Ústav matematiky a statistiky Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita Analýza přežití Pokyny k domácímu úkolu jarní semestr 2021 Stanislav Katina Veronika Bendová, Zdenka Geršlová a Markéta Janošova katina@math.muni.cz 11. května 2021 Katina, S., 2021: Analýza přežití 1 Instrukce Vzorový domácí úkol. V souboru stka-vzor-du-template.pdf máte k dispozici vzorovou šablonu pro domácí úkol, vygenerovanou z následujících *.tex souborů: 1. stka-vzor-du-template.tex, 2. stka-vzor-text-template.tex a 3. stka-vzor-title-page-template.tex. V odevzdávaném pdf souboru s domácím úkolem zachovejte styl použitý v šablonách. Domácí úkol odevzdejte v jedné ze dvou níže uvedených forem. V názvech souborů nepoužívejte diakritiku a dodržujte velká a malá písmena podle návodu. 1. Forma Sweave Tento způsob kombinuje k vytvoření řešení RSkript a flexibilní systém Sweave. Odevzdává se jeden pdf soubor nazvaný UCO-prijmeni-jmeno-analprez-2021.pdf (obsahuje řešení příkladů, tabulky, obrázky, komentáře a náhled ®-kódu), jeden zdrojový soubor naprogramovaných funkcí UCO-prijmeni-jmeno-funkce-analprez-2021.R a jeden Sweave soubor UCO-prijmeni-jmeno-analprez-2021.Rnw, z něhož byl vygenerován výsledný pdf soubor a který využívá zdrojový soubor naprogramovaných funkcí. V R Sweave se při používání KTgX šablon postupuje identicky jako v KT^Xu. K vygenerování ^H-kódu v požadované formě použijte v ETgX-ovské hlavičce Rnw dokumentu balíček listings. Následujícím kódem umístěným taktéž v KTg]X-ovské hlavičce Rnw dokumentu upravíte původní nastavení vzhledu >= # Setup Chunk render_1istings () (11. května 2021) Katina, S., 2021: Analýza přežití 2 Po přeložení Rnw souboru se náhled ď-kódu automaticky zobrazí ve výsledném pdf souboru, pokud v hlavičce Chunk prostředí, obsahujícím *H-kód, nastavíme argument echo=T. << echo=T >>= x <- 1:10 plot(x) Další informace o systému Sweave najdete např. zde: Chunk options and package options. Při psaní CŠí-kódu postupujte podle instrukcí v prezentaci Standards of programming in R: R style guide. 2. Forma ET^X Tento způsob kombinuje k vytvoření řešení RSkript a ETgX. Odevzdává se jeden pdf soubor nazvaný UCO-prijmeni-jmeno-analprez-2021.pdf (obsahuje řešení příkladů, tabulky, obrázky, Gt-kód napsaný v KTgXu), jeden zdrojový soubor naprogramovaných funkcí UCO-prijmeni-jmeno-funkce-analprez-2021.R a jeden soubor ®-kódu konkrétních řešení DU UCO-prijmeni-jmeno-analprez-2021.R, který používá tento zdrojový kód. Na psaní ®-kódu použijte KTgX-ovský balíček listings k vytvoření prostředí v hlavičce dokumentu pomocí následujícího kódu: \ def inec olor { dgray }{ gray }{0 . 35 } 70 barva textu komentáru \ def inec olor { lgr ay }{ gr ay }{0 . 95 } 70 barva pozadi R-kodu \lstset{ 70 nastaveni vzhledu R-kodu language=R, 70 nastaveni jazyka R bas ics ty le =\ttf amily \ small , 70 typ a velikost pisma R-kodu backgroundcol or =\color { lgr ay } , 70 barva pozadi R-kodu comment sty le =\ttf amily \ small \ it shape \ color {dgr ay } , 70 barva komentáre k funkcim showstringspaces = f alse , 70 zákaz zvýrazňováni mezer numbers = left, 70 cislovani vlevo numberstyle = \ttf amily\small , 70 typ pisma a velikost cislovani stepnumber = 1 , 70 cislovani po kroku jedna f irstnumber = last , 70 kumulativni cislovani radku v po sobe nasi edu j ic ich částech s R-kodem br e akl ines = T} 70 automatické zalamováni kodu na konci radku V textu potom d-kód vkládáme do prostředí \begin{lstlisting} a \end{ 1st listing}. Při psaní ď-kódu postupujte podle instrukcí v prezentaci Standards of programming in R: R style guide. Pokud nemáte nainstalovaný ETgX, můžete pro vygenerování souboru UCO-prijmeni-jmeno-analprez-2021.pdf s textem domácího úkolu použít Overleaf. • Na Overleaf si vyberte template UWE dissertation report. Tím dojde k vytvoření projektu, který pojmenujte např. DU-analprez. Automaticky se vytvoří adresář files s několika soubory, z nichž některé je nutné přejmenovat a následně nahradit jejich obsah obsahem vzorových souborů a jiné vymazat takto: — přejmenujte main.tex na UCO-prijmeni-jmeno-analprez-2021.tex, — přejmenujte Chapterl.tex na UCO-prijmeni-jmeno-analprez-text.tex, — přejmenujte titlepage.tex na UCO-prijmeni-jmeno-analprez-title-page.tex, — obsah souboru UCO-prijmeni-jmeno-analprez-2021.tex nahraďte obsahem souboru stka-vzor-du-template.tex, — obsah souboru UCO-prijmeni-jmeno-analprez-text.tex nahraďte obsahem souboru stka-vzor-text-template.tex, (11. května 2021) Katina, S., 2021: Analýza přežití 3 15 16 17 18 19 20 — obsah souboru UCO-prijmeni-jmeno-analprez-title-page.tex nahraďte obsahem souboru stka-vzor-title-page-template.tex, — vymažte soubory Abstract.tex, biblio.bib a references.bib. V souboru UCO-prijmeni-jmeno-analprez-title-page.tex modifikujte následující \textbf{Název predmetu} \textbf{Jméno Prijmeni} \textbf{UCO} Obor XY V souboru UCO-prijmeni-jmeno-analprez-2021.tex vyplňte následující (řádky 18 a 19) \fancyhead[L]{Název predmetu -- domáci ukol} \fancyhead[R]{Jméno Prijmeni} • Pro psaní ve slovenštině v hlavičce souboru UCO-prijmeni-jmeno-analprez-2021.tex namísto 21 | \usepackage [czech] {babel} 7070 zabezpeci ceske nastaveni použijte 22 | \usepackage [slovak] {babel} 7070 zabezpeci slovenské nastaveni • Přejmenujte všechny soubory tak, aby obsahovaly vaše UCO, příjmení a jméno (malými písmeny bez diakritiky dle vzoru) a zkratku předmětu (pro použijte zkratka). • V souboru UCO-prijmeni-jmeno-analprez-2021.tex (řádky 48 a 50) rovněž přepište 23 24 \ input {UCO-pr i j meni - j meno - analprez -1 it le - page } 7//0 načteni souboru s titulni stránkou \ input {UCO-pr i j meni - j meno - analprez -1ext } 7070 načteni souboru s hlavnim textem úkolu na své názvy souborů z předchozího kroku. Samotný text (včetně obrázků, tabulek atd.) píšete v souboru UCO-prijmeni-jmeno-analprez-text.tex. Je zapotřebí postupovat takto: — text svého projektu pište buď v módu Source nebo Rich Text , — vkládání obrázků - vedle ikony files je šipka a z vyrolovaného menu vyberete Computer a uploadujete své obrázky jako *.pdf . — použití obrázků - příklad pro Cit logo v textu 25 |\includegraphics[angle=0,width=0.025\textwidth]{Rlogo.jpg} Argument width určuje, jaká proporce šířky textu na stránce odpovídá šířce obrázku. — použití obrázků - příklad pro samostatný obrázek 26 27 28 29 30 31 7//0 prostredi obrázku \begin{f igure}[ht] \c entering \includegraphics[angle=0,width=0.45\textwidth]{nazev-obrázku} \caption{Popisek ...} \end{f igure} — použití tabulek - příklad (11. května 2021) Katina, S., 2021: Analýza přežití 4 32 7//0 prostředí tabulky 33 7//0 zarovnáni vpravo (r), počet p ismen "r" predstavuj e počet sloupců 34 7//0 h - here , na tomto miste , t - top , v horni časti stránky 35 7//0 velikost pisma \footnotesize (lOpt) , \scriptsize (8pt) 36 \begin{table}[ht] 37 \caption{Popisek ...} 38 \footnotesize 39 \c entering 40 \begin{tabular}{r||rrr|rrr} 41 7//0 telo tabulky 42 \end{tabular} 43 \end{table} Export tabulek z Cit umožňuje knihovna xtable a její funkce xtable . Nastavení počtu desetinných míst je možné pomocí argumentu digits , kde první číslo vektoru je nula, neboť popis řádků je text. — Vkládání ^H-kódu umožňuje prostředí listings 44 7,7, prostredí pro R-kod 45 \begin{lstlistings} 46 7.7. R kod 47 \end{lstlistings} Ukázku vloženého kódu najdete v souboru stka-vzor-text-template.tex. • Po dokončení domácího úkolu exportujete celý adresář DU-analprez (obsahující zdrojové soubory, obrázky) kliknutím na šipku pod ikonou DOWNLOAD AS ZIP , kde vyberete možnost Input and Output Files . • Bližší informace o ETgX-u najdete např. zde: The Not So Short Introduction to ETgX. DU je nejprve po formální stránce hodnocen cvičícím. Toto hodnocení zahrnuje: 1. přítomnost tří výše zmíněných souborů a jejich názvy (při uploadu se nezaškrtne "přidat UCO, příjmení a jméno " a uploadujte jednotlivé soubory, nikoli *.zip, *.rar či jiné archivy), 2. kompletnost zpracování (každý příklad musí být vypracovaný, žádný nesmí chybět), 3. dostatečný opis Vašich úvah, zvoleného postupu a interpretace výsledků, ať už tabulkových nebo grafických, 4. přehlednost 9-kódu a dodržování instrukcí v prezentaci Standards of programming in R: R style guide. DU je potřeba odevzdat do odevzdávárny přibližně 7 dní před termínem zkoušky, na který se přihlásíte. (Přesný termín odevzdání bude oznámen společně se zkušebními termíny.) (11. května 2021)