Sylabus praktických cvičení k předmětu
„Speciální metody analýzy mikroorganismů I.“
Charakteristika bakterií z izolovaných kolonií metodou PCR a sekvenováním
Cvičení č. 1:
a) Příprava bakteriálních lyzátů z kultur čeledi Pasteurellaceae (Pasteurella,
Mannheimia, Actinobacillus, Moraxella)
b) Amplifikace tří specifických genů
Cvičení č. 2:
a) Elektroforéza výsledku, purifikace PCR produktů
Cvičení č. 3:
a) Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k
sekvenování
b) Počítačová analýza výsledku sekvenování
Izolace bakteriální DNA z tekuté kultury, charakteristika izolátu
Cvičení č. 4:
a) Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli
b) Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky
Detekce bakteriální DNA v biologickém materiálu
Cvičení č. 5:
a) Izolace genomové DNA ze vzorku s obsahem Chlamydia trachomatis
b) Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky
c) Polymerázová řetězová reakce systémem end-point
Cvičení č. 6:
a) Vyhodnocení cvičení č. 4 elektroforézou
b) Real-time PCR pro Chlamydia trachomatis