© 2017
ZPRACOVZPRACOVÁÁNNÍÍ KLINICKÝCH DATKLINICKÝCH DAT
ANEB STATISTIKA V PRAXIANEB STATISTIKA V PRAXI
Doc. MVDr. Eva Bártová, Ph.D.
bartovae@vfu.cz
VeterinVeterináárnrníí a farmaceuticka farmaceutickáá universitauniversita
BrnoBrno
3 fakulty
FVL (malá zvířata – pet, exoti, koně)
FVHE (velká hospodářská zvířata, živočišné produkty,
ekologie)
Bezpečnost a kvalita potravin
Ochrana zvířat a welfare
Zdravotní nezávadnost a kvalita potravin v gastronomii
FAF (léčiva)
výuka v češtině i angličtině
časopis MASO, Acta
Veterinaria (IF)
akce pro veřejnost
VeterinVeterináárnrníí a farmaceuticka farmaceutickáá
universita Brnouniversita Brno
ParazitParazitáárnrníí onemocnonemocněěnníí
TOXOPLAZMTOXOPLAZMÓÓZAZA
NEOSPORNEOSPORÓÓZAZA
ENCEFALITOZOONENCEFALITOZOONÓÓZAZA
Ústav biologie a chorob volně žijících zvířat
http://fvhe.vfu.cz/informace-o-fakulte/sekce-ustavy/ubchvzz/zivotopisy/bartova.html
Doc. MVDr. EVA BDoc. MVDr. EVA BÁÁRTOVRTOVÁÁ, Ph.D., Ph.D.
Toxoplasma gondiiToxoplasma gondii
ToxoplazmToxoplazmóózaza –– u lidu lidíí
významná zoonóza!!
Zdroj infekce pro člověka?
Kolik lidí se s infekcí setkalo?
Lidé
bez příznaků / klinické příznaky
rizikové skupiny
různé formy toxoplazmózy
Prof. RNDr. Jaroslav Flegr, CSc., Přírodovědecká fakulta,
Karlova univerzita, dílo Zamrzlá evoluce
Ig Nobel (za výzkum, které přinutí k zasmání a poté k
zamyšlení)
ToxoplazmToxoplazmóózaza -- u lidu lidíí
Prof. RNDr. Jaroslav Flegr. CSc.
T. gondii – manipulační teorie
Infikovaní:
2,7x vyšší riziko dopravních nehod
méně vadí pach kočky
vliv na sexuální chování lidí
(masochisti)
vyšší šance, že se ženám narodí syn
vliv na rozvoj schizofrenie.......
http://pokusnikralici.cz/
ToxoplazmToxoplazmóózaza-- u zvu zvíířřatat
Zvířata
domácí, volně žijící,
zoo zvířata…
ovce, kozy - aborty, ekonomické ztráty
mořské vydry, manul – úhyny
léčba, prevence
NNeosporaeospora caninumcaninum
nonsporulated
oocyst
sporulated
oocyst
Intermediate host
infected fetus
contaminated
food and wated
trasfer of
tachyzoites through
placent
definitive
host
tissue cysts
Infection with tissue
cysts
NeosporNeosporóózaza –– u zvu zvíířřatat
není zoonóza, ale protilátky byly zjištěny i u lidí
Zvířata
domácí, volně žijící, zoo zvířata
skot – aborty
psi - oční a nervová forma
léčba, prevence
Encephalitozoon cuniculiEncephalitozoon cuniculi
EncephalitozoonozaEncephalitozoonoza –– u zvu zvíířřatat
Králíci - postižení nervového systému s
poruchami rovnováhy a vychýlením hlavy na
jednu stranu
jedná se o zoonózu!
PrPrůůkaz parazitkaz parazitůů
Přímé metody:
vyšetření trusu (flotace) – detekce parazitů
mikroskopie
histologické vyšetření (tkáně)
izolace – buněčné kultury, myši (I, II, III)
molekulární metody – izolace DNA, PCR, gelová
elektroforéza, PCR/RFLP, genotypizace,
sekvenování
PrPrůůkaz parazitkaz parazitůů
Nepřímé metody:
serologie (detekce protilátek, organismus se setkal
s infekcí, titry) – LAT, IFAT, ELISA
pozitivní
vzorek
negativní
vzorek
pozitivní
negativní
Možnosti spolupráce se statistiky?
StatistikaStatistika
Vzorkování (sampling)
předem vypočítat počty odebíraných vzorků (dle
celkového počtu zvířat, využití statistik ministerstva zemědělství..)
problém spolupráce s chovateli, myslivci…
nedostatečné údaje pro statistické zpracování
Data pro statistické zpracování
celkový počet a počet pozitivních zvířat
Jaká je prevalence?
Statisticky významné rozdíly v prevalenci dle
různých faktorů?
Závislosti?
StatistikaStatistika
Ověřování hypotéz – toxo/neo/encef pozitivita (ne)záleží
na:
věk (různé věkové kategorie)
pohlaví (samec x samice x kastrát)
různé státy, kraje
lokalita (město x vesnice x chovy)
roční období
plemeno, velikost (např. psů)
stáj x pastva
přítomnost x absence definit. hostitelů (zdrojů infekce)
přítomnost x absence dalších domácích zvířat
typ krmiva, co loví
klinické příznaky x bez příznaků
StatistikaStatistika –– toxo, neo u skotu,toxo, neo u skotu,ČČRR
Kraj
Počet
vzorků
N. caninum
(cELISA)
T. gondii (ELISA)
Pozitivní
(%)
% I
Pozitivní
(%)
p-
value
OR 95%CI
Střední
Čechy 185 2 (1.1%)
78 and
85 19 (10%) 0.774 1.091 0.604; 1.971
Plzeň 147 1 (0.7%) 47 12 (8%) 0.444 0.770 0.392; 1.509
Ústí nad
Labem 125 0 (0%) – 18 (14%) 0.046 1.841 1.003; 3.380
Liberec 43 0 (0%) – 4 (9%) 0.916 0.944 0.324; 2.753
Hradec
Králové 30 0 (0%) – 0 (0%) 0.064 0 –
Praha 11 0 (0%) – 0 (0%) 0.270 0 –
Karlovy
Vary 5 0 (0%) – 0 (0%) 0.460 0 –
Celkem 546 3 (0.5%) 47 – 85 53 (9.7%)
STATISTICA Cz 10, OR – odds ratio, 95% CI (confidence interval)
Pohlaví Počty koní
IFAT (%) cELISA (%)
Chi-square test, df, p-value
a
Samice 315 5 (1.6 %) 32 (10.2 %) IFAT (1.67, df = 3, p = 0.434,
cELISA (13.28, df = 2, p = 0.0013)
Samec 182 5 (2.8 %) 11 (6 %)
Kastrát 146 5 (3.4 %) 27 (18.5 %)
Věk (roky) IFAT (2.64, df = 3, p = 0.4507),
cELISA (1.30, df = 3, p = 0.7281)< 1 – 4 105 3 (2.9 %) 10 (9.5 %)
≥ 4 – 9.5 196 3 (1.5 %) 27 (13.8 %)
≥ 9.5 – 15 178 4 (2.3 %) 20 (11.3 %)
≥ 15 – 34 111 5 (4.5 %) 13 (11.7 %)
neznámo 53 0 0
Plemeno IFAT (7.76, df = 7, p = 0.3541),
cELISA (23.40, df = 7, p = 0.0015)
Appaloosa 34 1 (2.9 %) 5 (14.7 %)
Ponny 59 3 (5.1 %) 6 (10 %)
Quarter horse 62 2 (3.2 %) 12 (19.4 %)
Salernitano 30 0 0
Sella Italiana 92 2 (2.2 %) 3 (3.3 %)
Trrotters 71 0 2 (2.8 %)
kříženci 60 0 7 (11.7 %)
další plemena 111 5 (4.5 %) 18 (16.2 %)
neznámo 124 2 (1.6 %) 17 (13.7 %)
StatistikaStatistika –– toxo, neo u kontoxo, neo u koníí v Itv Itááliilii
StatistikaStatistika –– toxo u osltoxo u oslůů v Itv Itááliilii
Coefficient Std Error z P
-1.98 0 0.9998
Pohlaví (samec) -17.0 -0.002 0.9980
Věk (roky) -0.709 -2.011 0.0443 0.01
Plemeno
kříženci -1.37 -2.277 0.0228 0.01
Sicilian-Grey 1.15 1.569 0.1167
Martina-Franca -381 -0.667 0.5047
Amiata -18.0 -0.004 0.9964
Ragusano 0.176 0.192 0.8479
Sardinian -18.5 -0.005 0.9963
Využití
Mléko 1.19 -0.004 0.9999
Pet 1.58 -0.002 0.9998
Chov 17.9 -0.007 0.9944
Přítomnost psů -0.28 1.05 0.1750
Přítomnost přežvýkavců -0.31 1.21 0.0980