuste se určit funkci následujícího proteinu pomocí databáze Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk).


Protein:
MRYIRLCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKQSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADERFPMMSTFKVVLCGAMLARVDAGDKQLERKIHYRQQDLV
DYSPVSEKHLADGMTVGELCAAAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDRWETELNEALPGDARDTTTPASMAATLRKLLTSQRLSAR
SQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGASKRGARGIVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALIEHWQR


Odhadněte, které z vyznačených aminokyselin mají vliv na správnou funkci či strukturu proteinu.



Úloha 5:

Pokuste se určit funkci následujícího proteinu pomocí serveru InterProScan
(http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/).


Sekvence:
MTELKNDRYLRALLRQPVDVTPVWMMRQAGRYLPEYKATRAQAGDFMSLCKNAELACEVTLQPLRRYPLDAAILFSDILTIPDAMGLGLYFEAGEGPRF
TAPVTCKADVDKLPIPDPEDELGYVMNAVRTIRRELKGEVPLIGFSGSPWTLATYMVEGGSSKAFTVIKKMMYADPQALHLLLDKLAKSVTLYLNAQIK
AGAQSVMIFDTWGGVLTGRDYQQFSLYYMHKIVDGLLRENDGRRVPVTLFTKGGGQWLEAMAETGCDALGLDWTTDIADARRRVGHKVALQGNMDPSML
YAPPARIEDEVATILAGFGQGEGHVFNLGHGIHQDVPPEHAGAFVEAVHRLSAQYHN



Úloha 6:

Následující sekvenci hypotetického proteinu analyzujte pomocí serveru Propsearch
(http://abcis.cbs.cnrs.fr/propsearch/)


Sekvence:
MASPSILKKYGKYFEYCPLEERMIELAKKGEIADAMLLFEKEKPSEFVYKGDAIEKRLRNIYLSTRLGVKAKINFNDYVIPRDLRWMLDIYESYLNMGE
NKVFLILGGELRYLIDFFESYLQFKGFYLLVVKEAKDLLRFRNTCHYDAIIFSDSSILEYQNVDELKNLFNSLETTLKVHNRKNSVKVLLSPALPKAIM
SSKPYKVLEQFFKEKGIEMEGILPYQLNADDKLLPPHFHNSEMEKSKEYRELESKTKVYIQEFLKKANMNDENEGNDNQKNTN



Úloha 7:

Pomocí serveru SMART (http://smart.embl-heidelberg.de/) analyzujte domény v následující sekvenci a
následně pomocí serveru STRING (http://string-db.org) prozkoumejte pravděpodobné zapojení v
metabolismu.


Sekvence:
MSIEHILIIDDDPHILALLSEILGARNFSVSSAPGVKQAIKQISNCPFDLIISDMNMPDGSGLDIIQYTKQHRPQTPILVITAFGTIQNAVEAMRFGAF
NYLTKPFSPDALFTLIAKAEELQALQQDNLFLQSQGSSISHPLIAESPSMKQLLDKARRAANSSANIFVHGESGCGKENLSFFIHKHSPRSTKPYIKVN
CAAIPDTLLESEFFGHEKGAFTGATTKKVGRFELAHQGTLLLDEITEIPIHLQAKLLRAIQEQEFEHIGGIKTLPVNIRFLATSNRDLEEAIETKVLRQ
DLYYRLSVISLHIPPLRDRKEDILPLAHYYLEKFCKMNNKPPKTLSLEAQRNLLDYSWPGNVR ELSNVLERTVILENDPAITPSMLALL