Imunitní profilování
kolorektáního karcinomu
Eva Budinská
• Imunoterapie je slibnou cestou v léčbě rakoviny. U rakoviny tlustého
střeva se protilátky blokující PD-1 používají ke zvýšení imunitní
odpovědi, ale benefituje z ní pouze část pacientů. Mikrosatelitová
nestabilita (MSI) nádoru je pro tuto terapii prediktivním biomarkerem.
• Prítomnost různých populací imunitních buněk se zjišťuje buď
imunohistochemicky (barvením) nádoru, nebo analýzou genové
exprese (RNA sekvencováním nebo expresními mikročipy). Imunitní
buňky různých typů vykazují expresi specifických genů (to se nazývá
genová expresní signatura – gene expression signature)
• Cílem projektu je identifikovat a porovnat imunitní profily pacientů s
CRC, vzhledem k jejich statusu MSI za použití veřejně dostupných
dat a metod pro výpočet skóre imunitních profilů. Porovnání profilů
bude omezeno na základní shlukovací analýzu dle výběru studentů.
• Reference: https://doi.org/10.1186/s12885-019-5802-2
Bi4013 Týmový projekt z Matematické biologie a biomedicíny – biomedicínská bioinformatika (jaro 2021)
Hlavní kroky projektu:
l Příprava genových expresních dat a klinických
dat (tyto budou dodány), základní deskriptivní
statistika proměnných
l Identifikace genových expresních imunitních
signatur z databáze MSigDB
(http://msigdb.org)
l Odhad proporcí 22 typů imunitních buněk ve
vzorcích – použitím CIBERSORT (R)
l Shlukovací analýza vzorků na základě
odhadnutých proporcí imunitních buněk a jejich
signatur (R)
l Vizualizace výsledků s pomocí heatmapy (R)