Znáš svého souseda?
Miroslava Bittová
aneb
studium retenčního mechanismu
sekvemerů ultrakrátkých oligonukleotidů
2
Sekvemery
sekvemer (sekvenční izomery)
: heteropolymery se shodnými podjednotkami, ale jejich jiným pořadím
:: GAG, GGA, AGG (A,2G)
TAT, TTA, ATT (A,2T)
GTG, GGT, TGG (2G,T)
TGT, TTG, GTT (G,2T)
AGA, AAG, GAA (2A,G)
ATA, AAT, TAA (2A,T)
:: TAG, TGA, GAT, AGT GTA, ATG (A,T,G)
obecná struktura trinukleotidu
: 5’-XXX-3’
: A, G, T, C, U
: neobsahuje 5’-koncový fosfát
3'-konec
5'-konec
pKa ≈ 1
pKa,P ~ 1
iontově-
párovací
RPLC
iontová interakční
RPLC
3
stínění náboje analytu a expozice polárních částí interakci se SF
: u II-RPLC se SF interaguje výhradně polární část analytu
: u IP-RPLC i nepolární část surfaktantu
Iontová interakční kapalinová chromatografie na obrácené fázi
(II-RPLC, ion-interaction reversed-phase liquid chromatography)
a – parametry každého analytu v systému
k0 – extrapolovaná hodnota k pro vodu jako MF
φ – objemový zlomek organické fáze
𝐥𝐧 𝐤 = 𝐥𝐧 𝐤 𝟎 − 𝐚 ∙ 𝛗
Snyderova-Soczewińského rovnice
intermolekulární interakce solut – solvent – stacionární fáze
: solvent – organická složka MF
:: různé typy interakcí – dipól-dipól, proton-donorní či proton-akceptorní
: vytipování a využití několika různých rozpouštědel a jejich obsahu v MF
: analýzu získaných dat pomocí rovnice Snydera-Soczewińského
:: závislost retenčního faktoru na polaritě MF- upřesnění vlivu rozpouštědla
Co může ovlivnit retenci sekvemerů v II-RPLC
a tím něco říct o retenčním mechanismu?
výsledkem snažení by mělo být dovození povahy interakcí
při separaci a tím i retenčního mechanismu
4
Kontakt:
Miroslava Bittová
bittova@sci.muni.cz
Spolupráce:
Jan Havliš
NCBR
5
6
to boldly go where
no man has gone before !
Děkuji za pozornost