Analýza přežití pro soubor nadory_zaludku_jicnu.sta
Soubor nadory_zaludku_jicnu.sta obsahuje údaje o 47 pacientech léčených na MOÚ
s nádorem jícnu (diagnóza C16) nebo žaludku a jícnu (diagnóza C15-16). Hlavním záměrem
je zkoumání doby přežití v závislosti na různých faktorech.
Úkol 1: Popište datový soubor (četnostní tabulky pohlaví, diagnózy, histologie, stadia, smrti,
výskytu relapsu, číselné charakteristiky věku, histogram věku – od 40 do 70 let s krokem 5).
Řešení:
Tabulka četností:sex (nadory_zaludku_jicnu.sta)
Kategorie Četnost Rel.četnost
M 35 74,46809
Ž 12 25,53191
Tabulka četností:diagnóza (nadory_zaludku_jicnu.sta)
Kategorie Četnost Rel.četnost
C15-16 12 25,53191
C16 35 74,46809
Tabulka četností:histologie (nadory_zaludku_jicnu.sta)
Kategorie Četnost Rel.četnost
adenokarcinom 27 57,44681
intestinální karcinom 6 12,76596
difuzní karcinom 14 29,78723
Tabulka četností:stadium (nadory_zaludku_jicnu.sta)
Kategorie Četnost Rel.četnost
nižší stadium (1 nebo 2) 31 65,95745
vyšší stadium (3 nebo 4) 16 34,04255
Tabulka četností:smrt (nadory_zaludku_jicnu.sta)
Kategorie Četnost Rel.četnost
žije 16 34,04255
zemřel/a 31 65,95745
Tabulka četností:vyskyt relapsu (nadory_zaludku_jicnu.sta)
Kategorie Četnost Rel.četnost
relaps nebyl 24 51,06383
relaps byl 23 48,93617
Popisné statistiky (nadory_zaludku_jicnu.sta)
Proměnná N platných Průměr Medián Minimum Maximum Sm.odch. Šikmost Špičatost
věk 47 58,7 60 41 74 8,95 -0,55 -0,49
Histogram z věk
nadory_zaludku_jicnu.sta 13v*47c
40 45 50 55 60 65 70 75
věk
0
2
4
6
8
10
12
14
Početpozorování
Úkol 2.: Vypočtěte číselné charakteristiky doby sledování pro různé skupiny pacientů (třídění
podle pohlaví, diagnózy, histologie, stadia, výskytu relapsu).
Řešení:
Popisné statistiky pro každou skupinu (nadory_zaludku_jicnu.sta)
Skupina Medián Průměr SmOdch PčNecenz PčCenzor CelkPčt
M 33,00000 32,60000 18,44260 23 12 35
Ž 28,00000 31,33333 20,05598 8 4 12
Celkem 30,00000 32,27660 18,65208 31 16 47
Popisné statistiky pro každou skupinu (nadory_zaludku_jicnu.sta)
Skupina Medián Průměr SmOdch PčNecenz PčCenzor CelkPčt
C15-16 36,00000 33,41667 15,42995 8 4 12
C16 30,00000 31,88572 19,82537 23 12 35
Celkem 30,00000 32,27660 18,65208 31 16 47
Popisné statistiky pro každou skupinu (nadory_zaludku_jicnu.sta)
Skupina Medián Průměr SmOdch PčNecenz PčCenzor CelkPčt
adenokarcinom 33,00000 33,96296 17,70372 17 10 27
intestinální karcinom 20,50000 27,16667 24,83076 4 2 6
difuzní karcinom 28,00000 31,21429 18,65137 10 4 14
Celkem 30,00000 32,27660 18,65208 31 16 47
Popisné statistiky pro každou skupinu (nadory_zaludku_jicnu.sta)
Skupina Medián Průměr SmOdch PčNecenz PčCenzor CelkPčt
nižší stadium (1 nebo 2) 33,00000 35,41936 18,11955 17 14 31
vyšší stadium (3 nebo 4) 19,50000 26,18750 18,71619 14 2 16
Celkem 30,00000 32,27660 18,65208 31 16 47
Popisné statistiky pro každou skupinu (nadory_zaludku_jicnu.sta)
Skupina Medián Průměr SmOdch PčNecenz PčCenzor CelkPčt
relaps nebyl 42,00000 39,66667 20,86534 9 15 24
relaps byl 24,00000 24,56522 12,26905 22 1 23
Celkem 30,00000 32,27660 18,65208 31 16 47
Úkol 3.: Zkonstruujte K-M odhad funkce přežití pro celý soubor pacientů a vypočtěte medián
a dolní a horní kvartil doby přežití. Kolik procent pacientů přežije 3 roky resp. 5 let?
Funkce přežití
Ukončené Cenzorované
-10 0 10 20 30 40 50 60 70 80
Čas přežití
0,2
0,3
0,4
0,5
0,6
0,7
0,8
0,9
1,0
Kumulat.podílpřeživších
Řešení:
Kvantily (nadory_zaludku_jicnu.sta) funkce přežití
Kvantily
Čas
přežití
25. kvantil (dolní kvartil) 17,55114
50. kvantil (medián) 30,06818
75. kvantil (horní kvartil)
(Horní kvartil není v tabulce uveden, protože nenastane situace, kdy by tři čtvrtiny pacientů
podlehly sledované diagnóze.)
14 pacientů (tj. 29,8 %) přežije 3 roky. 4 pacienti (tj. 8,5 %) přežijí 5 let.
Úkol 4.: Do jednoho grafu nakreslete K-M odhady funkce přežití pro pacienty s nižším a
vyšším stadiem nemoci a na hladině významnosti 0,05 testujte hypotézu, že doby přežití se
neliší.
Řešení:
Kumulativní podíl přeživších (Kaplan-Meier)
Ukončené Cenzorované
nižší stadium (1 nebo 2)
vyšší stadium (3 nebo 4)
0 10 20 30 40 50 60 70 80
Čas
-0,1
0,0
0,1
0,2
0,3
0,4
0,5
0,6
0,7
0,8
0,9
1,0
Kumulat.podílpřeživších
Výsledek G-W testu:
Test. statist. = 2,071201 p = ,03834
Nulovou hypotézu zamítáme na hladině významnosti 0,05.
Úkol 5.: Do jednoho grafu nakreslete K-M odhady funkce přežití pro pacienty s různým
typem histologie a na hladině významnosti 0,05 testujte hypotézu, že doby přežití se neliší.
Řešení:
Kumulativní podíl přeživších (Kaplan-Meier)
Ukončené Cenzorované
adenokarcinom
intestinální karcinom
difuzní karcinom
0 10 20 30 40 50 60 70 80
Čas
0,1
0,2
0,3
0,4
0,5
0,6
0,7
0,8
0,9
1,0
Kumulat.podílpřeživších
Výsledek chí-kvadrát testu:
Chí-kvadrát= 1,151168 sv = 2 p = ,56238
Nulovou hypotézu nezamítáme na hladině významnosti 0,05.