logo-IBA-prezentace-pruhledny Kapitola VIII Meta-analýza Výuka IBA logo-IBA-transparent Východiská §Povinnosť publikovať nové dáta a z toho vyplývajúca dostupnosť dát §Databázy: §Gene Expression Omnibus •1 638 047 vzoriek Homo Sapiens z 5 454 platforiem v 47 780 súboroch §ArrayExpress •72 068 súborov (27 043 Homo Sapiens), 2 368 358 vzoriek §Ostatné zdroje: §Prílohy publikácii §Webové stránky §Publikácie § § § § § logo-IBA-transparent Supertabuľka súborov §Možnosti integrácie: §Horizontálne – rovnaké vzorky z rozdielnych technológii §Vertikálne – rovnaká technológia rozdielne vzorky logo-IBA-transparent Supertabuľka súborov §Možnosti integrácie: §Horizontálne – rovnaké vzorky z rozdielnych technológii §Vertikálne – rovnaká technológia rozdielne vzorky logo-IBA-transparent Východiská II. §Povinnosť publikovať nové dáta a z toho vyplývajúca dostupnosť dát §Typický experiment: §Hypotézy limitované počtom vzoriek §Rozdielne výsledky jednotlivých experimentov §Variabilita dát (medzi experimentami) § § § § § § § § META-ANALÝZA DEFINICIA logo-IBA-transparent Príprava dát 1.Vyhľadanie dostupných súborov 2.Kontrola duplicitných vzoriek 3.Zjednotenie klinických premenných 4.Konverzia identifikátorov sond 5.Kontrola expresných dát (škála, normalizácia) logo-IBA-transparent Problémy §Spôsob zlučovania expresných dát §Rôzne populácie, výber vzoriek, experimentálny design §Heterogenita medzi súbormi §Spôsob zlučovania výsledkov §Prezentácia a vizualizácia výsledkov §Komplexné analýzy (predpovedanie skupín, objavovanie skupín) § § logo-IBA-transparent Príklad – prijímacie konanie Muži Ženy Prijatí 1198 557 Neprijatí 1493 1278 Pomer šancí: (1278/557)/(1493/1198) = 1,84 p<2,2*10-16 Fakulta Pomer šancí P A 0,35 10-5 B 0,80 0,68 C 1,13 0,39 D 0,92 0,60 E 1,22 0,36 F 0,83 0,55 logo-IBA-transparent Meta-analýza veľkosť efektu variabilita v experimente variabilita medzi experimentami logo-IBA-transparent Príklad – prijímacie konanie Muži Ženy Prijatí 1198 557 Neprijatí 1493 1278 Pomer šancí: (1278/557)/(1493/1198) = 1,84 p<2,2*10-16 Fakulta Pomer šancí P A 0,35 10-5 B 0,80 0,68 C 1,13 0,39 D 0,92 0,60 E 1,22 0,36 F 0,83 0,55 logo-IBA-transparent Úrovne kombinácie výsledkov logo-IBA-transparent Ďalšie zdroje §https://methods.cochrane.org/pma/welcome §Ivana Ihnatová: Metody meta-analýzy výsledků CGH, expresních a microRNA array studií. §