Využití software SAS pro analýzu dat
z observační studie zabývající
se měřením SGRQ skóre u pacientů
s CHOPN v běžné klinické praxi
Týmový projekt z matematické biologie
Autoři projektu:
Martina Timárová
Kateřina Maršálova
Matěj Ivan
Renata Zajíčková
Vedoucí projektu:
Mgr. Kateřina Fröhlich Jaro 2016
2
Obsah:
1. Úvod a cíl práce.................................................................................................................... 3
2. Úvod do problematiky........................................................................................................... 4
2.1. Onemocnění CHOPN..................................................................................................... 4
2.2. SGRQ skóre .................................................................................................................. 5
2.3. Léčba CHOPN............................................................................................................... 6
2.3.1. Farmakologické terapie .......................................................................................... 6
2.4. Program SAS ................................................................................................................ 8
2.4.1. Základy práce s SAS............................................................................................... 8
3. Datový soubor ...................................................................................................................... 9
4. Čištění a příprava dat ........................................................................................................... 9
5. Statistické údaje dat............................................................................................................ 10
5.1. Základní statistické charakteristiky datového souboru ................................................. 11
5.1.1. Statistická charakteristika pohlaví ........................................................................ 11
5.1.2. Statistická charakteristika statusu kuřáka............................................................. 11
5.1.3. Statistická charakteristika závislosti statusu kuřáka na pohlaví.............................. 12
5.1.4. Statistická charakteristika vedlejších účinků a jejich typů...................................... 12
6. Hypotézy ............................................................................................................................ 14
6.1. Hypotéza 1: Rozdíl SGRQ skóre mezi 2. a 1. návštěvou................................................. 15
6.2. Hypotéza 2: Rozdíl SGRQ skóre mezi 3. a 2. návštěvou................................................. 16
6.3. Hypotéza 3: Rozdíl SGRQ skóre mezi 3. a 1. návštěvou................................................. 16
6.4. Hypotéza 4: Rozdíl SGRQ skóre mezi 1., 2. a 3. návštěvou............................................. 17
6.5. Hypotéza 5: vliv pohlaví na SGRQ skóre ...................................................................... 17
6.6. Hypotéza 6: vliv kuřáckého stavu na SGRQ skóre ........................................................ 18
7. Závěr ................................................................................................................................. 19
8. Použité zdroje..................................................................................................................... 21
9. Přílohy ............................................................................................................................... 22
9.1. Kód SAS...................................................................................................................... 22
3
1.Úvod a cíl práce
Chronická obstrukční plicní nemoc (dále jako CHOPN) je chronické onemocnění, které
se projevuje dušností, kašlem a vykašláváním hlenů. Toto onemocnění je poměrně rozšířené a je
považováno za vážné. Dochází k zúžení průdušek a následnému omezení přívodu kyslíku do plic,
což v extrémních případech může mít za následek až srdeční selhání pravé poloviny srdce.
St. George's Respiratory Questionnaire (dále jako SGRQ) je dotazník, který hodnotí kvalitu
života pacientů na stupnici od 0 do 100, kde 0 znamená zdravého člověka. Tento dotazník
obsahující 76 otázek se skládá z 3 částí popisující symptomy, aktivity a dopad na běžný život,
ze kterých se vypočítává celkové skóre.
Cílem naší práce je srovnat kvalitu života pacientů před zahájením, v průběhu a po ukončení
studie především na základě jejich vlastního subjektivního hodnocení onemocnění. Dále jsme
se nažili zjistit, jak se jejich přístup k nemoci odráží na jejich zdravotním stavu.
Naše týmová práce zahrnovala tyto kroky:
● Zkontrolování, vyčištění a upravení dat před analýzou
● Spojení demografického datového souboru s daty návštěv
● Dopočítání věku a Body Mass Indexu (BMI)
● Popsání původních i odvozených dat
● Spojení demografického datového souboru s SGRQ skóre a s nežádoucími účinky
● Zjištění rozložení kvantitativních proměnných
● Zjištění rozdílů v SGRQ skóre (pro parciální i celkové) mezi jednotlivými návštěvami
● Zjištění, zda je rozdíl v celkovém SGRQ skóre mezi jednotlivými návštěvami statisticky
významný
● Zjištění, zda se rozdíl mezi vstupní a poslední návštěvou v celkovém SGRQ liší
mezi muži a ženami
● Zjištění, zda se rozdíl mezi vstupní a poslední návštěvou v celkovém SGRQ liší
mezi kuřáky a nekuřáky
● Zjištění počtů nežádoucích příhod a zjištění počtů a procent pacientů s alespoň jednou
nežádoucí příhodou dle daného preferovaného termínu v rámci systémové soustavy
● V rámci analýzy nežádoucích příhod zjištění počtů nežádoucích příhod a zjištění počtů
a procent pacientů s alespoň jednou nežádoucí příhodou dle preferovaných termínů
v rámci statutu kouření
● Shrnutí a interpretování zjištěných výsledků
4
2.Úvod do problematiky
2.1. Onemocnění CHOPN
Chronická obstrukční plicní nemoc patří mezi závažné a zároveň i relativně rozšířené
onemocnění. Jedná se o chronické zánětlivé onemocnění, které postihuje ve většině případů
dýchací soustavu. Pro tuto chorobu je charakteristické zužování a ucpávání plicních průdušek.
Tyto projevy mají za následek omezení průtoku vzduchu (tzv. bronchiální obstrukce).
Tato obstrukce je ireverzibilní, nebo málo reverzibilní.
Mezi nejčastěji postižená místa patří horní cesty dýchací, periferní průdušky, plicní parenchym
a plicní cévy.
V soudobé medicíně je pod pojmem CHOPN zahrnuto několik stavů. Jako první je zde
zahrnuta chronická bronchitida, což je zánětlivé onemocnění. Kašel je při tomto stavu přítomný
alespoň 3 měsíce během roku. Jako další je zde zahrnut emfyzém plic, pro který
je charakteristické abnormální trvalé rozšíření dýchacích cest. Plíce při tomto stavu ztrácí
elasticitu.
Hlavní příčinou tohoto onemocnění je kouření. To je zároveň označováno i jako největší
rizikový faktor. Skóre kvality života u pacientů s CHOPN je výrazně snížené převážně v oblasti
fyzické aktivity. Mezi další rizikové faktory patří i některé genetické předpoklady
(např. nedostatek alfa-1-antitrypsinu), znečištění ovzduší (SO2, polétavý prach atd.), dále také
časté onemocnění zápalem plic, nebo práce v prostředí, kde se vyskytují škodlivé plyny.
Chronická obstrukční plicní nemoc má velmi pomalý vývoj, až v řádech desítek let. Pacient
se stává dušným při námaze, trpí vlhkým kašlem a vykašlává hleny (expektorace). Tyto stavy
mohou po čase člověka omezovat i při rutinní fyzické námaze. Zúžené průdušky, ve kterých
se hromadí sekret, jsou vyhovujícím prostředím pro bakterie, které mohou způsobit i zápaly plic.
Při dlouhodobém onemocnění chronické obstrukční plicní nemoci může choroba narušit dodávky
kyslíku do tkání, což vede ke zvýšení počtu červených krvinek v krvi.
Těžké formy tohoto onemocnění mohou mít za následek až srdeční selhání pravé poloviny
srdce.
Pro diagnostiku je důležité provést podrobný rozbor rizikových faktorů. V anamnéze je také
velmi podstatné zjistit, zda pacient kouří (popř. délku kouření, počet cigaret za den,…). Dále
napomáhá poslech a rentgen plic. Definitivní diagnózu můžeme zjistit pomocí funkčního
vyšetření. Mezi nejpoužívanější metodu funkčního vyšetření patří spirometrie.
5
2.2. SGRQ skóre
Hodnocení kvality života pomocí dotazníků znamená odlišný přístup k posuzování vlivu
nemoci na člověka s respiračními obtížemi, než je tomu pomocí dosud nejčastějších ukazatelů,
tj. hodnot plicních funkcí. Kvalita vyjádřená skóre od 0 do 100 v dotazníku SGRQ znamená
nejlepší kvalitu života blízkou 0 a nejhorší blízkou 100. U CHOPN nemocní velmi často nevěnují
svým potížím (kašli, vykašlávání, malé dušnosti) pozornost a teprve větší dušnost při tělesné
zátěži výrazně zhorší jejich kvalitu života. Podle vyhodnocení studie Prof. MUDr. Vladimíra
Vondry [4] se právě III. a IV. stadium (těžké a velmi těžké stadium CHOPN) statisticky
významně lišilo v celkovém hodnocení skóre a v oblasti dopadu na kvalitu života od stadií
lehčích.
Pro lepší orientaci na poli chronické obstrukční plicní nemoci (CHOPN) bylo potřeba zavést
standardizovaný dotazník na změření zdraví u chronických dýchacích potíží.
Dotazník, který se využívá, dnes obsahuje 76 otázek a nazývá se St. George's Respiratory
Questionnaire (SGRQ). V tomto dotazníku máme tři podkategorie, z kterých se vypočítává
celkové skóre: symptomy, aktivity a dopad na běžný život. Byly vytvořeny tři studie. (1)
Opakovatelnost byla testována přes 2 týdny na 40 stabilních astmatických pacientech a na 20
pacientech se stabilním CHOPN. Odchylka pro celkové skóre SGRQ byla 19 %. (2) SGRQ skóre
bylo srovnáváno se spirometrií, šestiminutovou chůzí (6-MWD - ,,6-min walking distance”),
MRC (,,Medical Research Council”) dotazník na respirační symptomy (,,respiratory symptoms
questionnaire”), stres, deprese a všeobecné zdraví měřené pomocí Sickness Imact Profile skóre.
Celkem se studie účastnilo 141 pacientů, s průměrným věkem 63 let (rozsah byl 31 až 75)
s hodnotou ,,prebronchodilator” FEV1 47 % (rozsah 11 až 114 %). SGRQ skóre patřičně
koreluje. (3) Změny v SGRQ skóre a v dalších srovnávajících měřeních.
Vícerozměrná analýza ukázala, že změna v celkovém skóre SGRQ zahrnula změny v mnoha
aspektech průběhu nemoci. Z toho důvodu bylo zhodnoceno, že SGRQ je cenná hodnota
při zhoršení zdraví díky CHOPN nemoci, která je znovunaměřitelná a senzitivní. [5]
Metody, které byly u tohoto dotazníku použity ke stanovení hranice klinické významnosti,
mohou být rozdělený do tří oblastí - posouzení klinikem, posouzení pacientem a zjištění
referenčních kritérií. Podle publikace Jonese aspol. [6] hladina klinické významnosti určená
podle klinika je pro SGRQ 3,9 bodů, což bylo zaokrouhleno na 4 body. Klinické významnosti
určená podle pacienta byla rozdělena do třech kategorií: ,,žádná změna”, ,,účinná”, ,,velmi
účinná”. Kritická hodnota pro ,,účinná” byla stanovena na 4,3 bodů a pro ,,velmi účinná” na 8,1
bodů. [7]
6
2.3. Léčba CHOPN
Sympatomimetikum nebo adrenergikum je léčivo stimulující sympatickou část vegetativního
nervového systému. Způsobuje tím zvýšení krevního tlaku, zrychlení tepu, rozšíření dýchacích
cest, a obecné zvýšení výkonu a spotřeby energie. Další účinky jsou euforie, útlum centra hladu
v mezimozku s následným poklesem pocitu hladu a jiné.
Mezi základní léčby CHOPN patří tyto terapie: dlouhodobě působící β2-adrenergika, dlouhodobě
působící inhalační anticholinergika (tiotropium), kombinovaná terapie krátkodobě působících β2 adrenergik
a krátkodobě působících anticholinergik, inhalační kortikosteroidy, kombinovaná
terapie inhalačními kortikosteroidy a dlouhodobě působícími β2-adrenergikami, plicní
rehabilitace, dlouhodobé podávání noční neinvazivní mechanické ventilace (SIMV), domácí
kyslíková terapie a programy pro vyrovnávání se s nemocí (které zahrnují jakoukoliv kombinaci
vzdělávání pacientů, zvýšené sledování nebo self-management sezení). [6]
Odvykání od kouření je jediná léčba, která prokazatelně dokáže zpomalit zrychlený pokles plicní
funkce související s CHOPN. Zatímco míra poklesu FEV1 (Sekundová vitální kapacita plic)
je přibližně 60 ml ročně u kuřáků, je to jen přibližně 30 ml za rok mezi ex-kuřáky. Kromě toho,
odvykání od kouření snižuje úmrtnost z jakékoli příčiny o přibližně 27% (95% interval
spolehlivosti [IS] 1% -47%), vedené do značné míry velmi výrazným snížením kardiovaskulární
mortality (relativní riziko [RR] ve srovnání s pokračujícími kuřáky, 0,54, 95% CI, 0,32 až 0,92).
Nicméně zanechání kouření je obtížné dosáhnout a ještě těžší je tento stav udržet v dlouhodobém
období. Jediné doporučení lékaře pro kuřáckou abstinenci je spojeno s přibližně 5% podílem
dlouhodobé abstinence. Pokud je abstinence následovaná odvykacím poradenstvím, vzděláváním
a terapií nikotinovými náhražky (nebo léčbou antidepresivy, jako je bupropion a nortriptylin)
míra dlouhodobé abstinence může mít podíl až 25% u pacientů s brzkým CHOPN. Jakmile se
stává CHOPN klinicky evidentní, množství pacientů, kteří přestali kouřit, zůstává
symptomatologické a jejich dýchací cesty jsou opakovaně zanícené. Proto jsou u pacientů s
CHOPN s přetrvávajícími symptomy uvedeny další terapie. [7]
2.3.1. Farmakologické terapie
Farmakologická léčba CHOPN slouží k prevenci a kontrole příznaků, ke snížení frekvence
a tíže exacerbace, ke zlepšení celkového zdravotního stavu a k lepší toleranci fyzické zátěže. Lze
použít perorální nebo inhalační přípravky. Inhalační léčba sice vyžaduje správnou edukaci
a nutnost správné aplikace, její výhodou oproti perorálním lékům je však výrazně vyšší účinnost
7
léku a minimum nežádoucích účinků. Krátkodobě účinná bronchodilatance (β2-adrenergika
a anticholinergika) slouží především jako záchranná medikace k úlevě při dušnosti. V současné
době používáme v drtivé většině případů inhalační formy, např. salbutamol (Ventolin), fenoterol
(Berotec), ipratropium (Atrovent), či kombinaci fenoterolu a ipratropia (Berodual). V moderní
farmakologické léčbě CHOPN se již od druhého stadia používají dlouhodobě účinná β2adrenergika,
označovaná jako LABA (např. formoterol – Foradil, Oxis, salmeterol – Serevent)
a dlouhodobě účinná anticholinergika (tiotropium – Spiriva). Jedná se o léky s dobrou tolerancí
a s minimem nežádoucích účinků. Způsobují dlouhodobou, stabilní bronchodilataci, díky níž
se redukují příznaky nemoci a snižuje se potřeba záchranné medikace. Mají zřejmě i přímý
protizánětlivý účinek. Tiotropium i LABA snižují četnost exacerbací a hospitalizací, zlepšují
FEV1 a kvalitu života. Tiotropium mimo to snižuje reziduální objem a zlepšuje vitální kapacitu
plic. Výhodou formoterolu je rychlý nástup účinku, takže jej lze použít i jako záchranné
medikace. Od třetího stadia CHOPN jsou indikovány inhalační kortikoidy. Vedou ke snížení
četnosti exacerbací a pravděpodobně zvyšují délku přežití. Jejich dlouhodobý účinek vede
k trvalé bronchodilataci a působením tiotropia se zlepšují i plicní funkce. Tím dochází
ke zřetelnému zmírnění dušnosti a zvýšení tolerance námahy u pacientů s CHOPN. Ve druhém
stádiu se jako optimální ukazuje kombinace Spiriva – Foradil, u pacientů na přechodu II.-III.
stadia a ve třetím stadiu je optimální kombinací Spiriva – Symbicort nebo Spiriva – Seretide.
Teophyllin se dnes řadí do třetí linie léčby CHOPN. V současné době se používá výhradně
v retardované formě s prolongovaným účinkem (Euphyllin SR, Afonilum SR, Theo-Plus). Jeho
výhodou je bronchodilatační a protizánětlivý efekt, nevýhodou poměrně úzká terapeutická šíře
spojená s rizikem nežádoucích účinků. [8]
V souhrnu lze konstatovat, v souladu s pokyny výboru Globální iniciativy pro CHOPN,
že odvykání kouření je základním stavebním kamenem léčby chronických CHOPN. Inhalační
bronchodilatační terapie na základě potřeby by se měla zvážit u pacientů, kteří mají příležitostné
exacerbace. Pravidelná bronchodilatační terapie může být zahájena pro jedince, s přetrvávajícími
potížemi. Kombinovaná léčba (s β2-adrenergiky a anticholinergenikami), nebo použití
dlouhodobě působících činidel se jeví jako nejlepší přístupy v této situaci. U symptomatických
jedinců se středně těžkou až těžkou nemocí by mělo být bráno v úvahu přidání kortikosteroidů
s / bez dlouhodobě působícími β2-adrenergiky a plicní rehabilitací. U pacientů s hypoxií
v klidovém stavu musí být zahájena doplňková kyslíková terapie. I když je k dispozici jen málo
důkazů, očkování proti chřipce a pneumokokových onemocnění na CHOPN populaci,
prokazatelně redukovalo hospitalizace a úmrtí u obecně starší populace s jen minimálními
8
nadměrnými riziky pro příjemce, a tudíž jsou doporučené pro většinu pacientů se
symptomatickou CHOPN. [6]
2.4. Program SAS
Statistical Analysis System (dále jako SAS) vyvíjený firmou SAS Institute v letech 1966
až 1976 je softvérový program pro zpracování dat, jejich analýzu a následnou prezentaci. Jedna
z největších předností SAS je jeho široké spektrum využití na rozličné účely jako například:
● zadávání, vyhledávání a správa dát
● psaní správ a grafických návrhů
● statistické a matematické analýzy - vícerozměrné, prediktivní
● obchodní předpovědi a podporu rozhodování
● operační analýza a řízení projektů
● vývoj aplikací
Program SAS je také díky jeho uživatelské jednoduchosti, správě a interoperabilitě
významným prvkem na trhu business inteligence. Díky těmto vlastnostem je SAS program
jedním z nejpoužívanějších programů jak v akademických tak v obchodných kruzích.
Program SAS tvoří přes 200 modulů, které se liší svým využitím a funkcí ve zpracování dat
jako: vkládání dat a navrhování formulářů, přístupem k datům z databázových systémů,
víceuživatelským přístupem k datovým souborům SASu, statistickou analýzou a prognózováním,
řízením jakosti a navrhováním experimentů, finančním plánováním a přípravou výstupů, řízením
projektů a operačním výzkumem, laboratorním výzkumem nebo grafickou prezentací dat.
2.4.1. Základy práce s SAS
Základna SAS software obsahuje následující složky:
● Zařízení pro správu dat
● Programovací jazyk
● Nástroje pro analýzu dat a výkazy
Zařízení pro správu dat
SAS organizuje data do obdélníkového tvaru nebo tabulky, která se nazývá sada dat SAS.
V tomto souboru dat SAS, každý řádek představuje informaci o jednotlivé entitě a je nazýván
pozorování. Každý sloupec pak představuje stejný typ informací a nazývá se proměnná. Každý
9
samostatný údaj je hodnota dat. V souboru dat SAS, pozorování obsahuje všechny datové
hodnoty pro entitu; proměnná obsahuje stejný typ hodnot dat pro všechny subjekty (entity).
3.Datový soubor
Náš datový soubor sestává z dat získaných z anonymních dotazníků pacientů postižených
CHOPN.
V našem datovém souboru bylo obsaženo 200 pacientů, kteří zodpověděli relevantní část
dotazníku. Každému pacientovi bylo přiřazeno identifikační číslo, podle kterého se pacient
identifikuje v jednotlivých složkách dat. Tento datový soubor byl rozdělen do čtyř částí s daty
o pacientech.
První část dat obsahuje základní informace o pacientech, jako je jejich pohlaví, výška, váha,
datum narození a jejich kuřácký status. Ve druhé části byly k pacientům přiřazeny data jejich tří
návštěv. Třetí, velmi důležitá část dat, obsahuje výsledky jak parciálního, tak i celkového SGRQ
skóre z jednotlivých návštěv, ke kterým máme doplňující informace o typu případného výskytu
vedlejších účinků ve čtvrté části.
4.Čištění a příprava dat
V našem datovém souboru jsme měli původně 200 pacientů, jejichž počet se čištěním
zredukoval na 195. Těchto 195 pacientů bylo vhodných na další zpracování.
Data pacientů s neúplnými údaji jsme nemazali, ale chybné údaje jsme nahrazovali tečkou.
SAS totiž není schopen pracovat s nulami jako s chybějícími hodnotami, ale je schopen pochopit
tečku, jako prázdnou hodnotu, kterou pak nepočítá v rámci statistiky, aniž bychom museli mazat
pacienta z celého datového souboru. V datovém souboru bylo pár pacientů s neúplnými
informacemi, například chybějící výška, váha, pohlaví, nebo nekompletně zadané SGRQ skóre.
Jeden z našich prvních úkonů byl výpočet věků pacientů, protože jsme měli zadané pouze data
narození a data návštěv. Vypočítali jsme rozdíl mezi první návštěvou a datem narození. Dostali
jsme nová data s věkem pacientů. Ukázalo se, že při jednom pacientovi byly nesprávně zanesená
data, z důvodu, že nám jeho věk vyšel roven 0. Protože jde o observační studii onemocnění
s dlouholetým vývojem, zamítli jsme možnost, že se jednalo o reálný věk, a proto jsme datum
narození nahradili tečkou.
10
V průběhu čištění jsme objevili v databázi dva pacienty, kteří byli zaneseni duplicitně
a jednoho dalšího pacienta, který zde byl zanesen dokonce kvadruplicitně. Tyto duplikáty byly
jediné data, které jsme z datového souboru vymazali.
5.Statistické údaje dat
Tato kapitola se věnuje popisu základních statistických proměnných, jako je věk, pohlaví,
status kuřáka, hodnota SGRQ skóre nebo zastoupení a typ vedlejších účinků.
Tabulka č. 1 zobrazuje základní provedené statistiky na jednotlivých proměnných datového
souboru.
Proměnné Před vyčištěním Po vyčištění
N Průměr Min Max N Průměr Min Max
AGE 200 64,41 0,0 89,0 194 64,86 40,0 89,0
WEIGHT 199 82,18 42,0 172,0 194 82,11 42,0 172,0
HEIGHT 199 170,40 150,0 186,0 194 170,30 150,0 186,0
SCORE_T1 200 53,00 3,5 93,6 195 53,27 3,5 93,6
SCORE_S1 200 60,82 0,0 100,0 195 61,61 0,0 100,0
SCORE_A1 200 61,94 6,7 100,0 195 61,71 6,7 100,0
SCORE_I1 200 45,46 0,0 98,8 195 45,86 0,0 98,8
SCORE_T2 192 39,70 1,6 88,2 191 39,79 1,6 88,2
SCORE_S2 192 44,56 0,0 100,0 191 44,63 0,0 100,0
SCORE_A2 192 50,84 0,0 100,0 191 50,92 0,0 100,0
SCORE_I2 192 31,80 0,0 77,8 191 31,89 0,0 77,8
SCORE_T3 188 33,69 1,1 88,2 187 33,77 1,1 88,2
SCORE_S3 188 34,93 0,0 100,0 187 35,00 0,0 100,0
SCORE_A3 188 45,56 0,0 100,0 187 45,64 0,0 100,0
SCORE_I3 188 26,45 0,0 77,8 187 26,51 0,0 77,8
Tabulka č. 1 - statistické údaje studovaných proměnných
11
5.1. Základní statistické charakteristiky datového souboru
5.1.1. Statistická charakteristika pohlaví
Náš datový soubor obsahoval celkem 48 žen a 144 mužů z celkových 192 pacientů
s použitelnými daty po vyčištění. Jeden dotazovaný zde neuvedl své pohlaví. Muži tak tvoří 75
% souboru, ženy jsou v zastoupení 25% (Graf č. 1).
Graf č. 1 - zastoupení mužů a žen v datovém souboru
5.1.2. Statistická charakteristika statusu kuřáka
Po provedení statistických výpočtů na datovém souboru jsme zjistili, že je celkem 36
nekuřáků, 83 odvyknutých kuřáků a 73 kuřáků z celkového počtu 192 pacientů. Všichni pacienti
uvedli v dotazníku svůj status kouření. Kuřáci tak tvoří 38,02%, bývalí kuřáci 43,23%
a nekuřáci jsou v zastoupení 18,75%. (graf č. 2)
Graf č. 2 - zastoupení kuřáků v datovém souboru
12
5.1.3. Statistická charakteristika závislosti statusu kuřáka na pohlaví
V našem datovém souboru bylo 17 mužů kuřáků, 19 žen kuřaček, 70 mužů bývalých kuřáků,
13 žen bývalých kuřaček, 57 mužů nekuřáků a 16 žen nekuřaček. (graf č. 3)
Graf č. 3 - statistické údaje kuřáckého stavu
(192 respondentů)
5.1.4. Statistická charakteristika vedlejších účinků a jejich typů
V našem datovém souboru jsme obdrželi i informace o pacientech, u kterých byly
zaznamenány nežádoucí účinky. U těchto pacientů bylo zaznamenaných deset různých variant
nežádoucích účinků, které byly následně rozděleny do tříd podle typu orgánové soustavy (viz
graf č. 4). V našem případě to byly:
Respirační, hrudní a mediastinální poruchy: zánět nosohltanu (celkem při čtyřech pacientech),
chronická obstrukční plicní nemoc (u jednoho pacienta), dušnost (u jednoho pacienta)
a nepříjemné pocity na hrudi (celkem u pěti pacientů).
Poruchy nervového systému: bolest hlavy (celkem u dvou pacientů), závrať (u jednoho
pacienta) a parestézie (u jednoho pacienta).
Gastrointestinální poruchy: zácpa (u jednoho pacienta), sucho v ústech (celkově při dvanácti
pacientů)
Cévní poruchy: vysoký krevní tlak (u jednoho pacienta).
13
Graf č. 4.: Jednotlivé nežádoucí účinky podle rozděleny do tříd podle typu orgánové soustavy
V rámci naší statistiky jsme museli brát v úvahu skutečnost, že někteří pacienti mohli
vykazovat více než jeden vedlejší účinek, popřípadě několikrát jeden účinek.
Po provedení statistických výpočtů jsme zjistili, že u dvou pacientů byly zaznamenány dva
vedlejší účinky. U jednoho z těchto pacientů byly zaznamenány jevy jako zácpa a sucho v ústech.
Oboje spadá pod gastrointestinální poruch. Dále u druhého bylo zaznamenáno sucho v ústech
a parestézie, přičemž první spadá pod poruchy nervového systému a druhé pod gastrointestinální
poruchy. U jednoho pacienta byl čtyřikrát zaznamenán jeden nežádoucí účinek (nepříjemný pocit
na hrudi), a to celkem čtyřikrát. Naše statistické výpočty tedy prokázali, že ačkoli jsme měli
celkem 29 příhod, pacientů, kteří vykázali alespoň jednou nějaký nežádoucí účinek, bylo 24.
Celkem tedy 8 pacientů zaznamenalo nějaký typ respirační, hrudní nebo mediastinálních
poruchy, 4 pacienti měli vedlejší účinky spojené s poruchami nervového systému, 12 pacientů
vykázalo gastrointestinální poruchy a 1 pacient trpěl cévní poruchou (viz graf č. 5). V tomto
seznamu je však jeden pacient zaznamenán dvakrát, jelikož dva nežádoucí účinky, kterými trpěl,
spadají do dvou různých tříd.
V další statistice jsme vzali do úvahy možný vztah mezi kuřáckým stavem a výskytem
nežádoucích účinků. Po provedení statistiky jsme zjistili, že z pacientů, kteří vykázali alespoň
jeden nežádoucí účinek, bylo 11 aktivních kuřáků, 12 bývalých kuřáků a jen jeden nekuřák. Tedy
z pacientů, kteří vykázali alespoň jeden nežádoucí účinek, bylo 45 % aktivních kuřáků, 50 % exkuřáků
a 4 % nekuřáků (viz graf č. 6).
14
Graf č. 5.: počet pacientů, u kterých byly zaznamenány nežádoucí účinky
Graf č. 6.: výskyt nežádoucích účinků v závislosti na kuřáckém stavu
6.Hypotézy
Tato část je zaměřena na samotnou analýzu dat a hodnocení změn v SGRQ skóre pomocí
testových statistik. Jednotlivé proměnné byly otestované na normalitu pomocí vizuálního
hodnocení i pomocí testu normality, kdy pro změny v SGRQ skóre byla spočtena p-hodnota KS
testu jako <0,01, tj. na hladině významnosti α 5 % jde o signifikantní rozdíl a data jsme
nepovažovali za normální. Z tohoto důvodu byl využit Wilcoxonův test. Pro testování hypotéz,
zda má kouření či pohlaví vliv na změnu v SGRQ skóre jsme využili neparametrické testy.
Využit byl Mann-Whitneyův U test a Kruskal-Wallisův test. Všechny hypotézy byly stanoveny
na hladině významnosti α = 0,05. K testování byl použit software SAS.
15
6.1. Hypotéza 1: Rozdíl SGRQ skóre mezi 2. a 1. návštěvou
Nulovou a alternativní hypotézu jsme stanovili následovně:
H0: Mezi první a druhou návštěvou není rozdíl mezi hodnotami SGRQ skóre – (celkové T,
aktivit A, symptomů S, následků I)
H1: Mezi hodnotami rozdíl je.
Při testování pomocí Wilcoxonova testu (pro všechny čtyři porovnávané rozdíly skóre) phodnoty
vyšly méně než 0,01 (tab. č. 2). A tedy u všech testů zamítáme nulovou hypotézu
a potvrdili jsme, že na hladině významnosti 5 % mezi druhou a první návštěvou existuje rozdíl
v SGRQ skóre. Na základně kritické hladiny (4 body) klinické významnosti určené Jonesem
aspol. [6] jsme rozhodli, že všechny čtyři testované rozdíly jsou klinicky významné. Z toho
můžeme vyvodit, že u pacientů došlo ke zlepšení klinického stavu.
T2-T1 A2-A1 S2-S1 I2-I1
Hodnoty Wilcoxonova testu -12,31 -9,14 -12,46 -11,11
P-hodnota < 0,001 < 0,001 < 0,001 < 0,001
Zamítáme H0? Ano Ano Ano Ano
Střední hodnota (změna v
SGRQ skóre)
-13,47 -10,56 -17,26 -14,00
Tabulka č. 2.: výsledné hodnoty otestované hypotézy č. 1
16
6.2. Hypotéza 2: Rozdíl SGRQ skóre mezi 3. a 2. návštěvou
Nulovou a alternativní hypotézu jsme stanovili následovně:
H0: Mezi druhou a třetí návštěvou není rozdíl mezi hodnotami SGRQ skóre – (celkové T,
aktivit A, symptomů S, následků I)
H1: Mezi hodnotami rozdíl je.
Při testování pomocí Wilcoxonova testu (pro všechny čtyři porovnávané rozdíly skóre) phodnoty
vyšly méně než 0,01 (tab. č. 3). A tedy u všech testů zamítáme nulovou hypotézu
a potvrdili jsme, že na hladině významnosti 5 % mezi třetí a druhou návštěvou existuje rozdíl
v SGRQ skóre. Na základně kritické hladiny (4 body) klinické významnosti určené Jonesem
aspol. [6] jsme rozhodli, že všechny čtyři testované rozdíly jsou klinicky významné. Z toho
můžeme vyvodit, že u pacientů došlo ke zlepšení klinického stavu.
T3-T2 A3-A2 S3-S2 I3-I2
Hodnoty Wilcoxonova testu -9,23 -5,55 -10,01 -7,54
P-hodnota < 0,001 < 0,001 < 0,001 < 0,001
Zamítáme H0? Ano Ano Ano Ano
Střední hodnota (změna v
SGRQ skóre)
-6,13 -5,28 -9,08 -5,53
Tabulka č. 3.: výsledné hodnoty otestované hypotézy č. 2
6.3. Hypotéza 3: Rozdíl SGRQ skóre mezi 3. a 1. návštěvou
Nulovou a alternativní hypotézu jsme stanovili následovně:
H0: Mezi první a třetí návštěvou není rozdíl mezi hodnotami SGRQ skóre – (celkové T, aktivit
A, symptomů S, následků I)
H1: Mezi hodnotami rozdíl je.
Při testování pomocí Wilcoxonova testu (pro všechny čtyři porovnávané rozdíly skóre) phodnoty
vyšly méně než 0,01 (tab. č. 4). A tedy u všech testů zamítáme nulovou hypotézu
a potvrdili jsme, že na hladině významnosti 5 % mezi třetí a první návštěvou existuje rozdíl
v SGRQ skóre. Na základně kritické hladiny (4 body) klinické významnosti určené Jonesem
aspol. [6] jsme rozhodli, že všechny čtyři testované rozdíly jsou klinicky významné. Z toho
můžeme vyvodit, že u pacientů došlo ke zlepšení klinického stavu.
17
T3-T1 A3-A1 S3-S1 I3-I1
Hodnoty Wilcoxonova testu -15,33 -11,35 -16,99 -13,61
P-hodnota < 0,001 < 0,001 < 0,001 < 0,001
Zamítáme H0? Ano Ano Ano Ano
Střední hodnota (změna v
SGRQ skóre)
-19,72 -15,58 -27,35 -19,63
Tabulka č. 4.: výsledné hodnoty otestované hypotézy č. 3
6.4. Hypotéza 4: Rozdíl SGRQ skóre mezi 1., 2. a 3. návštěvou
Nulovou a alternativní hypotézu jsme stanovili následovně:
H0: Mezi první, druhou a třetí návštěvou není rozdíl mezi hodnotami SGRQ skóre – (celkové
T, aktivit A, symptomů S, následků I)
H1: Mezi hodnotami rozdíl je.
Při testování pomocí Kruskal-Wallisova (pro všechny čtyři porovnávané rozdíly skóre) phodnoty
vyšly méně než 0,001 (tab. č. 5). A tedy u všech testů zamítáme nulovou hypotézu
a potvrdili jsme, že na hladině významnosti 5 % mezi třetí, druhou a první návštěvou existuje
rozdíl v SGRQ skóre.
SCORE T SCORE A SCORE S SCORE I
Hodnota Kruskal-Wallisova
testu
81,54 116,98 75,77 59,59
P-hodnota < 0,001 < 0,001 < 0,001 < 0,001
Zamítáme H0? Ano Ano Ano Ano
Tabulka č. 5.: výsledné hodnoty otestované hypotézy č. 4
6.5. Hypotéza 5: vliv pohlaví na SGRQ skóre
Nulovou a alternativní hypotézu jsme stanovili následovně:
H0: Hodnoty SGRQ skóre mezi muži a ženami jsou shodné.
H1: Hodnoty SGRQ skóre mezi muži a ženami nejsou shodné.
18
Výsledek Wilcoxonova testu vyšel téměř 0,079 (tab. č. 6). Nulovou hypotézu tedy nezamítáme
na hladině významnosti 5 %. Z toho vyvozujeme, že pohlaví nemá vliv na hodnotu SGRQ skóre.
Hodnota Wilcoxonova testu P-hodnota Zamítáme H0?
1,757 0,079 Ne
Tabulka č. 6.: výsledné hodnoty otestované hypotézy č. 4
6.6. Hypotéza 6: vliv kuřáckého stavu na SGRQ skóre
Nulovou a alternativní hypotézu jsme stanovili následovně:
H0: Hodnoty SGRQ skóre mezi kuřáky a nekuřáky jsou shodné.
H1: Hodnoty SGRQ skóre mezi kuřáky a nekuřáky jsou shodné.
Výsledek Kruskal-Wallisova testu vyšel 0,250 (tab. č. 7). Nulovou hypotézu tedy nezamítáme
na hladině významnosti 5 %. Z toho vyvozujeme, že kuřáctví nemá vliv na hodnotu SGRQ skóre.
Hodnota Kruskal-Wallisova testu P-hodnota Zamítáme H0?
2,777 0,250 Ne
Tabulka č. 7.: výsledné hodnoty otestované hypotézy č. 5
19
7.Závěr
V našem datovém souboru se vyskytovali pacienti poměrně starší věkové kategorie jak
s dobrou, tak se špatnou kvalitou života zjištěnou za pomocí hodnotí SGRQ, které jsme měli
k dispozici. Data jsme vyčistili a poté v programu SAS vytvořili základní statistiky
z nevyčištěného souboru a následně z vyčištěného. Náš vyčištěný datový soubor obsahoval 75,26
% mužů, 24,74% žen. Dále pak 37,40% kuřáků, 44,10% bývalých kuřáků a 18,50% nekuřáků.
Dále jsme udělali statistiku nežádoucích účinků. Z těchto dat jsme zjistili, že ze 195 pacientů,
kteří se podíleli na studii, byl u 24 zaznamenán výskyt nežádoucího účinku. Celkem tedy 8
pacientů zaznamenalo nějaký typ respirační, hrudní nebo mediastinálních poruchy, 4 pacienti
měli vedlejší účinky spojené s poruchami nervového systému, 12 pacientů vykázalo
gastrointestinální poruchy a 1 pacient trpěl cévní poruchou. V tomto seznamu je však jeden
pacient zaznamenán dvakrát, jelikož dva nežádoucí účinky, kterými trpěl, spadají do dvou
různých tříd. Při porovnávání výskytu nežádoucích účinků v závislosti na kuřáckém stavu nám
vyšla statistika, že z pacientů, kteří vykázali alespoň jeden nežádoucí účinek, bylo 45 % aktivních
kuřáků, 50 % ex-kuřáků a 4 % nekuřáků.
Naším hlavním cílem této práce bylo definování hypotéz, které jsme následně testovali. První
skupinou hypotéz bylo testování, zda se jednotlivé hodnoty SGRQ skóre liší v mezi jednotlivými
návštěvami. Tedy testovali jsme rozdíl hodnot SGRQ skóre jak v rámci celkových hodnot,
tak i mezi hodnotami parciálního skóre (aktivit, symptomů, následků) při první, druhé a třetí
návštěvě. U všech těchto hypotéz jsme na 5% hladině významnosti rozhodli, že nulovou
hypotézu zamítáme a tedy se zde vyskytuje změna mezi jednotlivými hodnotami skóre. Zároveň
jsme rozhodli, že všechny testované rozdíly jsou klinicky významné. Z těchto tvrzení můžeme
dále vyvodit, že u pacientů došlo ke zlepšení klinického stavu.
Obdobnou hypotézou bylo i testování zda se skóre lišilo mezi první, druhou a třetí návštěvou
mezi jednotlivými typy SGRQ skóre. I u těchto hypotéz jsme na 5% hladině významnosti
rozhodli, že nulovou hypotézu zamítáme a tedy se zde vyskytuje změna mezi jednotlivými
hodnotami skóre.
Další testovanou hypotézou byl vliv pohlaví na SGRQ skóre, kde nám vyšla p-hodnota skoro
0,08 a tedy na 5% hladině významnosti nulovou hypotézu zamítáme a můžeme říci, že pohlaví
nemá vliv na hodnotu SGRQ skóre.
20
Poslední testovanou hypotézou byl vliv kouření na SGRQ skóre. Zde nám vyšla p-hodnota
0,25, což nám rovněž zamítá nulovou hypotézu a tedy i to, že to, zda pacient kouří, kouřil nebo
nekouří, nemá vliv na hodnotu SGRQ skóre.
21
8.Použité zdroje
1. https://www.google.cz/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=8&cad=rja&uact=8
&ved=0ahUKEwi0x5iY8rHLAhXGRhQKHUu2DrUQFghNMAc&url=http%3A%2F%2
Fwww.cls.cz%2Fdokumenty2%2Fpostupy%2Fr122.rtf&usg=AFQjCNFCGcJZMh4uYjB
PiigYwL_2kzV6sg&sig2=wbnftfXcckKsL3K0PV58Ag
2. CHOPN. Stefajir. http://www.stefajir.cz/?q=chopn (12.3.2016)
3. CHOPN. Vitalion. http://nemoci.vitalion.cz/chronicka-obstrukcni-plicni-nemoc/
(12.3.2016)
4. Prof. MUDr. Vladimír Vondra, DrSc., Trendy moderních konsenzů u chronické
obstrukční plicní nemoci, remedia (03/2005)
5. Jones PN, Quirk FH, Bavevstock CM et al. A self-complete measure of health status for
chronic airway limitation. Am Rev Respir Dis 1999; 145: 1321–1327.
6. Jones and co. , SGRQ manual
http://www.healthstatus.sgul.ac.uk/SGRQ_download/SGRQ%20Manual%20June%20200
9.pdf
7. Hodnocení kvality života u nemocných s bronchiální obstrukcí (Salajka František,
Grada Publishing a.s., 24. 5. 2006)
8. MUDr. Jaromír Zatloukal, Novinky v terapii CHOPN, Med. Pro Praxi 2007; 4(7–8): 301–
304
9. http://www.pneumologie.cz/soubory/Standard%20verze%20kratka%20-
%20korekce%202.6.2013.pdf
10. Sin DD, McAlister FA, Man SFP et al. Contemporary management of COPD. JAMA
2003; 262: 2301–2312.
11. SAS. Sas. http://www.sas.com/cs_cz/home.html (15.4.2016)
12. SAS. Support.SAS. http://support.sas.com/resources/ (15.4.2016)
22
9.Přílohy
9.1. Kód SAS
Import dat
23
Spojení jednotlivých dat do jednoho souboru, který nám posloužil na obecnou statistiku
Nová tabulka, vytvořená ze spojené tabulky a již vyčištěná
24
Statistika nežádoucích příhod
Testování hypotéz pro skóre SGRQ
Pro porovnání je zde i testování hodnot v absolutní hodnotě a testy vůči pohlaví a
kuřáctví.
25
Zbytek testovaných hypotéz pro skóre v kategorii SGRQ Symptomy
Testování hypotéz pro skóre v kategorii SGRQ Aktivity
26
Testování hypotéz pro skóre v kategorii SGRQ Následky
Testování hypotéz pro skóre v kategorii SGRQ Celkově
27
Testování hypotéz pro změnu skóre ve všech kategoriích SGRQ