Sparky
NMR Assignment and Integration
Software
NMR software
• Placené
– TopSpin
• Vyvynut a primárně používán pro obsluhu spektrometrů Bruker
• Mnoho funkcií pro procesing, zobrazení a analýzu spekter jedno- i
vícedimenzionálních
• Prakticky nemožná analýza vícedimenzionálních spekter
– Mnova
• Procesing, analýza a vizualizace 1D a 2D spekter
• Podpora různých formátů spekter (Bruker, Jeol, Agilent...)
• Free trial verze
– ACD/NMR processor
• Viz Mnova
• Free verze pro akademické účely s neúplnou funkcionalitou
NMR software
• Freeware
– NMRPipe
• Multiplatformní
• Spracování a analýza jakýchkoli spekter
• Založeno na UNIX-ových systémech → znalost UNIX-ového
prostředí výhodou
– SpinWorks
• Pro systém Windows (pro UNIX a Mac jsou zapotřebí emulátory
Windows)
• Procesing analýza 1D a 2D spekter
• Uživatelsky velice nepříjemné
– Sparky
Sparky
NMR Assignment and Integration Software
• Vyvinut na University of California, San Francisco
• Multiplatformní
• Volně ke stažení:
https://www.cgl.ucsf.edu/home/sparky/
• Napsán v jazyce Python, open source, není dále
vyvíjen (poslední verze z roku 2008)
• Rychlý a hardwarově nenáročný software
• Dokáže pracovat pouze s vícedimenzionálnímí
spektry
Sparky - spektra
• Umí spracovat různé formáty spekter, ale práce s nimi je
náročná a pomalá (výpočetně)
– Konverze spekter do formátu *.ucsf
• Unix: bruk2ucsf 2rr název_spektra.ucsf
• Windows: v příkazovém řádku bruk2ucsf.exe 2rr název_spektra.ucsf
– Spektrum nenese žádné informace o akvizici, teplotě apod. → nutné
řádné pojmenování *.uscf souborů
(kolchicine_noesy_800_D2O_25C.ucsf)
• Vlastní souborová struktura
– Lists, Projects, Save
• Sparky start
– Windows: /sparky/bin/sparky.bat
hlavní okno
přepínání módu levého tlačítka myši
pomocí kláves F1-F12
ř
Sparky - ovládání
• Ovládaní pomocí
– Dvoupísmenných skratek (case-sensitive)
– Kontextového menu pod pravým tlačítkem myši
– Menu v hlavním okně
• Otevření spektra/projektu: fo/jo
• Uložit spektrum/projekt jako: fa/ja
• Uložení spektra/projektu: fs/js
• Uložené spektrum: *.save, uložený projekt: *.proj
• Záložné soubory *.bak jsou automaticky vytvářeny při
ukládání práce
zf – full view
vC – contour scale
ct – contour levels
úprava kontur:
ručně přepsat hodnoty upravit tažením myši
Lowest positive
Levels = 1
Lowest positive
Levels = 3
Lowest positive
Levels = 2
úprava kontur:
1D 2D
přiblížení spektra:
klávesová skratka: zi (zoom in)
přednastavené přiblížení
mód myši – zoom: klávesa F11
kliknutím a tažením myši
se vybraný region zvětší na velikost okna
peak picking: mód myši – find/add peak: klávesa F8
kliknutím se přidá jeden pík,
označením oblasti se přidají píky všude kde se nachází maximum/minimum
peak picking: úprava velikosti ornamentů (píků, popisků...): ot → sizes → upravit velikost
podle potřeb (vhodné 0.05) → apply
peak picking: výběr: mód myši – select: klávesa F1
kliknutím se přidá označí jeden objekt,
přetažením myši (nebo Shift+klik) se přidá více objektů
peak picking: vytvoření centrálního píku se zvolené skupiny píků – pg
(užitečné právě pro multiplety v COSY spektrech)
peak picking: seznam píků – lt
vyznačení spinových systémů: Přidání vertikální i horizontální linie: klávesa F3
Přidání horizontální linie: klávesa F4
Přidání vertikální linie: klávesa F5
Přidání úsečky: klávesa F7
F3
F5
F7
F4
vyznačení spinových systémů:
úprava farby ornamentů (čar, popisků...): ot → color →
označit objekt/y → zvolit barvu dle libosti → apply
přiřazování signálů:
označit pík: mód myši – select: klávesa F1 → klávesová zkratka at – assignment → vepsat
označení skupiny (např. zkratka rezidua) a označení atomu (např. NH) podle rezonance v osi
w1 a w2 → apply
přiřazování signálů:
kliknutím na označení osy se ze seznamu přiřazených frekvencí vybere přiřazení, které je
nejblíž k frekvenci aktuálně vybraného píku v dané osy (nemusí být nutně správně!!),
dvojklikem na řádek seznamu se pak název skupiny a atomu doplní k aktuálnímu píku
přiřazování signálů:
zkratka tb – tabulka přiřazení
rezidua vs. atomy,
možnost zobrazení statistiky
zkratka lt – seznam píků již s
přiřazením, příp. s dalšími daty
(→ Options)
možnost exportu do
textového souboru
(→ Save)
m
t
o
práce s vícero spektry:
přiřazení z jednoho spektra je k dispozici i pro další spektra
- otevřít ROESY spektrum: fo → načíst GSSG_ROESY.ucsf → přizpůsobit vzhled (kontury, barvy,
velikosti...)
práce s vícero spektry:
zobrazení přiřazených (průměrných) rezonancí na okraji spekter - vR
práce s vícero spektry:
přiřazení ROESY pomocí at:
práce s vícero spektry:
synchronizace zobrazení spekter: zkratka yt – umožní současně posouvat zesynchronizované
osy vícero spekter když se posouváme v jednom z nich,
zakliknout osy a spektra, které chceme vzájemně zesynchronizovat → Synchronize