Seminář
k bakalářské práci I
C4185
Doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
bouchal@chemi.muni.cz, A5/208, tel. 549493251
Čím se budeme zabývat …
• Úvod do semináře
• Ústav biochemie PřF MU
– stručná historie a významné osobnosti
– pracovní skupiny a řešená výzkumná problematika
• Zásady práce na ústavu
– organizační pokyny
– bezpečnost práce
– požární ochrana
– zásady práce s geneticky modifikovanými organismy (GMO)
– zásady práce s tlakovými lahvemi
Čím se budeme zabývat …
• Informační zdroje (nejen) v life science a
biochemii
– Eduroam a OpenVPN
– Učebnice
– Odborné časopisy (s impakt faktorem a bez)
– Odborné konference a workshopy
– Patenty
– Odborné organizace
– Sociální sítě (ResearchGate, LinkedIn)
– Databáze: Pubmed, Web of Science, Scopus, Google Scholar
– Globální systém hodnocení ve vědě (publikace, citace, H-
index)
• Stručné základy bioinformatiky
– biochemické databáze
– zobrazování a studium sekvenčních a strukturních dat
– procvičení na konkrétních příkladech
Čím se budeme zabývat …
• Prezentace výzkumných témat potenciálních
školitelů
– Ústav biochemie PřF MU
– Národní centrum pro výzkum biomolekul
– CEITEC MU
– externí pracoviště
o výzkumném zaměření jednotlivých skupin, řešených
projektech a možnostech zapojení v rámci
samostatných projektů, bakalářských a diplomových
prací
Čím se budeme zabývat …
• Zásady sepisování odborných prací
– jak psát jasně, stručně, výstižně a čtivě
– formulace hypotéz a cílů práce
– jak správně strukturovat práci, kapitoly, odstavce a
věty
• Jak psát bakalářskou a diplomovou práci
– formální požadavky
– odborné požadavky
– praktické zkušenosti
Čím se budeme zabývat …
Zápočet
Práce s vlastními počítači: zopakování a prověření
nejdůležitějších znalostí
povolena 1 neomluvená absence
Čím se budeme zabývat …
• Vystudoval farmacii (1919 PhMr.) a chemii na Karlově
univerzitě, RNDr. na Přírodovědecké fakultě MU (1922)
• Studijní pobyty ve Stockholmu (1922), Eashingtonu (USA) a
Montrealu (1926-1927)
• 1921-1935 PřF MU, Ústav fyziologie rostlin (1927 Doc., 1934
mimoř. profesor, 1946 řádný prof. chemické fyziologie)
• 1934-1948 Dům útěchy (dnes Masarykův onkologický ústav,
MOÚ) na Žlutém kopci – zakladatel výzkumných laboratoří:
klinická a výzkumná část, studium nádorů a mechanismu jejich
vzniku, úloha cholesterolu
• https://www.mou.cz/tz-2013-prof-rndr-phmr-vladimir-moravek/f1430
• 1948-1949 Děkan Přírodovědecké fakulty MU
• 1950 založil Biochemický ústav PřF MU
• Pojmenován po něm Morávkův pavilon v MOÚ (2013)
Otázky pro p. doc. Zbořila:
• Byl první profesor biochemie v ČSR Morávek (1934/46), nebo Koštíř (1954)?
• Byl biochemický ústav nejprve v Brně (1950), nebo v Praze (1952)?
• http://encyklopedie.brna.cz/home-mmb/?acc=profil_osobnosti&load=13421
• https://www.natur.cuni.cz/chemie/informace-o-sekci/vyznamne-osobnosti/josef-vaclav-kostir
Prof. RNDr. PhMr. Vladimír Morávek
(1896-1992)
Zakladatel Ústavu biochemie
Počátky Ústavu biochemie
• Ústav biochemie formálně vzniká roku 1950
areál na Kotlářské, 2 místnosti v pavilonu 9
• zakladatel Prof. Vladimír Morávek
• 1952-3 postupně velká část pavilonu
• 1952 přichází RNDr. Ladislav Skurský (absolvoval org. chemii u
Prof. Hadáčka)
prvních 6 diplomantů
• 1953 druhým asistentem prom. chemik (jeden z diplomantů)
Vladimír Dadák
• 1954 přichází prom. chem. Lumír Macholán (abs. organické
chemie)
• Ústav biochemie součástí Katedry organické chemie a
biochemie
• 1960 Katedra biochemie, vedoucí L. Skurský
Skurský Morávek Dadák Macholán
60. léta, budova č. 9 v areálu Kotlářská
Dadák
?
?80. léta tamtéž
Počáteční výzkumná problematika
• Vladimír Morávek - změny ve složení séra jako indikátor neoplasie
(nutnost včasné diagnostiky pro úspěch terapie), registrace zákalových
křivek, oscilografická polarografie, manometrie, Beckmanův
spektrofotometr, studium steroidů a zejm. cholesterolu
• Lumír Macholán, Ladislav Skurský - syntézy aminoketokyselin
odvozených od ornithinu a lysinu, biogeneza alkaloidů (organochemická
orientace)
• Emil Paleček (diplomant) - oscilopolarografie nukleových kyselin
• Vladimír Dadák - mikrobiologické sledování přírodních antibiotik,
separace obsahových látek rostlin, ostruthin (derivát kumarinu) rozpojovač
respirace a tvorby ATP, oxidační fosforylace
• 1964 - dalším asistentem Petr Zbořil, fluorescenční metody, práce na
Keilin Hartreeho preparátu (fragmenty srdečních mitochondrií)
• 1970 - Ludmila Křivánková - lipidní chinony
• 1974 - Vladimír Mikeš
• zaveden výzkum bakterie Paracoccus denitrificans
L. Macholán, L. Skurský
• Lumír Macholán: příprava labilních ketoaminokyselin
(ketoaminovalerová), vazby na chinazolinové alkaloidy
• hydroxideriváty putrescinu a kadaverinu - studium enzymu
diaminoxidasy (DAO) a zejména jejích inhibitorů
• žák Pavel Peč - zakládá později Kat. biochemie na UPOL (1995)
• 1975 - enzymové biosensory s kyslíkovým článkem,
konduktometrické sensory s ureasou, použití tyrosinasy a DAO
• 1991 profesorem
• Ladislav Skurský: kondenzační reakce vedoucí k heterocyklům,
berberin
• výzkum alkoholdehydrogenasy (ADH) přinesen od Theorella ze
Stockholmu, zapojen Jan Kovář, Stanislav Pavelka
• metodiky stanovení alkoholu s ADH
• († 2011)
Prof. RNDr. Vladimír Dadák, DrSc.
(1934-2016)
Doc. RNDr. Ladislav Skurský, DrSc.
(1928-2011)
Prof. RNDr. Vladimír Mikeš, CSc.
(1950-2007)
Prof. RNDr. Lumír Macholán, CSc.
(*1931)
Korespondence s prof. Krebsem
Nedávná doba
• 1988 přichází Martin Mandl
• 1990 vedoucí katedry Petr Zbořil
• 1997 převzal vedení Vladimír Mikeš
• 2005 přestěhování do kampusu v Bohunicích, dočasně v A2 a A4
• 2007 vlastní pavilon A5, vzniká Ústav biochemie, vedoucím Martin
Mandl († V. Mikeš)
• 2010 expanze do pavilonu A15 (základní praktika, laboratoř doc.
Šerého)
• 2012 účast na projektu CEITEC (Glatz, Skládal, Wimmerová)
Současný stav
• Analytická biochemie – Prof. Z. Glatz
– moderní separační metody – vysokoúčinná kapalinová chromatografie
a kapilární elektroforézá při kvalitativní a kvantitavní analýze
biologicky aktivních nízkomolekulárních i vysokomolekulárních látek
(léčivé rostliny, klinická diagnostika, enzymy atd.)
• Biochemie denitrifikačních bakterií – Prof. I. Kučera
– transport dusičnanu do denitrifikující buňky, redoxní složky
denitrifikační dráhy a kinetika elektronového transportu, regulace
exprese denitrifikačních genů faktory vnějšího prostředí
• Biosensory – Doc. P. Skládal
– vývoj elektrochemických a piezoelektrických biosensorů, aplikace
enzymových elektrod a imunosensorů v životním prostředí a klinické
oblasti, studium afinitních interakcí v reálném čase pomocí
biosensorů
• Environmentální biotechnologie – Doc. M. Mandl, Doc. O. Janiczek
– studium bio-oxidace železa a anorganických sirných látek na buněčné
a enzymové úrovni ve vztahu k aktivitě sirných bakterií v
biohydrometalurgii a ekologii
• Glykobiochemie – Prof. M. Wimmerová
– strukturně-funkční studium proteinů podílejících se na výstavbě a
specifickém rozpoznávání biologicky aktivních glykokonjugátů a
specifických interakcí mezi patogenem a hostitelem
• Molekulární fyziologie – Prof. O. Šerý
– DNA testování geneticky podmíněných chorob a DNA diagnostika
virových a bakteriálních chorob v medicíně
• Laboratoř neurobiologie a molekulární psychiatrie
• Laboratoř DNA diagnostiky
• Molekulární patologie – Doc. T. Kašparovský, Doc. J. Lochman
– molekulární podstaty onemocnění a interakce mezi patogenem a
hostitelem, obranné mechanismy rostlin a aplikace v zemědělství
• Nádorová proteomika – Doc. P. Bouchal
– Proteomika ve výzkumu nádorů a metastazování – identifikace a
charakterizace potenciálních biomarkerů a terapeutických cílů,
tkáňové kultury, analýza interakčních sítí
Studijní programy
• Bakalářské programy:
– Biochemie, obor Biochemie
– Biochemie, obor Chemoinformatika a bioinformatika (na NCBR)
– Aplikovaná biochemie, obor Aplikovaná biochemie
• Magisterské navazující / program Biochemie, obory:
– Analytická biochemie
– Biochemie
– Biomolekulární chemie (na NCBR)
– Genomika a proteomika
– Chemoinformatika a bioinformatika
– Bioanalytik – odborný pracovník v laboratorních metodách (odborná
specializace ve zdravotnictví)
• Doktorské / program Biochemie, obory:
– Biochemie
– Biomolekulární chemie (na NCBR)
– Genomika a proteomika (na CEITEC)
Webová stránka ústavu
• www.sci.muni.cz
– položka Ústavy - Ústav biochemie
• www.sci.muni.cz/cz/UBCH
• orion.chemi.muni.cz
– informace o studiu,
– požadavky na závěrečné práce a ke státním zkouškám
– harmonogramy obhajob a státních zkoušek
Příště …
• zásady práce na ústavu
• stručné organizační pokyny
• bezpečnost práce
• požární ochrana
• práce s geneticky modifikovanými
organismy (GMO)
• Účast nutná – povinné školení