1
BIOCHEMIE II – SEMINÁŘ
JS 2016
Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
Ústav biochemie PřF MU
e-mail: bouchal@chemi.muni.cz
Kamenice 5, budova A5, místnost 208, 212
2
1. Nukleové kyseliny: Nukleové báze, nukleotidy, primární struktura NK.
2. Replikace, transkripce, translace a proteosyntéza. Úvod do molekulární
biologie
3. PCR, výpočtové úlohy
4. Test 1
5. Redoxní reakce
6. Energetický metabolismus a biosyntéza: Shrnutí a výpočtové úlohy I
7. Energetický metabolismus a biosyntéza: Shrnutí a výpočtové úlohy II
8. Test 2
9. Metabolismus bílkovin a aminokyselin
10. Močovinový cyklus a metabolismus dusíku
11. Biosyntéza aminokyselin
12. Test 3
Opravné termíny zápočtu
PROGRAM SEMINÁŘE
3
Skripta Cvičení z biochemie, prof. Mikeš
(IS: Studijní materiály/Učební materiály/Bouchal)
Skripta seminar 2 R2009.rtf
Skripta seminar 1 R2011.doc
Tato prezentace
Biochemie II – seminář JS 2016.ppt
LITERATURA
• Účast ve výuce: max. 1 neomluvená absence (více absencí: jen nemoc – lékařské
potvrzení, řeší se individuálně)
• Testy (3), min. 50% z celkového počtu bodů => zápočet v řádném termínu
• Souhrnný test z učiva celého semestru => zápočet v 1. (2.) opravném termínu
PODMÍNKY ZÍSKÁNÍ ZÁPOČTU
4
PRIMÁRNÍ
STRUKTURA
NUKLEOVÝCH
KYSELIN
G
5
Provede se štěpení před:
G (DMS/∆T)
G+A (H+/∆T)
C (hydrazin, 5M NaCl)
C+T (hydrazin)
Příklad:
5´ 3´
32P-TGTAGGAGCT
Štěpení před G (DMS/∆T) vede ke vzniku fragmentů:
32P-TGTAGGAGCT
32P-TGTAGGAGCT
32P-TGTAGGAGCT
32P-TGTAGGAGCT
K jiným souborům fragmentů povedou štěpení před G+A, před C a před C+T.
MAXAM-GILBERTOVA METODA SEKVENOVÁNÍ
NUKLEOVÝCH KYSELIN
6
MAXAM-GILBERTOVA METODA SEKVENOVÁNÍ
NUKLEOVÝCH KYSELIN
DETEKCE FRAGMENTŮ SEPAROVANÝCH ELEKTROFORÉZOU
NA FOSFOIMAGERU
(detekce radioaktivity - vizualizovány jsou pouze 32P značené fragmenty)
G+A G C+T C
________________________________ start
____
____ ____
____ ____
____
____
____ ____
____
____
____
____ ____
____ ____
____ ____
____
____
____
Biochemie nukleových kyselin 7
Biochemie nukleových kyselin 8
Biochemie nukleových kyselin
GENETICKÝ KÓD mRNA U PROKARYOT
PŘEHLED AEROBNÍHO
METABOLISMU
3
11
12
Metabolismus a biosyntéza
sacharidů
GLYKOLÝZA – VARIANTY A BILANCE
4
Metabolismus a biosyntéza
sacharidů
hexokinasa
glukosa-6-fosfát
fruktosa-6-fosfát
fruktosa-1,6-bisfosfát
dihydroxyaceton-
fosfát
glyceraldehyd-
fosfát
1,3-bisfosfoglycerát
3-fosfoglycerát
2-fosfoglycerát
pyruvát
fosfoenolpyruvát
C2H5OH + CO2
CO2 + H2O + ATP
fosfofruktokinasa
aldolasa
#
glyceraldehydfosfátdehydrogenasa
fosfoglycerátkinasa
fosfoglycerátmutasaenolasa
pyruvátkinasa
glukosafosfát
isomerasa
anaerobní glykolýza,
mléčné kvašení
aerobní oxidace
laktát DH
GLYKOLÝZA – PRŮBĚH
anaerobní alkoholové
kvašení
#=triosafosfátisomerasa
5
Metabolismus a biosyntéza
sacharidů
GLYKOLÝZA
vs.
GLUKONEOGENEZE
6
Metabolismus a biosyntéza
sacharidů
CORIHO CYKLUS
7
PENTOSOVÝ
CYKLUS
8
CH3-CO-COO- pyruvát
CoA + NAD+
CO2 + NADH
oxidační
dekarboxylace
citrát-
synthasa
akonitasa
isocitrát DH
α-oxoglutarát DH
sukcinyl CoA
synthetasa
sukcinát DH
fumarát DH
malát DH
pyruvát DH
KREBSŮV CYKLUS
9
20
GLYOXYLÁTOVÁ DRÁHA
Metabolismus a biosyntéza lipidů
ŽLUČOVÉ KYSELINY A CHOLESTEROL
10
Metabolismus a biosyntéza lipidů
β-OXIDACE MASTNÝCH
KYSELIN
11
Metabolismus a biosyntéza lipidů
BIOSYNTÉZA MASTNÝCH
KYSELIN
12
Metabolismus a biosyntéza lipidů
ROZDÍLY MEZI β-OXIDACÍ A
BIOSYNTÉZOU MASTNÝCH
KYSELIN
13
Metabolismus a biosyntéza lipidů
ŠTĚPĚNÍ FOSFOLIPIDŮ: FOSFOLIPASY
14
Respirační řetězec
TRANSPORT ELEKTRONŮ DO MITOCHONDRIÁLNÍ MATRIX
Respirační řetězec
RESPIRAČNÍ ŘETĚZEC
18
Respirační řetězec
RESPIRAČNÍ ŘETĚZEC
19
Respirační řetězec
RESPIRAČNÍ ŘETĚZEC
20
Respirační řetězec
H+
RESPIRAČNÍ ŘETĚZEC – TVORBA ATP
ADP + Pi ATP
21
Fotosyntéza
FOTOSYNTÉZA: 1. SVĚTELNÁ FÁZE
PS 680
PS 680*
PS 700
PS 700*
22
Fotosyntéza
FOTOSYNTÉZA:
2. TEMNOSTNÍ FÁZE=
CALVINŮV CYKLUS
(tvorba glukosy)
(->glukosa…)
23
Metabolismus bílkovin a
aminokyselin
METABOLISMUS AMINOKYSELIN
15
Metabolismus bílkovin a
aminokyselin
METABOLISMUS AMINOKYSELIN (II)
16
MOČOVINOVÝ CYKLUS
17