—Autozomální lokusy – děděné z matky i otce na všechny děti; především STR lokusy —X chromozomální lokusy – děděné z matky na všechny děti a z otce pouze na dcery; především X-STR lokusy —Y chromozomální lokusy – děděny výhradně z otce na syny; především Y-STR lokusy —Mitochondriální lokusy – děděny z matky na všechny děti; HPV oblasti — J:\SCAN_00\SCAN0028.JPG —Y chromozóm - pohlavní chromozóm děděný z otce na syna vč. svých STR lokusů —nejmenším ze všech chromozómů, obsahuje největší nerekombinující blok nukleotidů v lidském genomu (přibližně 58 milionů párů bází), a proto je vhodným „záznamovým zařízením“ genetických změn; Y-chromozóm představuje pouze 0.38% celkové DNA obsažené v lidské buňce —nese jen velmi malé množství funkčních genů a tyto geny mají na starosti především „mužské“ znaky spojené s fertilitou (plodností) a sexuálními funkcemi, jako je například produkce spermií a formování varlat —znaky na Y-chr považovány za hemizygotní (existuje pouze jedna kopie chromosomu); znaky na Y-chr se tak projevují jako dominantní, protože jedinec mužského pohlaví má pouze 1 kopii alely a další alely (ze sesterského chromozomu) nemohou působit proti efektu tohoto genu PowerPlex® Y23 System —doplněk ke stanovenému profilu DNA —potvrzení přítomnosti mužské DNA ve směsi (nejen mravnostní TČ) —pouze druhová shoda (počet znaků navyšuje, resp. snižuje pravděpodobnost náhodné shody) —Surame projekt Ørozbor příjmení Ø genetické testování • 1875 - George Darwin • použití příjmení k odhadu frekvence manželství prvostupňových bratranců/sestřenic Þ výpočet očekávaného výskytu uzavření manželství mezi lidmi se stejným příjmením — www.yhrd.org •Cíl projektu: ověření vazby mužských příjmení na výskyt paternálně dědičných genetických markerů Y chromozomu (Y-STR,Y-SNP) • Y chromozom stejně jako většina mužských příjmení je na území evropských populací děděna paternálně. Na základě této skutečnosti je možné předpokládat sdílení shodných nebo velmi podobných genetických profilů (Y haplotypů) skupinami mužů se stejným příjmením, u kterých je možné vyloučit velmi recentní příbuzenský vztah •funkčnost je ovlivněna lidskou chybou v matrikách a partnerskými vztahy www.genebaze.cz —haploskupiny definované na základě rozdílů na nerekombinujících částech chromozómu Y —Konsorcium YC (z angl. Y-Chromosome Consortium) - označení haploskupin Y-DNA: A – R, s dalším dělením do podskupin pomocí čísel a malých písmen —Analýza haplotypů chromozómu Y —- různé Y chromozomální linie jsou geograficky více či méně specifické R1a se utvořila pravděpodobně v eurasijských stepích. Je spojována se stepními mohylovými kulturami a expanzí Indoevropanů. Dnes je typická hlavně pro Indoíránce ve střední a jižní Asii (Indii) a pro Slovany z Východní Evropy. R1a – fialová R1b - červená — —Také studie, které se soustředily na mužský chromozom Y, potvrdily dominantní postavení haploskupin, které můžeme označit jako paleolitické (R1a, R1b a I, u nás celkem 80 % mužů). Nelze ovšem vyloučit, že některé „paleolitické“ haploskupiny byly do střední Evropy zaneseny během neolitické expanze, případně ještě později. Frekvence haploskupin stopujících neolitickou expanzi (E3b, G a J2) klesá ve směru postupující migrační vlny a v našich zemích je jejich podíl celkem 15 %. Zbývající 4 % české populace odvozuje svůj původ od recentních migračních událostí. — —155 Mbp a kóduje 1669 genů —obecně bohatý na geny související s určením pohlaví a reprodukcí a nejedná se pouze o ženskou plodnost, jedním z genů, ležících na X chromozomu zodpovídajícím za mužskou plodnost je například gen DAX 1 —pseudoautozomálních oblastech – rekombinaci - PAR 1 se nachází na koncích krátkého raménka chromozomů, obsahuje 24 genů a přes 2,6 Mbp, PAR 2 na konci dlouhého raménka je velká pouze 320 kb a na rozdíl od PAR 1 zde dochází k rekombinaci jen výjimečně X_idiogram —4 vazebné skupiny (Xp22.2, Xq12, Xq26, Xq28) – jako celky se dědí nezávisle Þ dochází mezi nimi k rekombinaci (při přenosu z matky na dceru) —při přenosu z otce na dceru se X chromozóm dědí jako haplotyp celý (výjimka – Klinefelterův syndrom) —vliv vazby Þ alely v populaci ve vazebné nerovnováze Þ počet pozorovaných haplotypů je menší než teoreticky možný počet kombinací —většina haplotypů se v populaci vyskytuje v nízkých frekvencích —posuzování příbuznosti – haplotyp se bere jako celek, nelze posuzovat populační frekvence jednotlivých alel —v posledních několika letech značně stouplo množství publikací věnující se tomuto témat; ukazuje se, že chromozom X může být velmi užitečný při analýze komplikovaných příbuzenských vztahů či jako doplňující marker při identifikaci jednotlivců —testy - nedojde k mutaci - má potomek vždy jednu alelu od otce a druhou od matky —k mutacím může s určitou pravděpodobností docházet, ale pravděpodobnost, že by během jedné meiózy došlo ke dvěma mutacím a teoretický otec by se od svého potomka lišil ve dvou alelách, je velmi malá = nejde o shodu —obecně je možné říci, že i tam, kde k identifikaci postačí autozomální STR jsou X chromozomální dobrou metodou pro odstranění pochybnosti —chyba v párování znamená nesprávnou orientaci na dělícím vřeténku, coţ v důsledku vede k aneuploidii či polyploidii jako je Turnerův nebo Klinefelterův syndrom —kruhová molekula DNA mimo jádro —počet molekul dle typu buněk(desítky až stovky) —maternální dědičnost —sekvenace D-loop (HVR 1 (16024-16383) a 2 (57-372 a 438-574) - pyrosekvenování x sekvenace celého chromozómu (Ion Torrent, AB) — — —https://www.youtube.com/watch?v=WYBzbxIfuKs [USEMAP] —různé mtDNA se vyskytují na různých kontinentech, nebo mají alespoň rozdílné frekvence výskytu —stanovením sekvence HVR mtDNA linie můžeme odhadovat odkud daná osoba pochází —Empop databáze — — [USEMAP] — —odběr a izolace jsou náročnější - čistota prostředí a nutná modifikace protokolů izolace —amplifikace — - výběr vhodného amplifikačního kitu —analýza DNA — - stanovení Y haplotypu a mt DNA jako možné vodítko — k původu našich předků —