KURZ ZÁKLADŮ PROTEOMIKY
ČASOVÝ ROZVRH:
PONDĚLÍ C02/2.11
7:50- 7:55 Zahájení praktika (Dr. Hejátko)
C02/3.39
8:00 – 9:00 2-D elektroforéza – rehydratace proužků
C02/3.39
9:00 – 9:30 Exprese rekombinantních proteinů – zaočkování expresní kultury
C02/2.11
9:30 – 10:00 Úvod do experimentální části (přednášky)
9:30-9:40 - 2D elektroforéza (Dr. Konečná)
9:40-9:50 - MS analýza (Dr. Šedo)
9:50-10:00 - Rekombinantní proteiny (Dr. Pekárová)
C02/1.21
10:00 – 13:00 Struktura proteinů, proteomické databáze (Dr. Klumpler, Dr.
Dopitová)
13:00 – 13:45 OBĚD
C02/3.39
13:45 – 14:30 Exprese rekombinantních proteinů – indukce
E26/115
14:30 – 15:00 In-solution proteolytické štěpení směsi proteinů pro LC-MSMS
analýzu
15:00 – 15:30 Příprava gelů pro 2-D
15:30 – 16:00 1. rozměr 2-D elektroforézy: izoelektrická fokusace (IEF)
ÚTERÝ C02/3.39
8:30 – 10:00 Příprava 1-D gelu (SDS i nativní PAGE)
E26/115
10:00 – 11:00 2. rozměr 2-D elektroforézy: SDS-PAGE
11:00 – 12:00 OBĚD
E26/115
12:00 – 14:00 Barvení 2-D gelů, densitometrie, vyřezání skvrny z gelu.
14:00 – 14:30 Ukončení in-solution proteolytického štěpení proteinů pro LC-MS/MS
analýzu
Nasazení vzorků do autosampleru a začátek LC-MS/MS analýzy
In-gel proteolytické štěpení proteinů separovaných 2-D
Elektroforézou
C02/1.21
14:35 – 16:30 Software pro vyhodnocování 2-D gelů
STŘEDA
C02/3.39
8:30-13:00 Purifikace rekombinantních proteinů pomocí metalochelatační
afinitní chromatografie
Demonstrační chromatografie – FPLC
PAGE analýza rekombinantních proteinů – příprava vzorků
- SDS-PAGE analýza
Stanovení koncentrace proteinů metodou dle Bradforda
ČTVRTEK C02/3.39
8:30 – 9:00 Nativní PAGE analýza – nanesení vzorků na gel
E26/116
9:00 – 11:00 Analýza proteomu – identifikace proteinů metodou MALDI-TOF
MS
C02/3.39
11:00 – 12:30 Ukončení nativní PAGE – aktivitní barvení (MUG)
- Western blotting
12:30 – 13:30 OBĚD
C02/3.39
13:30 – 16:30 Western blotting
Analýza obrazu – densitometrie. software pro vyhodnocování 1D gelů
(vyhodnocení čistoty purifikovaných proteinů)
PÁTEK C02/1.21
8:00 – 10:00 Vyhodnocení výsledků LC-MSMS a MALDI-TOF MS analýz
10:00 – 11:00 “dodělávky“, konzultace, vypracování a odevzdání protokolů
C02/2.11
11:00 Kolokvium
Cvičící (legenda):
2-DE a příprava pro MS RNDr. Hana Konečná, Danuše Fridrichová
Analýza obrazu Mgr. Gábina Lochmanová, Ph.D.
MS analýza Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D.
Struktura proteinů Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D., Mgr. Radka Dopitová,
Ph.D.
Exprese a purifikace rekombinantních proteinů Ing. Blanka Pekárová, Ph.D., Mgr. Lucia Baďurová
Dohled nad laboratoří a přípravou materiálu Ing. Eliška Kadlecová