Divergence sekvencí RNA viru SARS-CoV-2
Bi4013 Týmový projekt z Matematické biologie a biomedicíny – biomedicínská
bioinformatika
Natália Martínková
martinkova@mail.muni.cz
Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity
1
https://www.cdc.gov/
N. Martínková ·Bi4013 Týmový projekt ·Divergence SARS-CoV-2 · 2 / 4
1
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/
N. Martínková ·Bi4013 Týmový projekt ·Divergence SARS-CoV-2 · 3 / 4
Divergence sekvencí RNA viru SARS-CoV-2
Vyhledat sekvence variant viru SARS-CoV-2 – CDC, NCBI
Identifikovat úseky RNA, které jsou pro varianty charakteristické
Vyhledat všechny sekvence jednotlivých variant – BLAST
Stáhnout data izolace a místo původu sekvencí – E-utils, R
Vizualizovat šíření variant viru – R
(Kvantifikovat genetickou nepodobnost (sequence dissimilarity) variant viru
SARS-CoV-2 – R)
N. Martínková ·Bi4013 Týmový projekt ·Divergence SARS-CoV-2 · 4 / 4