Rings and Polyhedra 1 Alkoxide Coordination Modes 2 Terminal Bridging 2 3 Metal alkoxides “Harris” Notation J. Chem. Soc., Dalton Trans., 2000, 2349 The binding mode is referred to as [X.Y1Y2Y3 . . .Yn]  X = the overall number of metals bound by the whole ligand Each value of Y refers to the number of metal atoms attached to a different  donor atom n = number of donor atoms The ordering of Y is listed by the Cahn–Ingold–Prelog priority rules The ligand OStaH has three donor atoms  S, O and N(1) So the notation includes three values of Y Ordered : S > O > N 3 “Harris” Notation If the ligand is bound to more than one metal, and is  chelating, it is difficult to indicate whether the N‐ donor is bound to the same metal as the sulfur or  oxygen atom While the chelating N,S mode is inherently more likely  (and observed), there is still a need to distinguish  between this and the N,O‐chelating mode To distinguish between these two alternatives include  a subscript number to show to which metal atom the  donor is attached 4 The mode [2.111211] implies the N‐ and S‐donors chelate to  one metal and the O atom binds to the second metal The mode [2.111212] implies the N‐ and O‐donors chelate  and the S‐donor binds to the second metal S > O > N “Harris” Notation Five possible bonding modes for ligand  OStaH The numbers below each bonding mode refer to the Harris notation  The mode [2.111212] shows how Harris  notation distinguishes between possible binding modes (cf. [2.111211]).  The dashed lines to H atoms indicate hydrogen bonds 5 S > O > N Coordination Modes of the  Phosphonato Ligands 6 7 Crystallographically established  coordination modes of  the sulfato ligand “Harris” Notation 8 Crystallographically established bridging coordination  modes of the azido ligand Symmetry Labels nxyz 9 1a1g t2g eg Characters in group tables  The labels can be used to describe the symmetry of orbitals n = orbitals of the same symmetry are numbered successively in order of  increasing energy x = a ‐ singly degenerate and symmetrical to C2n rotation about the principle  rotation axis x = b ‐ singly degenerate and unsymmetrical to C2n rotation about the principle  rotation axis x = e ‐ doubly degenerate x = t ‐ triply degenerate y = 1 ‐ symmetrical to reflection through a reference mirror plane y = 2 ‐ unsymmetrical to reflection through a reference mirror plane z = 'nothing' if there is no inversion center z = g ‐ symmetrical to inversion z = u ‐ unsymmetrical to inversion Space Group Symbols primitive (P), face‐centered (F), body‐centered (I), base‐centered (A, B, C),  rhombohedral (R)  10 m = plane of symmetry, 2 = two‐fold, 3 = three‐fold, 6 = six‐fold axis, ‐1 = inversion center  S. G. Class Centering Symbol syntax (examples) Triclinic P P1, P‐1 Monoclinic P, C, B Paxis, Pplane, Paxis/plane (P21, Cm, P21/c) Orthorhombic P, F, I, C, A Paxisaxisaxis, Pplaneplaneplane (Pmmm, Cmc21) Tetragonal P, I P4, P4axisaxisaxis, P4planeplaneplane (I4/m, P4mm) Trigonal P, R P3axis, P3plane (R‐3m) Hexagonal P P6, P6axisplane (P63/mmc) Cubic P, F, I Paxis3plane, Pplane3plane (Pm‐3m, Fm‐3m) Strukturbericht Symbols A partly systematic method for specifying the structure of a crystal  A ‐ monatomic (elements),  B ‐ diatomic with equal numbers of atoms of each type (AB),  C ‐ a 2‐1 abundance ratio (AB2), D0 ‐ 3‐1, etc. 11 Structure Type Struktur bericht Space Group (S.G. No.) Lattice Cu A1 Fm‐3m (225) fcc W, Fe A2 Im‐3m (229) bcc Mg A3 P63/mmc (194) hcp C ‐ diamond A4 Fd‐3m (227)  Diamond NaCl B1 Fm‐3m (225) Rock salt CsCl B2 Pm‐3m (221) ZnS B3 F43m (216) Zincblende ZnS B4 P63/mc (186) Wurtzite CaF2 C1 Fm‐3m (225) Fluorite  Pearson Symbols Indicate the crystal symmetry and the number of atoms in the unit cell e.g.: NaCl ‐ a face‐centered (F) cubic (c) structure with 8 atoms in the unit cell = cF8  monoclinic (m), hexagonal (h), orthorhombic (o), asymmetric (a), primitive (P)  the Pearson symbol does not necessarily specify a unique structure (see cF8) 12 Structure Type Pearson Symbol Struktur bericht Space Group (S.G. No.) Cu cF4 A1 Fm‐3m (225) W, Fe cI2 A2 Im‐3m (229) Mg hP2 A3 P63/mmc (194) C ‐ diamond cF8 A4 Fd‐3m (227)  NaCl cF8 B1 Fm‐3m (225) CsCl cP2 B2 Pm‐3m (221) ZnS (zb) cF8 B3 F43m (216) ZnS (w) hP4 B4 P63/mc (186) CaF2 cF12 C1 Fm‐3m (225) Allotropes of Carbon 13 C18 Allotrope of Carbon 14 On‐surface formation of C18 on bilayer NaCl on Cu(111) at 5 K, p ≈ 10–11 mbar, via  voltage pulses 1.2 V in STM/AFM Science 2019, 10.1126/science.aay1914 JACS 2020 142 (30), 12921, 10.1021/jacs.0c05033  Decarbonylation Debromination 13% yield 21 single molecule reactions 64% yield C18 Allotrope of Carbon 15 High‐resolution atomic force microscopy C18 ‐ polyynic structure of carbon atoms with an alternating triple and single bonds Semiconductor Allotropes of Carbon Schlegel diagram 12 pentagonal faces ‐ 6 pairs of opposite faces with a 5‐fold rotation axis 20 hexagonal faces ‐ 10 pairs of opposite faces with a 3‐fold rotation axis 60 pentagonal edges surrounding the pentagonal faces  30 hexagonal edges lying between two hexagons with a 2‐fold rotation axis Brochosomes of leafhoppers 16 Fullerene C60 C60 Fullerene 17 Icosahedron Truncated icosahedron C60 (n,m) SWNTs 18 Chiral vector (n,m) TEM of a chiral CNT 19 (n,m) SWNTs A) Armchair ‐ an achiral metallic conducting (10,10) tube B) Chiral ‐ semiconducting (12,7) tube C) Zigzag ‐ an achiral conducting (15,0) tube All the (n,n) armchair tubes are metallic Chiral or zigzag tubes are metallic only if (n‐m)/3 is a whole number,  otherwise, they are semiconductors 20 Roll‐up of (n,m) SWNTs A 2D graphite layer  the lattice vectors a1 and a2 Angle of 60 The roll‐up vector  Ch= na1+ma2 Achiral tubes exhibit roll‐up vectors  derived from (n,0) (zigzag) or (n,n)  (armchair)  The translation vector T is parallel to the  tube axis and defines the 1D unit cell The rectangle represents an unrolled unit  cell, defined by T and Ch(n,m) = (4,2) Roll‐up of (n,m) SWNTs 21 Chiral vector: Ch= na1 + ma2 (n,m) = (3,3) Roll‐up of (n,m) SWNTs 22 d(Csp2‐Csp2) = 1.42 Å a0 = a1 = a2 a0 = 2 d cos(30) = = 1.42 3 = 2.49 Å Roll‐up of (n,m) SWNTs 23  = 0 ‐ 30° Tube diameter Allotropes of Silicon Na4Si24 synthesized at high pressure Na removed by thermal degassing Open framework structure – Cmcm A quasidirect band gap 1.3 eV Si136 and Ge136 Clathrate II Fd‐3m M = Si, Ge Cages occupied by Na or K that can be removed 24 Allotropes of Germanium Expands as it solidifies Semiconductor, refined to impurity concentration of only 1 part in 1010 120 kilobars, allotrope beta‐germanium = white‐tin 2014 ‐ the vapor of germanium deposited on a gold surface  by molecular beam epitaxy, a 2D single‐layered “germanene” 25 Allotropes of Tin Beta White Sn (metallic) Coordination number 6 Sn‐Sn bond lengths 302 and 318 pm a = 5.8319 Å, c = 3.1815 Å Alpha Gray Sn ‐ diamond type stable below 13 C, semiconductor Coordination number 4 Sn‐Sn bond length 281 pm a = 6.4892 Å 26 Allotropes of Gr15 Elements 27 Allotropes of Gr15 Elements 28 Black phosphorus (orthorhombic) Gray arsenic (rhombohedral) Allotropes of Gr16 Elements gray selenium and tellurium  helical chains α‐orthorhombic cyclo‐S8 cyclo‐S20 Other sulfur allotropes such as 7, 9, 10, 11, 13, 14, 15, 18, and 20‐membered  rings have been synthesized 29 Zintl Phases Eduard Zintl (1898 – 1941) 30 1930’s Zintl Phases = discrete charges at some intermetallic phases,  valence compounds formed between the electropositive elements (alkali, alkaline‐earth, and rare‐earth elements) and the electronegative post‐transition, main group elements (including Al, Si, P, and, to some extent, S)  Solids can exhibit metallicity, ionicity, and covalency simultaneously triels (trielides, Tr, Group 13: B ‐ Tl) tetrels (tetrelides, Tt, Group 14: C ‐ Pb) pnicogens (pnictides, Pn, Group 15: N ‐ Bi) chalcogens (chalcogenides, Ch, Group 16, O ‐ Po) Zintl Boundary: separates the triels from the tetrels, different  chemistry in reactions with alkali metals in liquid ammonia: • Tetrel elements form soluble (typically highly colored) clusters • Triel elements form insoluble, extended solids Zintl Phases Characteristics Compounds with fixed compositions (fixed stoichiometry) Key concept: isoelectronic principle ‐ same number of valence electrons and the same  structure, i.e., number and connectivity of atoms, but different chemical composition  (CO / N2) Stable (mono)anions of the later p‐elements, the connectivity of the various elements follows the 8‐N rule • in the solid state ‐ salt‐like structures, e.g., Mg2Si is anti‐fluorite • in solution ‐ polyanionic clusters Typically brittle, deeply colored, semiconducting, adopting fixed compositions (no  homogeneity width or little compositional variation), show large heats of formation and  volumes of formation (charge‐transfer effects) Some Zintl‐phases are soluble in liquid ammonia (cluster anions)  ‐ brittle (like salts)  ‐ higher melting points than the pure metals they are build of  ‐ semiconductors (the higher the atomic number of the electronegative part, the  smaller is the bandgap of the semiconductor)  31 Zintl‐Klemm Phases Octet rule the “pseudoatom” approach from Klemm • Isolated atoms will be isoelectronic with noble gases (closed shell):    Sb3 • Atoms in dimers will be isoelectronic with halogens:    Sb2 4 • Atoms in chains or rings will be isoelectronic with chalcogens:  square Sb4 4 • Atoms that are 3‐bonded (in sheets or 3D nets) will be isoelectronic with pnicogens • Atoms that are 4‐bonded (tetrahedral coordination) will be isoelectronic with tetrels 32 Hypervalent (not octet) linear Sb3 7 Zintl Phases ‐ Synthesis Syntheses of Zintl‐phases a) Reduction in liquid ammonia (titration of PbI2 with Na solution) 22 Na + 9 PbI2 + n NH3 (l)  Na4Pb9  nNH3 + 18 NaI b) Direct solid state reaction Ca + Si  CaSi c) Cathodic decomposition ‐ binary compound is decomposed at the cathode and  polyanions go into solution 33 Zintl‐Klemm Phases Wilhelm Klemm expanded the concept to the “pseudoatom” approach:  polyanions look like a following element  NaTl is the protoptype Zintl phase ‐ formulated as Na+ Tl‐, and Tl‐ adopts a structure  like Si, Ge or Sn (one element to the right, but NOT Pb!) Na donates its 3s electron to Tl, resulting in a formal Tl anion with 4 valence electrons This “anion” behaves as a pseudotetrel atom, each of which forms 4 covalent bonds  and adopts the diamond structure Each Na+ “cation” acts as a charge balancer and space filler 34 Zintl‐Klemm Phases Na and Tl form sublattices ‐ independent  interpenetrating diamond networks The Na/Tl atoms sit on the sites of a bcc lattice  with  abcc = ½ a Each Na atom is surrounded by 4 Na atoms  arranged tetrahedrally and 4 Tl atoms arranged  tetrahedrally Together the 8 surrounding atoms form a cube  Each Tl atom is similarly surrounded by 4 Tl atoms and 4 Na atoms forming a cube Four of each type of cube combine to make the  unit cell, smaller cube having sodium atom at its  center NaTl a = 749 pm Space group Fd3m (227) LiAl, LiGa, and LiIn form NaTl structure, KTl and contains Tl6 distorted octahedra while LiTl adopts a CsCl‐type structure 35 Zintl‐Klemm Phases NaSi (Na4Si4) Each Na atom donates 1e– Each Si atom accepts 1e– Si4 4– tetrahedra are isoelectronic with P4 tetrahedra (white phosphorus) MgB2 Each Mg atom donates 2e– Each B atom accepts 1e– Two‐dimensional B network isoelectronic with graphene, superconducting at Tc = 39 K  Sigma‐bonding electrons are much more  strongly superconducting than the pi‐ bonding ones 36 Zintl‐Klemm Phases 37 Zintl‐Klemm Phases CaSi Each Ca atom donates2e– Each Si atom accepts 2e– The resulting one‐dimensional Si‐chains are  related to S/Se/Te ‐chains  (but planar, not helical) CaSi2 Each Ca atom donates 2e– Each Si atom accepts 1e– The resulting two‐dimensional Si‐network is  isoelectronic and structurally analogous with  As/Sb/Bi 38 Zintl‐Klemm Phases CaGe2 Each Ca atom donates 2e– Each Ge atom accepts 1e– The resulting two‐dimensional Ge‐network is  isoelectronic and structurally analogous with  As/Sb/Bi 39 CaGe2 + 2 HF  CaF2 + 2 GeH Zintl‐Klemm Phases Na4Si4 40 Deltahedral Zintl Ions The main‐group anionic clusters  Crystallized from solutions with  sequestered alkali‐metal cations (crowns) (a) Si9 2‐, E9 3‐ and E9 4‐ for E = Ge, Sn, Pb E9 4‐ = nido clusters, 2n + 4 = 22 (b) E5 2‐ for E = Ge, Sn, Pb (c) As7 3‐ and Sb7 3‐ (d) Sb4 2‐ and Bi4 2‐ E9 4‐ = monocapped square antiprism or  distorted tricapped trigonal prisms Ge, Sn, Pb ‐ the three differently charged  clusters E9 2‐, E9 3‐ and E9 4‐ coexist in solution in  complex equilibria with solvated electrons 41 [Ge2]4– in the Zintl Phase Li3NaGe2 (Li+)3(Na+)[Ge2]4– 42 T. F. Faessler et al., Angew Chem 2016, 55, 1075 How to Characterize the [Ge2]4– Double‐Bond ? Each Ge atom accepts 2e– Bond distance Ge=Ge Raman spectroscopy – Ge=Ge stretching 6Li NMR spectroscopy – chemical shift of coordinated lithium atoms Li1/Li3 MO calculation Band structure calculation 43 Bond Lengths in E=E (Si and Ge) [Ge2]4– bond distance in Li3NaGe2 2.390(1) Å  Ge–Ge bond distance in bulk  α‐Ge 2.45 Å 44 Raman Spectrum of a Li3NaGe2 Single  Crystal Assignment of the modes: Quantum chemical calculations 45 6Li MAS NMR on Li3NaGe2 46 6Li‐enriched Li3NaGe2 Li1/Li3 surrounded by  the  electrons of three  Ge dumbbells – magnetic anisotropy of  Ge=Ge – shielded signals Molecular Orbitals of [Ge2]4– and O2 [Ge2]4– = a solid‐state equivalent of O2 47 HOMO Li3NaGe2 is not paramagnetic the partially filled bands in  the solid state resulting in  metallic properties Band Structure Analysis Unoccupied bands Fermi level Occupied bands A significant density of states at  the Fermi level – no band gap Partially occupied ‐antibonding  Ge(p) orbitals Metallic (conducting) solid  48 Diamagnetic Clathrate Frameworks 49 Host lattice (4‐coordinated frameworks) + Guest molecules/ions in the cavities Hydrogen‐bonded frameworks: hydroquinone, urea, thiourea Methane clathrates ‐ hydrogen‐bonded framework of water and the methane guest Covalent frameworks: zeolites, silica Coordination polymers: MOFs Zintl Phases Semiconducting Gr14  Clathrates Ba8[Ga16Ge30] Each Ba atom donates 2e– Each Ga atom accepts 1e– Ga and Ge forms 4‐coordinated  frameworks I8[As8Ge38] Each I atom accepts 1e– Each As atom donates 1e– As and Ge forms 4‐coordinated  frameworks Charge transfer occurs between the guest and the framework 50 Polyhedral Cages A large family of polyhedral molecules Follow Smith’s Rule n = degree of aggregation (4 to 12) Contain 6 squares and (n – 4) hexagons Both M and E centers are four‐coordinate for Al and N, three‐coordinate for O 6 n - 4 51 Iminoalanes [R‐Al=N‐R’]n Alumoxanes [R‐Al=O]n M E M E M E E M E M E M Polyhedral Cages n = 4 Al‐N 1.95 Å No polyhedron known for n = 5 that would obey Smith’s Rule 52 n = 4 n = 4 What is wrong? (n – 4) hexagons = 0 Polyhedral Cages n > 4 53 F F R Al N N Al Al Al NN Al N N Al N Al R R R R F F FF R F R R = n = 6 n = 7 (n – 4) hexagons = 2 (n – 4) hexagons = 3 Iminoalanes [RAlNR’]n n > 4 54 n = 8 n = 9 n = 12 n = 10 n = 10 n = 11 Most Stable (AlN)n Cages (n = 241) 55 [R‐Al=N‐R’]n  AlN Sphericity Sphericity  = a ratio of a polyhedron surface to the volume of a sphere of equal volume VP = polyhedron volume AP = polyhedron surface 3 3 2 36 P P A V   Sphere:  = 1 Truncated octahedron:  = 0.909918 Al12N12:  = 0.944751 Truncated icosahedron:  = 0.966622 C60:  = 0.966819 Two C‐C bond lengths: 1.4584, 1.4011 Å Distortion brings more sphericity  = 01 56 Wade’s Rules Wade’s rule ‐ a cage molecule with a geometry based on a deltahedron (closed  polyhedron constructed of triangles = ) with n vertices will possess n + 1 skeletal  bonding electron pairs Kenneth Wade 1913‐2014 Rules provide qualitative understanding of the electron deficient  multicenter bonding of boron hydrides and their shape‐based classification 57 Deltahedra 58 Euler’s rule: f + v = c + 2 f = faces, v = vertices, c = connections (bonds) Deltahedra = closed  polyhedra constructed of  triangular faces Deltahedra 59 Deltahedral Boranes 60 Electron deficient molecules Each B = 3 electrons Lines connecting BB pairs are not  2e‐bonds • Exoskeletal BH bonds • Endoskeletal bonding: n axial orbitals combine to  1 bonding and n1 antibonding MO 2n tangential orbitals combine to n  bonding and n antibonding or nonbonding MO n + 1 bonding MO  2n + 2 skeletal bonding electrons Deltahedral Boranes 61 n + 1 bonding MO  n + 1 skeletal bonding  electron pairs ‐ Wade’s rule Need 2n + 2 skeletal bonding  electrons = 14 e B6H6 2 6 B = 6  2 e = 12 e Charge 2 = 2 e Total = 14 e Wade’s Rules Determine the number of skeletal electron pairs in a cluster Number of skeletal bonding electrons (E) contributed by a main group atom: E = v + x  2 v = number of valence electrons x = number of electrons from ligands: Cl, F, H = 1,  Lewis base = 2 Each BH unit furnishes 2 skeletal bonding electrons each B gives three, each C‐H unit of a carborane furnishes 3 and each additional H∙  furnishes 1 skeletal bonding electron Ionic charges must be included in the electron count  Borane clusters with hetero‐elements: replace C, Si, Ge and Sn of a cluster with a BH unit;  N, P and As with a BH2 unit and S and Se with a BH3 unit for counting purposes 62 Wade’s Rules Wade’s rule states that a cage molecule with a geometry based on a closed  polyhedron constructed of triangles with n vertices will possess n + 1 skeletal  bonding electron pairs 63 Closo to Nido: remove vertex of highest order – highest connectivity atom Nido to Arachno: remove vertex of highest order on an open face to generate minimum number of vertices of order 2 Wade’s Rules 64 Closo to Nido: remove vertex of highest order – highest connectivity atom Nido to Arachno: remove vertex  of highest order on an open face  to generate minimum number of vertices of order 2 Wade’s Rules 65 Classify the structure of B5H11 (= B5H5 6) Total number of valence electrons = (5 x B) + (11 x H) = (5 x 3) + (11 x 1) = 26 e Number of electrons needed for each B‐H bond = (5 x 2) = 10 e Number of available skeletal electrons = 26 – 10 = 16 e Number of skeletal bonding electron pairs = 16/2 = 8 n = 5 boron atoms and   n + 3 = 8 skeletal bonding electron pairs B5H11 is an arachno based upon a pentagonal bipyramid with two apexes missing  Wade’s Rules 66 Classify the structure of B5H9 Total number of valence electrons = (5 x B) + (9 x H) = (5 x 3) + (9 x 1) = 24 e Number of electrons for each B‐H unit = (5 x 2) = 10 e Number of skeletal electrons = 24 – 10 = 14 e Number skeletal bonding electron pairs = 14/2 = 7 n = 5,  n + 2 = 7 B5H9 is a nido structure based upon an octahedral  structure with one apex missing  Jemmis’ mno Rules m + n + o skeletal electron pairs are necessary for a closed  macropolyhedral system to be stable or (m + n + o + p) for systems having open polyhedra as well m = number of condensed polyhedra n = number of vertices o = number of single atom bridges between two polyhedra p = number of vertices missing for open polyhedra if present E.D. Jemmis IISc Bangalore Jemmis’ rules get reduced to Wade’s rules when m = 1 and o = 0 (one polyhedron) For example, for nido clusters p = 1 and for arachno clusters p = 2 For a benzene ring or cyclopentadienyl ring as such p = 2 and if it is in an 6 or 5 mode, p = 1 67 Jemmis’ mno Rules 68 Jemmis’ mno rules are not only applicable to macropolyhedral clusters but also  applied to polyhedra, metallocenes, and even unsaturated cyclic organic compounds  Thomas P. Fehlner For transition metals, the oxidation state should be known and the number of e for the  electron count is the number of electrons lost by the neutral metal atom; for example,  Fe3+ gives 3 e, Fe2+ gives 2 e Jemmis m = number of condensed polyhedra = 2 n = number of vertices = 17 o = number of single atom bridges (Fe) between two polyhedra = 1 p = number of vertices missing for open polyhedra (nido) = 1 m + n + o + p = 2 + 17 + 1 + 1 = 21 skeletal electron pairs  Skeletal e count 9 BH = 2  9 = 18 e 2 + 5 CH = 3  7 = 21 e Fe2+ = 2 e    (Cp 1, carborane 2) Charge 1 = 1 e Total 42 e = 21 skeletal electron pairs  Atomically Precise Clusters 69 Chem. Rev. 2017, 117, 8208−82, 10.1021/acs.chemrev.6b00769 Over 100 molecules with formulas such as  Au25(SR)18, Au38(SR)24, Au102(SR)44, Ag25(SR)18, Ag29(S2R)12, and Ag44(SR)30 Superatom model “jellium”  Electrons confined within a spherically  symmetric potential well of the metal core If the number of free electrons is the “magic”  number (2, 8, 18, 20, 34, 58, ...), the cluster shows high stability Atomically Precise Clusters 70 Electron counting Ns = N A − L − q Ns ‐ the shell closing number (free electron count) N ‐ the number of core metal atoms A ‐ the effective valence electrons (for Au/Ag, vA = 1) L ‐ the number of one‐electron withdrawing ligands q ‐ the total charge (+q or −q) on the cluster Two‐electron ligands (phosphine, amine) do not withdraw electrons; a dative bond,  do not get counted Atomically Precise Clusters 71 J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 13426, 10.1021/ja5075689