Cvičení 1
Seznámení s R
Bi7491 Regresní modelování
Cvičení 1
Úvod
Ondřej Májek, 2019
Bi7491 Regresní modelování – Opakování základů biostatistiky
Institut biostatistiky a analýz
Lékařská fakulta, Masarykova univerzita
Co je ?
Jazyk a prostředí pro statistické výpočty a vizualizace
GNU projekt
vychází z jazyka S (Bell Labs) – J. Chambers
JE ZDARMA – licence GNU/GPL
Ke stažení na adrese http://www.r-project.org/
Ondřej Májek, 2019
Bi7491 Regresní modelování – Opakování základů biostatistiky
Institut biostatistiky a analýz
Lékařská fakulta, Masarykova univerzita
Použitá literatura
Dalgaard, P (2008) Introductory statistics with R, sec. ed., Springer.
An introduction to R
http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf
Ondřej Májek, 2019
Bi7491 Regresní modelování – Opakování základů biostatistiky
Institut biostatistiky a analýz
Lékařská fakulta, Masarykova univerzita
Základy
příkazový řádek
odeslání řádku způsobí vyhodnocení výrazu
přiřazovací příkaz <- (ale funguje i obyčejné =)
názvy proměnných citlivé na malá/velká písmena
definice vektoru pomocí funkce c(...)
funkce vždy se závorkami: t.test(...)
pro řetězce znaků lze používat jednoduché i dvojité úvozovky
chybějící hodnota značena NA
boolovské hodnoty TRUE, FALSE
komentář #
Ondřej Májek, 2019
Bi7491 Regresní modelování – Opakování základů biostatistiky
Institut biostatistiky a analýz
Lékařská fakulta, Masarykova univerzita
Vytvoření vektoru
definice vektoru pomocí funkce c(...)
posloupnost: funkce seq(...), dvojtečka 5:9
replikace vektoru: rep(...)
Ondřej Májek, 2019
Bi7491 Regresní modelování – Opakování základů biostatistiky
Institut biostatistiky a analýz
Lékařská fakulta, Masarykova univerzita
Vytvoření matice
> matrix(1:12, nrow=3)
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 4 7 10
[2,] 2 5 8 11
[3,] 3 6 9 12
Ondřej Májek, 2019
Bi7491 Regresní modelování – Opakování základů biostatistiky
Institut biostatistiky a analýz
Lékařská fakulta, Masarykova univerzita
Vytvoření faktoru
uložení kategoriální proměnné
určení pořadí a jmen kategorií
> pain <- c(0,3,2,2,1)
> fpain <- factor(pain, levels=0:3)
> levels(fpain) <- c("none","mild","medium","severe")
Ondřej Májek, 2019
Bi7491 Regresní modelování – Opakování základů biostatistiky
Institut biostatistiky a analýz
Lékařská fakulta, Masarykova univerzita
Vytvoření seznamu (list)
složený objekt – obsahuje zmíněné jednoduché objekty
> mylist <- list(before=intake.pre,after=intake.post)
> mylist$before
Ondřej Májek, 2019
Bi7491 Regresní modelování – Opakování základů biostatistiky
Institut biostatistiky a analýz
Lékařská fakulta, Masarykova univerzita
Vytvoření rámce (dataframe)
složený objekt – obsahuje zmíněné jednoduché objekty
vektory/faktory stejné délky
řádek odpovídá jedné experimentální jednotce (pacient, zvíře, lokalita)
> d <- data.frame(intake.pre,intake.post)
> d$intake.pre
Ondřej Májek, 2019
Bi7491 Regresní modelování – Opakování základů biostatistiky
Institut biostatistiky a analýz
Lékařská fakulta, Masarykova univerzita
Indexování
hranaté závorky za jménem vektoru: [...]
např.: intake.pre[5], d[5,1], d[5,], d[,1]
ale můžeme získat i větší podmnožinu: intake.pre[c(5,6)]
nebo něco naopak vynechat: intake.pre[-c(5,6)]
pomocí podmínky: intake.post[intake.pre > 7000]
jaké jsou vlastně operátory:
< > == <= >= !=
& | !
obyčejné „rovná se“ je určeno zejména pro přiřazování funkčních argumentů
Ondřej Májek, 2019
Bi7491 Regresní modelování – Opakování základů biostatistiky
Institut biostatistiky a analýz
Lékařská fakulta, Masarykova univerzita
Pomoc!!!
pomocný portál help.start()
ke konkrétnímu příkazu help(aggregate), ?aggregate
hledání: apropos(“”), help.search(“”)
Ondřej Májek, 2019
Bi7491 Regresní modelování – Opakování základů biostatistiky
Institut biostatistiky a analýz
Lékařská fakulta, Masarykova univerzita
Knihovny
nejprve musíme nainstalovat: Packages / Install Package(s)...
pak nahrát do systému: Packages / Load Package...
nebo příkazem library(survival)