# zmena adresare, nacteni knihoven, atd.
setwd('/home/mojmir/projects/muni/antropologie')
library(rgl)
source('procrustes_algo.R')

# nacteni dat
data = 'TODO'

# (1)
# vycet landmarku ktere budeme pouzivat
landmarks = c('G', 'TODO...')

# pipravime pole, ktere nasledne naplnime
pocet_jedincu = 'TODO'    # pouzijte funkci nrow nebo dim
pocet_landmarku = 'TODO'       # pouzijte funkci length
skull.lmks.array = array(dim=c(pocet_landmarku,3,pocet_jedincu))

# naplneni pole
# TODO: Toto je pouze priklad pro jeden bod. Vytvorte for cyklus, ktery projde
# vsemi landmarky a vlozi je do matice
landmark = 'G'
sloupce = c(paste0('x.', landmark), paste0('y.', landmark), paste0('z.', landmark))
skull.lmks.array[1,,] = t(data[,sloupce])


# (2)
# procrustova registrace
PSC = procrust(skull.lmks.array)
PMS = apply(PSC, c(1,2), mean)

# priradime jmena dimenzim
dimnames(skull.lmks.array)[[1]]  <- landmarks
# co predstavuje druha dimenze? jake by mela mit nazvy?
dimnames(skull.lmks.array)[[2]]  <- 'TODO'


# (3)
# TODO


# (4)
# wireframe
open3d()
rgl.viewpoint(theta = -30,phi = 0,fov=30,zoom=0.7)
bg3d("white")
par3d(windowRect=c(100,100,1600,1600))

# lmks1 jsou indexy bodu z landmarks
# v tomto pripade G, B, L, OP
# TODO: pouzijte prikaz landmarks[lmks1] k vypsani bodu
lmks1  <- c(1,7,8,9)
spheres3d(PMS[lmks1 ,],radius = 0.01,col="green",add=TRUE)

# 1,7 udava prvni spojnici, 7,8 druhou spojnici, 8,9 treti spojnici
krivka1  <- c(1,7,7,8,8,9)
segments3d(PMS[krivka1 ,],col="green",lwd=5,add=TRUE)

lmks2L  <- 'TODO'
spheres3d(PMS[lmks2L ,],radius=0.01,col="red",add=TRUE)

krivka2L  <- 'TODO'
segments3d(PMS[krivka2L ,],col="red",lwd=5,add=TRUE)

lmks2R  <- 'TODO'
spheres3d(PMS[lmks2R ,],radius=0.01,col="red",add=TRUE)

krivka2R  <- 'TODO'
segments3d(PMS[krivka2R ,],col="red",lwd=5,add=TRUE)

# landmarky baze lebky cernou barvou
baze <- 'TODO'
spheres3d(PMS[baze,],radius=0.01,col="TODO",add=TRUE)


# (5)
# TODO


# (6)
PMS.muzi = 'TODO'
PMS.zeny = 'TODO'

# zvetseni rozdilu mezi muzi a zenami
# TODO: zkuste pouzit jine cislo nez 10, napr. 1 nebo 30
PMS.muzi = PMS.muzi + 10*(PMS.muzi - PMS.zeny)

open3d()
rgl.viewpoint(theta = -30,phi = 0,fov=30,zoom=0.7)
bg3d("white")
par3d(windowRect=c(100,100,1600,1600))

spheres3d(PMS.muzi[lmks1 ,],radius = 0.01,col="blue",add=TRUE)
# TODO: vykreslete vsechny ostatni krivky a landmarky stejne jako ve 4. casti
# pokud si chcete usetrit praci, muzete si udelat funkci
# vykresli_body = function(PMS, barva){
#   spheres3d(PMS[lmks1 ,],radius = 0.01,col=barva,add=TRUE)
#   ...
# }
# a pak ji volat pomoci
# vykresli_body(PMS.muzi, 'blue')
# vykresli_body(PMS.zeny, 'red')