setwd('TODO') #nastaveni adresare s daty a funkcemi
source('procrustes_algo.R')

data = 'TODO'

# vypiseme si vsechny sloupce
print(names(data))

# (1) transformace dat
# prediktory
ID = data$id
'TODO - priradte dalsi prediktory z dat ktere budeme potrebovat'
strana = 'TODO'
pohlavi = 'TODO'
vek = 'TODO'

# jmena landmarku ve vektoru (vyuzijeme pozdeji)
x.landmark = 'TODO'
y.landmark = 'TODO'

# pocty
pocet_opakovani = sum(ID == 1 & strana == 'L')
pocet_landmarku = 'TODO'
pocet_jedincu = 'TODO'
pocet_mereni = 'TODO'
pocet_mereni_strany = 'TODO'

# vytvoreni pole s dimenzi pocet_jedincu x 2 x pocet_landmarku
hand.lmks.array.1A = array(dim=c(pocet_landmarku, 2, pocet_mereni))
hand.lmks.array.1A[,1,] = 'TODO - nezapomente transponovat data pomoci t(...) aby vam sedela dimenze'
hand.lmks.array.1A[,2,] = 'TODO'

# prejmenovani dimenzi
dimnames(hand.lmks.array.1A)[[1]] <- paste("L",1:pocet_landmarku , sep ="")
dimnames(hand.lmks.array.1A)[[2]] <- 'TODO'


# (2) preskalovani jednotek
# prepocet jednotek z pixelu na mm - 150 pixelu na 1 palec, 1 palec = 25.4mm
skala = 'TODO'
hand.lmks.array.1A = hand.lmks.array.1A * skala

# TODO: vypiste si hand.lmks.array.1A[,1,1] a zkontrolujte ze hodnoty davaji smysl!


# (3) krabicove diagramy centroidove velikosti
# centroidova velikost (funkce cs je uz naprogramovana za vas)
CS.1A = apply(hand.lmks.array.1A, 'TODO', cs)

# vuci interakci strane a pohlavi
boxplot(CS.1A ~ strana : pohlavi, ylab='centroidova velikost', notch=TRUE)
points(tapply(CS.1A, strana : pohlavi, mean), pch=16, cex=2)

# krabicovy diagram centroidove velikosti vuci pohlavi (s aritmetickymi prumery)
'TODO'

# vuci strane
'TODO'

# (4) nakreslete PSC a PMS do jednoho obrazku
# Procrustova optimalni transformace
PSC.1A = 'TODO'
PMS.1A = 'TODO'

# nastaveni okraju grafu
par(mar=c(5,5,1,1))

# prvni graf "naprazdno" (type="n") abychom si ho pripravili
plot(PSC.1A[,1,], PSC.1A[,2,], type= "n", pch=1, asp=1, xlab= "x - PSC ", ylab= "y - PSC")

# pridavani PSC do grafu
for(i in 1:pocet_mereni){
  points('TODO', pch=16, cex=0.5)
}
# pridani PMS
'TODO'

# (5) zobrazeni pro prvniho jedince
kod.1L <- ID == 1 & strana =="L"
kod.1R <- 'TODO'
PMS.1L <- 'TODO'   # pro vyber mereni pouzijte PSC.1A[,,kod.1R]
PMS.1R <- 'TODO'

# priprava grafu
par(mfcol = c(1,2) , mar = c(5,5,1,1) )

# graf "naprazdno"
plot(PSC.1A[,1,] , PSC.1A[,2 ,] , type ="n", pch=1, asp =1, xlab ="x - PSC", ylab ="y - PSC", sub ="ID -1, L", font.sub =2)

# vykresleni vsech mereni leve ruky prvniho jedince
points(PSC.1A[,1, kod.1L ] , PSC.1A[,2 , kod.1L ] , pch=1)
# PMS leve ruky prvniho jedince (PMS.1L)
points('TODO' , pch =16 , col ="red", cex=0.8)
# PMS vsech dohromady (PMS.1A)
'TODO'

# to stejne pro pravou ruku
'TODO'

# (6)
'TODO'