Zpracování základních botanických dat: zobrazení nálezů v aplikaci ArcGIS online Jiří Danihelka Požadovaný výsledek 1: Bodová mapa nálezů silenky bobulnaté (Silene baccifera) podle dokladů v herbáři BRNU Požadovaný výsledek 2: Síťová mapa nálezů silenky bobulnaté (Silene baccifera) v České republice podle dokladů v herbáři BRNU Bezplatná služba aplikace ArcGIS online ArcGIS online je geografický informační systém (GIS) se základními funkcemi, který je k dispozici zdarma pro registrované uživatele. K dispozici je 12 mapových podkladů. Datové vrstvy k zobrazení je možné získat z různých zdrojů nebo připravit ad hoc. Příklad mapy (zobrazení nálezů druhu Oxalis dillenii v ČR) je na adrese https://www.arcgis.com/home/webmap/viewer.html?webmap=dd031877b1b643ef8de338a2b2de5b03 K vizualizaci vlastních dat je potřeba si zřídit účet na adrese https://www.arcgis.com/home/index.html. Po založení účtu si prohlédněte návod na https://www.arcdata.cz/produkty/arcgis/webovy-gis/arcgis-online/jak-zacit Návod pracuje s bodovou vrstvou ubytovacích zařízení. Poloha bodů je v této atributové tabulce vyjádřena „poštovní“ adresou, nikoli souřadnicemi. Příprava datové vrstvy (atributové tabulky) V tabulce BRNU (soubor Cucubalus_BRNU.mdb) jsou v polích Zem_sirka a Zem_delka souřadnice nálezů ve formátu SSMMVV. Tyto souřadnice je potřeba převést na stupně (formát SS.SSS; desetinná soustava) a doplnit do polí Latitude a Longitude. Dále je potřeba stanovit, ve kterém kvadrantu středoevropského síťového mapování (pole Kvadrant; viz https://is.muni.cz/do/rect/el/estud/prif/ps13/biogeogr_2/web/pages/index_book_3-1-1.html nebo http://www.biblioteka.cz/Pages/Lokality/MapovaPole_MapaSiteCR.aspx). Pro zobrazení v mapovací síti je nutné určit souřadnice centroidu („středu“) příslušného kvadrantu a doplnit je do polí Latitude_quadrant a Longitude-quadrant. K tomu lze použít excelový soubor Prevod_souradnice_kvadranty.xls s nastavenými přepočetními vzorci. Výchozí hodnoty se kopírují do žlutě označených sloupců na příslušných listech. Vypočtené a přepočtené hodnoty jsou v půltučně označených sloupcích. Nemáte-li žádnou zkušenost s funkcemi Excelu, pokuste se s využitím nápovědy k programu porozumět aspoň přepočtu souřadnic ze šedesátinné na desetinnou soustavu na listu SSMMVV na stupně. Příprava datové vrstvy (atributové tabulky) Tabulka výpisem herbářových dokladů druhu Silene baccifera. Výchozí souřadnice jsou orámovány žlutě, přepočtené a vypočtené hodnoty červeně. Kvadranty síťového mapování mají vzhledem k datové vrstvě smysl jen pro nálezy z ČR. Příprava datové vrstvy (atributové tabulky) Převod souřadnic z formátu SSMMVV na formát SS,SSSS v programu Excel. Výchozí souřadnice jsou odbarveny žlutě, přepočtené hodnoty jsou vyznačeny půltučně. Desetinnou čárku je nakonec potřeba nahradit desetinnou tečkou. Příprava datové vrstvy (atributové tabulky) Výpočet kvadrantu ze souřadnic formátu SSMMVV. Výchozí souřadnice jsou podbarveny žlutě, vypočtené (převedené) hodnoty jsou zvýrazněny půltučně. Kvadranty síťového mapování mají vzhledem k disponibilní datové vrstvě smysl jen pro nálezy z ČR. Příprava datové vrstvy (atributové tabulky) Z tabulky BRNU v databázovém souboru si – nejlíp pomocí výběrového dotazu – připravíme vstupní data pro dvě atributové tabulky. Tabulka 1 (např. Silene_baccifera_body) bude sloužit k přípravě bodové mapy, tabulka 2 (např. Silene_baccifera_rastr) bude sloužit k přípravě síťové (rastrové) mapy. Tabulka 1 (např. Silene_baccifera) nechť obsahuje pole ID, Herbar, Cislo_položky, Druh, Latitude, Longitude, Presnost, Kvadrant, Sberatel, Dsberu, Země a Scheda za podmínky Latitude NOT null (nálezy bez souřadnic se nedají zobrazit). Tabulka 2 (např. Silene_baccifera_rastr) bude sloužit k přípravě síťové (rastrové) mapy. Ve výběrovém dotazu nahraďte pole Latitude a Longitude poli Latitude_quadrant a Longitude_quadrant, vynechejte pole Presnost (nemá smysl) a přidejte podmínku Zeme = CZ. Příprava datové vrstvy (atributové tabulky) Návrh výběrového dotazu pro přípravu bodové mapy Příprava datové vrstvy (atributové tabulky) Výběr záznamů (zobrazení výsledků výběrového dotazu) pro přípravu bodové mapy Příprava datové vrstvy (atributové tabulky) Záznamy z výběrového dotazu přeneste do excelu a uložte ve formátu csv (comma delimited values). Soubor pojmenujte Silene_baccifera_body. Pokud jste to neudělali už dřív, nahraďte ve všech souřadnicových hodnotách desetinnou čárku desetinnou tečkou. Stejným způsobem připravte tabulku 2 (Silene_baccifera_rastr) určenou k přípravě síťové (rastrové) mapy. Ve výběrovém dotazu nahraďte pole Latitude a Longitude poli Latitude_quadrant a Longitude_quadrant, vynechejte pole Presnost (nemá smysl) a přidejte podmínku Zeme = CZ (mapovací síť je omezena na ČR). Také zde vybrané záznamy přeneste do Excelu a uložte je ve formátu csv. I tady je potřeba nahradit desetinnou čárku desetinnou tečkou. Pole Latitude_quadrant a Longitude_quadrant můžete přejmenovat na Latitude a Longitude; v tom případě program při importu automaticky rozezná, že jde o zeměpisné souřadnice. Zůstanou-li původní pojmenování, je třeba při importu bodové vrstvy tato pole manuálně vybrat jako pole se souřadnicemi nálezů (bodů). Příprava mapy Obrazovka po přihlášení do vlastního účtu, záložka Map Příprava mapy Dialogové okno pro výběr způsobu lokalizace a polí obsahujících souřadnice Po novém prostudování návodu na https://www.arcdata.cz/produkty/arcgis/webovy-gis/arcgis-online/jak-zacit postupně importujeme připravené bodové vrstvy Silene_baccifera_body a Silene_baccifera_rastr Na záložce Add zvolíme Add Layer from File (na vlastním počítači) a v dialogovém okně vybereme souřadnice (coordinates) jako způsob lokalizace. Při importu vrstvy Silene_baccifera_rastr v dialogovém okně případně vybereme pole Latitude_quadrant a Longitude_quadrant jako zdroj informací o poloze bodu. Příprava mapy Dialogové okno pro import vektorové vrstvy Z projektu Gymn_Dačice (https://www.arcgis.com/home/webmap/viewer.html?webmap=dd031877b1b643ef8de338a2b2de5b03) si uložíme do vlastního adresáře rastr síťového mapování, tj. soubor (vrstvu) Pladias qq0 area. V záložce Content zobrazíme vrstvy, přes tři tečky za základními volbami rozbalíme a přes Save Layer na konci menu uložíme vektorovou vrstvu do vlastního adresáře. Příprava mapy Příprava bodové mapy: pro tento typ mapy požijeme vrstvu s bodovými souřadnicemi (vybereme zaškrtnutím) a podkladovou mapu OpenStreetMap (vybírá se přes BaseMap. V bodové vrstvě upravíme velikost a barvu symbolů (atribut tady nemá smysl, proto volba show location only). Hotovou mapovou kompozici uložíme pomocí volby Save. Příprava mapy Příprava síťové mapy: pro tento typ mapy požijeme vrstvu se souřadnicemi centroidů jednotlivých kvadrantů (vybereme zaškrtnutím) a současně zobrazíme vektorovou vrstvu základních polí síťového mapování. Podkladovou mapu vyberte podle vlastního uvážení. Je potřeba vybrat vhodnou barvu a velikost symbolů tak, aby symboly byly dobře viditelné a jejich velikost (průměr) byla asi 80 % strany čtverce (kvadrantu). Mapovou kompozici uložíme např. pod jménem Silene baccifera síťově Síťová mapa nálezů druhu Silene baccifera v České republice podle dokladů v herbáři BRNU (snímek obrazovky prezentace; viz dále). Příprava mapy Příprava mapy U každé mapové kompozice si vyzkoušejte různé podkladové mapy, úpravu velikosti a barvy symbolů a zobrazených symbolů vyskakovací okna s informacemi o příslušných nálezech. (Bezchybná funkce by vyžadovala jiné kódování znaků v atributových tabulkách). Z jednotlivých mapových kompozic je možné s použitím záložky Presentations připravit prezentace mapových kompozic. Příprava mapy Hotové mapové kompozice lze exportovat v různých formátech pomocí nového rozhraní Map Viewer BETA, které je zatím dostupné přes záložku Content v základním menu ve čtvrtém sloupci přes tři tečky. Toto „skryté“ rozhraní BETA je uživatelsky mnohem přívětivější než původní pracovním rozhraní. Jednotlivé funkce není přinejmenším potřeba pracně hledat v záložkách menu. Můžete s ním proto pracovat hned od začátku. Příprava mapy Hotové mapové kompozice je možné zpřístupnit pomocí nabídky v záložce Share na horním liště při zobrazení příslušné kompozice. Zaškrtněte Everyone a pošlete mně odkaz na obě kompozice nebo příslušné prezentace. Je to optimální způsob odevzdání zápočtové úlohy.