ORDINAČNÍ DIAGRAMY
JAK JE ČÍST
TIPY A TRIKY
1
[USEMAP]

ORDINAČNÍ DIAGRAMY: PCA A CA
2
PCA
(D)CA
vzorky
~ Eukl. vzdálenosti
~ ChiSq. vzdálenosti
druhy
~ korelace s osami (a navzájem)
Optima druhů na osách
[USEMAP]

NMDS, PCOA
3
Druhová skóre určena korelacemi s osami (odpovídá lin. metodám)
[USEMAP]

PŘÍLIŠ MNOHO DRUHŮ V ORD. DIAGRAMU -> NEČITELNÝ
oZmenšení písma (cex = 0.6 nebo tak)
oZkratky jmen, např. GenuSpec
oPoloprůsvitné barvy písma
oManuální posun překrývajících se jmen
•OK, když je skóre zobrazeno i bodem, šipkou
•Radši ne, když je skóre zobrazeno jen jménem
oVýběr zobrazených druhů
•Lineární metody, přímá ordinace: nejlépe fitující druhy
•CA, DCA: druhy s největší váhou
o
4
[USEMAP]

5
PASIVNÍ PROMÍTÁNÍ PROMĚNNÝCH (PROSTŘEDÍ) DO NEPŘÍMÉ ORDINACE
vegan::envfit()
[USEMAP]

6
6
matice druhových dat
skóre vzorků na první a druhé ose PCA
PCA
proměnné prostředí
korelace
ordinační diagram PCA
vztah proměnných prostředí (vektory) a ordinačních os
r1
r2
PCA1
korelace proměnných prostředí a ordinačních os
Korelace proměnných prostředí  s ordinačními osami v nepřímé ordinaci (PCA)
[USEMAP]

PASIVNĚ PROMÍTNUTÉ PROMĚNNÉ PROSTŘEDÍ V NEPŘÍMÉ ORDINACI – KORELACE (REGRESE) S ORDINAČNÍMI OSAMI
•Korelace mezi proměnnou prostředí a skóre vzorků na ordinačních osách
opouze v ordinacích kde jsou skóre vzorků standardizované na jednotkovou varianci (PCA se
škálováním 1)
ov ostatních ordinacích, kde se variance os od sebe liší, je třeba použít (váženou) mnohonásobnou
regresi:
–
– env ~ b0 + b1 * score1 + b2 * score2
–
– b0 = 0 (všechny proměnné jsou centrované)
– b1, b2 – regresní koeficienty
–
o
7
[USEMAP]

Náhodně generované proměnné (rand 1 až rand 9) pasivně promítnuté do ordinačního diagramu:
8
Data o druhovém složení: vegetace údolí Vltavy, David Zelený
Analýza: NMDS s Bray-Curtis distancí
rand 1 – rand 9: náhodně generované proměnné
ELEVATION, SOILDPT, … - reálně měřené proměnné prostředí
vegan::envfit()
[USEMAP]

Možnost otestovat signifikanci vztahu proměnných prostředí k ordinačním osám
9
         NMDS1    NMDS2     r2 Pr(>r)
rand 1  0.29292  0.95614 0.0166  0.453
rand 2  0.77245  0.63508 0.0116  0.545
rand 3  0.20627 -0.97850 0.0092  0.641
rand 4 -0.45286 -0.89158 0.0096  0.605
rand 5 -0.35271 -0.93573 0.0554  0.057 .
rand 6 -0.99408  0.10869 0.0194  0.402
rand 7 -0.78399 -0.62078 0.0318  0.230
rand 8 -0.83597 -0.54878 0.0005  0.968
rand 9  0.13868 -0.99034 0.0044  0.817
             NMDS1    NMDS2     r2 Pr(>r)
ELEVATION -0.64612  0.76324 0.2626  0.001 ***
SLOPE     -0.99803  0.06275 0.1682  0.001 ***
ASPSSW    -0.69422 -0.71976 0.4065  0.001 ***
HEAT.LOAD -0.75226 -0.65887 0.1668  0.003 **
SURFSL    -0.99376  0.11158 0.3744  0.001 ***
SURFIS    -0.97546 -0.22018 0.0610  0.053 .
FLUVISOL   0.81033 -0.58597 0.4202  0.001 ***
SOILDPT    0.99979 -0.02036 0.3322  0.001 ***
pH         0.55652 -0.83084 0.4769  0.001 ***
(výstup z funkce envfit v knihovně vegan, testující regresi proměnné prostředí na ordinačních osách
– nikoliv vliv proměnné prostředí na druhové složení)
vegan::envfit()
[USEMAP]

PROMÍTNUTÍ KONTINUÁLNÍ PROMĚNNÉ POMOCÍ RŮZNÝCH VELIKOSTÍ SYMBOLŮ VZORKŮ
10
[USEMAP]

PASIVNĚ PROMÍTNUTÉ PROMĚNNÉ PROSTŘEDÍ V NEPŘÍMÉ ORDINACI – NELINEÁRNÍ VZTAH ZOBRAZENÝ JAKO
VRSTEVNICE
11
http://www.davidzeleny.net/anadat-r/lib/exe/fetch.php/obrazky:ordination_unc16.png
Data o druhovém složení: vegetace údolí Vltavy (David Zelený)
Analýza: DCA na log transformovaných datech
pH – měřené půdní pH
vegan::ordisurf()
Výstup:
Edf – složitost fitovaného modelu
R2 – kvalita fitu
p – významnost (nenáhodnost) fitu
Vrstevnice jsou výsledkem GAM:
Možnost libovolného nastavení, je dobré mít základní znalosti o GAM.
[USEMAP]

12
vegan::ordihull()
PASIVNĚ PROMÍTNUTÁ KATEGORIÁLNÍ PROMĚNNÁ
[USEMAP]

13
nmds1.png nmds2.png nmds3.png nmds4.png nmds5.png nmds6.png nmds7.png
PASIVNĚ PROMÍTNUTÁ KATEGORIÁLNÍ PROMĚNNÁ
vegan::ordispider()
[USEMAP]

14
[USEMAP]


POUŽITÍ PROMĚNNÝCH PROSTŘEDÍ V ORDINACI
DVA ALTERNATIVNÍ POSTUPY
15
Legendre & Legendre (1998)
matice:
Y – druhové složení
X – proměnné prostředí
oba přístupy jsou relevantní a navzájem se doplňují!
druhy
druhy
proměnné prostředí
proměnné prostředí
přímé srovnání
přímá ordinace
korelace, regrese
nepřímé srovnání
[USEMAP]