MAPOVÁNÍ DNA GENOMU POMOCÍ
RESTRIKČNÍCH ENDONUKLEÁZ
Rozpoznávací místo = místo rozpoznávané
restriktázou
Restrikční místo = místo (sekvence DNA)
v němž probíhá štěpení restriktázou
Restrikty (restrikční fragmenty) = DNA
fragmenty vzniklé štěpením restriktázami
Restrikční mapa = znázorňuje počet
restrikčních fragmentů DNA a jejich uspořádání
v genomu
Na mapě jsou vyznačená místa štěpení
restriktázami a poloha jednotlivých restrikčních
míst v genomu
Vzdálenost RE míst je dána velikostí
fragmentu DNA (v bp) mezi dvěma sousedními
RE-místy
Velikost fragmentů ← elektroforéza
MAPOVÁNÍ DNA GENOMU POMOCÍ
RESTRIKČNÍCH ENDONUKLEÁZ
potřeba zajistit identifikaci všech fragmentů
- malé fragmenty mohou být nezřetelné
fragmenty jež mají přibližně stejnou velikost svítí přibližně
stejnou intenzitou
- pokud ne – „dvojband“
Význam:
- charakterizace DNA
- i analýza příbuznosti
- hledání fenotypových markerů
Mapování s využitím exonukleázy:
↓↓
-----I--------------I-----I-------I----------------
↑↑
1. Exonukleáza k DNA v různých časových intervalech
2. Zastavení reakce
3. Štěpení restrikčními endonukleázami
4. Elektroforéza
Metoda hledMetoda hledáánníí ppřřekryvekryvůů mezimezi
sekundsekundáárnrníími fragmenty v rmi fragmenty v ráámcimci
primprimáárnrníích fragmentch fragmentůů
500900800
600
1900
300
Velikost
sekundarnich
fragmentu
50090014002200Velikost
primarniho
fragmentu
A4A3A2A1Primární
fragment
900
300
800
500
1900
600
120013002500
B3B2B1
Dva fragmenty se mohou pDva fragmenty se mohou přřekrývat jestliekrývat jestližže obsahuje obsahujíí
sekundsekundáárnrníí fragment stejnfragment stejnéé ddéélkylky
SouSouččet velikosti prim a sec. fragmentet velikosti prim a sec. fragmentůů se musse musíí shodovatshodovat
SouSouččet velikosti prim. fragmentet velikosti prim. fragmentůů v obouv obou ššttěěpenpeníích musch musíí
být shodnýbýt shodný
Konstrukce restrikční mapy
200
100
400
300
300
200
800Velikost
sekundarních
fragmentů
300700500800Velikost
primarního
fragmentu
A4A3A2A1Primární
fragment
800
200
1000
B3
100400
300
300
200
100700500
B4B2B1