Název kurzu: Bi 8312 Praktikum z molekulární biologie virů
Vyučující: Mgr. Tibor Botka, Ph.D., doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc.
Forma praktika: blokové cvičení - probíhá v zápočtovém týdnu jarního semestru od
13. 5. do 17. 5. 2019.
Studenti pracují ve skupinách stanovených vyučujícím a dbají pokynů bezpečnosti
práce.
1. Harmonogram praktika a návody jednotlivých úloh budou k dispozici na IS. Na
praktikum přineste s sebou vytisknuté návody!
2. Harmonogram výuky je upravován dle průběhu a úspěšnosti experimentů.
3. Vlastní experimenty budou zahájeny v pondělí a pokračují následující dny.
4. Výsledky studenti prezentují formou protokolů. Úlohy řešené ve skupině se
odevzdávají za celou skupinu.
5. Zápočet bude udělen vyučujícími po obdržení všech protokolů.
Harmonogram pokusů ve cvičení z molekulární biologie virů 2019
Den Čas (hod) Řešené úkoly
Pondělí
13.5.
Od: 9:00 Teorie: seznámení s experimenty, bezpečnost práce.
1a) Sledování průběhu indukce profága (cca 4 h):
- indukce mitomycinem C, sledování indukce pomocí
destičkového spektrofotometru Tecan Infinite
- stanovení PFU a CPM
2a) Izolace mutant polyvalentního fága 812 a 812h1 (cca 1 h):
- vysetí fága 812 a 812h1 na rezistentní kmeny
Úterý
14.5.
Od: 9:00 2b) Izolace mutant polyvalentního fága 812 a 812h1 (cca 3 h):
- odpíchnutí plak, výpočet frekvence spontánních mutant,
tvorba „minilyzátů“ a pomnožení fága na plotně, PCR
3a) 1-stupňová růstová křivka fága 812 a 812h1 (cca 3 h):
- infekce kmene SA 812 a SA 1039 fágy 812 a 812h1.
- odběry a zpracování vzorků
Středa
15.5.
Od: 9:00 2c) Izolace mutant polyvalentního fága 812 a 812h1 (cca 5 h):
- purifikace PCR produktu, sekvenace, smytí fág. mutant
z misek a pomnožení do 50 ml
3a) 1-stupňová růstová křivka fága 812 a 812h1 (cca 2 h):
- qPCR (LightCycler® 480)
Čtvrtek
16.5.
Od: 9:00 1a) Sledování průběhu indukce profága (cca 0,5 h):
- vyhodnocení experimentu
2d) Izolace mutant polyvalentního fága 812 a 812h1 (cca 1 h):
- stanovení citlivosti kmenů rezistentních k fágům
k izolovaným fágovým mutantám
3b) 1-stupňová růstová křivka fága (cca 0,5 h):
- vyhodnocení
4) Ultrafiltrace lyzátu fágové mutanty (cca 5 h):
- titr před a po ultrafiltraci a po zahuštění na amiconu
Pátek
17.5.
Od: 9:00 2d) Izolace mutant polyvalentního fága 812 a 812h1 (cca 2 h):
- vyhodnocení a bioinformatická analýza sekvenačních dat
4) Ultrafiltrace lyzátu fágové mutanty (cca 0,5 h):
- vyhodnocení