—https://www.youtube.com/watch?v=fCd6B5HRaZ8 — —https://www.youtube.com/watch?v=NT-bARQuRXc —Forensic Genomic Workflow: Transforming your results with NGS — —množství DNA 1 ng — —SNP —bodové mutace v rámci celého genomu —4 varianty, resp. 2 —diskriminace: 40 SNP = individuální shoda Obsah obrázku stůl Popis byl vytvořen automaticky —velké množství dat —jednoznačné závěry u výstupů (barva vlasů a očí) —kompatibilita se současnou databází (CODIS) — —délka telomér - při narození - délka 15 až 20 tisíc párů bází (TTAGGG) —prodlužování telomér mechanismem ATL - korelace mezi délkou telomér a věkem jedince (R2 = 0.692) při vyšetření 60 individuí a aplikaci metody Southern blotu se sondou hybridizující k repetetivní sekvenci teloméry – zdlouhavé a náročné na materiál —qPCR v kombinaci s unikátním genem, qPCR Taqman STELA (Single Telomere Length Analysis) zaměřené selektivně na určení délky telomér pohlavních chromozómů —rozdílná délka a rychlost zkracování v různých typech tkání —mtDNA – vyšší věk spojen s vyšším počtem mutací —novorzenec do měsíců: průkazu přítomnosti transkriptů genů pro gamma hemoglobiny (HBG1n1, HBG1n2, HBG2n2 a HBG2n3) – krve —T-lymfocyty - detekci cirkulárních produktů somatické rekombinace probíhající v T-buňkách při somatických přestavbách v genech pro receptory T-buněk (TCR), korelace - R2 = 0,835; se vzrůstajícím věkem se snižuje frekvence těchto přestaveb a tím i frekvence jejich vedlejších cirkulárních produktů vzniklých excizí (metoda pomocí qPCR, nevýhoda – materiál) —metoda array - llumina Human Methylation Microarray poskytne výsledek informující o metylaci 27 578 CpG dinukleotidů umístěných celkem ve více než 14 000 lidských genech —s postupujícím věkem dobře korelují změny metylace v genech EDARADD, TOMA1L1 a NPTX2, byl vytvořen regresní model se schopností predikovat věk jedince s přesností 5,2 roku - po izolaci dochází ke konverzi nemetylovaného C na U, pyrosekvenování a přepočet věku) —domácí a divoká —identifikace konkrétního jedince —podobná lidské – STR —pro kočky STR kit - 14 lokusů (260 bp)(trichologický materiál na oblečení majitele – identifikace), taktéž pro psy – 9 lokusů (350 bp), ISAC – STR k využití identifikace - 21 di a 3 tetra —podobně jsou STR pro ovce (16 STR), skot (di - 16 STR), koně, velbloudy —slon – ve spojitosti se slonovinou, nález části těla —nosorožci (12 STR) — —mtDNA —sekvence - porovnání s referenční – určení druhu —SNP —hybridi – určená druhu (lama, vikuňa, alpaka a guanaco) —CITES — — — —cesta, jak zamezit šíření drogy —technické konopí a s obsahem THC —13 STR —marihuana - nižší diverzita u technického konopí —SNP pomocí NGS —určení geografického původu více jak 100 STR —Nutná databáze vzorků k porovnání —NGS - díky rozvoji možná identifikace, interdisciplinární obor —určení druhu hmyzu —určení mikrobiomu v kosterních ostatcích —určení smrti – postmortem intervalu —určením tělesných tekutin, mikroflora indentifikační znak – přenos spolu s tDNA osoby —mikroorganismy v půdě a jejich přenos na obuv —toxické látky – bioterorismus —16S RNA – porovnání s databázemi + bioinformatika — — —