MODULARIZACE VÝUKY EVOLUČNÍ A EKOLOGICKÉ BIOLOGIE CZ. 1.07/2.2.00/15.0204 USTAV BOTANIKY ZOOLOGIE 0^ ÜNIVt^ A c V.1 Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin Historie systematické botaniky Petr Bureš evropský sociální fond v ČR EVROPSKÁ UNIE ministerstvo školství, MLÁDEŽE A TĚLOVÝCHOVY OP Vzdělávání pro konkurenceschopnost > IMI INVESTICE DO ROZVOJE VZDĚLÁVÁNÍ Vývoj klasifikace rostlin Zpočátku uspořádání rostlin jen nevědomé uspořádání kapitol či popisů rostlin v knize, bez explicitní potřeby klasifikovat. Od antiky do renesance (zhruba do 16. století) byla botanika aplikovanou vědou = součástí lékařství, farmacie a alchymie Antické Řecko (4-3. stol. př. Kr.) - Theophrastos Theophrastos gymnasiarcha Lykeionu v Athénách Renesanční vydání 371 -287 př. Kr. História plantarum Peri fyton historias = História plantarum; ca 500 druhů rostlin hlavně stredomorských ale také z výprav Alexandra Makedonského do V Asie. Klasifikace na habituálním principu: stromy, keře, byliny vytrvalé, byliny jednoleté Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Antický Řím (počátek letopočtu) - Dioscorides Pedanius Dioscorides 1 stol. Lékař římských j/g Jf£ legií- prošel s J^ttM nimi mnohá území, kde "^£3?S£ sbíral neznámé W rostliny No3H Dioscorides sbírající ' rostliny během pochodu 4 římských legií - ilustrace Roberta Thoma z r. 1950 > Dioscorides popisující mandragoru - obraz Ernesta Boarda z r. 1909 Li Poprvé užil termín botanike = nauka o rostlinách v díle Perí hyles iatrikes = De matéria medica i Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Antický Řím (počátek letopočtu) - Dioscorides Byzantský přepis Řecký přepis Arabský přepis Renesanční latinské Dioskoridova Dioskoridova Dioskoridova vydání Dioskoridova De materia medica De materia medica De materia medica De materia medica 6. stol. 10. stol. 14. stol 1554 Po staletí přepisován a překládán ... Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Antický Řím (počátek letopočtu) - Dioscorides Mattioliho České vydání Mattioliho Comentarii in libros sex Pedacii Dioscoridis Herbáře 1554 1558 Stal se hlavní inspirací renesančních bylinářů Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Renesanční bylináře (16-17. stol) I ,1,«,-„„,u,.,:'Z'..V..S '• . ^MAV,-,-,,,,.,.,,. »1.. ř*«-í«'ltt.„,_ *^ "•'"•^'/•.<í.'.*"««St2 „„ a-rvmlntmh „ "»l> , ». ■/>.7...'V.,, ,'•;;"> ".'ír/.í l1' "-Mirřtťo ít.^T' ^ líl#fZlítej ^^*mu Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Němečtí renesanční otcové botaniky (16. stol.) Habituálně podobné druhy např. čeledí Asteraceae, Apiaceae, Lamiaceae pohromadě = intuitivně přirozené uspořádání na habituálním principu Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Fenomenální ilustrace Hans Weiditz jun. předlohy k dřevořezům v Brunfelsově herbáři corum T o M v s bccundu!. FR.AGAR.1A. Otto Brunfels % stránkové dřevořezy Fuchsova herbáře (podle obrazů Albrechta Meyera a Heinricha Fůllmaurera) byly znovu použity pro první kapesní atlas rostlin na světě 'storia stimium, 1549 Leonard Fuchs Vokalem« fvlifílircr »Wi OMtnst Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vy Herbáře = kolekce preparovaných rostlin Vynálezce herbarizace rostlin = Luca Ghini prefekt botanické I \f^mi:,...' I zahrady v Pise. Nejstarší herbářovou sbírku v Čechách vytvořil Jan František Beczskovsky, křížovník řádu s červenou hvězdou. (Přelom 17/18. stol.) ČR je v počtu herb. položek na 1 obyvatele na 5. místě na světě Před námi Švýcarsko, Švédsko, Finsko, Rakousko Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Herbář je nepřekonanou konzervační metodou 1. uchovává data o morfologické variabilitě, geografickém rozšíření, ... 2. dává možnost kontroly těchto dat 3. z herbářových položek lze také na rozdíl od literárních dat či počítačových databází izolovat DNA 4. jedinou formou jak uchovávat nomenklatorické typy Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Herbářové Karlova univerzita PRC Národní muzeum PR Moravské muzeum BRNM Masarykova univerzita BRNU Bot. ústav Průhonice PRA Muz. Olomouc OLM Muz. Opava OP Muz. Pardubice MP Muz. Litoměřice LIT Muz. Roztoky ROZ Palackého univerzita OL Muz. České Budějovice CB Muz. Plzeň PL Muz. Hradec Králové HR Muz. Třebíč ZMT Muz. Mikulov MMI Muz. Jihlava MJ Muz. Liberec LIM Jihočeská univerzita CBFS Muz. Chomutov CHOM Muz. Zlín GM Slov. nár. múzeum BRA Bot. ústav Bratislava SAV Komenského univerzita SLO Tech. Univ. Zvolen ZV Muz. Tatr. Lomnica TNP Univ. P.J. Šafárika KO Polnohosp. Univ. Nitra NI sbírky nad 30 tis. v České republice a na Slovensku (stav v r. 2014) 2 200 000 2 000 000 903 000 634 000 250 000 200 000 190 000 124 000 104 000 101 000 100 000 141 000 85 000 68 000 58 800 50 000 47 000 35 000 35 000 30 000 30 000 468 000 323 000 175 000 41 000 40 000 40 000 35 000 Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Největší světové herbáře (nad 5 milionů položek - stav v r. 2018) Museum National d'Histoire Naturelle Paris, France P 8 New York Botanical Garden Bronx, New York, USA NY 7,8 Royal Botanic Gardens Kew, England, UK K 7 Missouri Botanical Garden St. Louis, USA MO 6,6 Komarov Botanical Institute St. Petersburg, Russia LE 6 Conservatoire et Jardin botaniques Geneva, Switzerland G 6 Naturhistorisches Museum Wien, Austria W 5,5 British Museum of Natural History London, England, UK BM 5,2 Harvard University Massachusetts, USA GH 5 Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Z čeho sestává herbářová scheda? - Musí na ní být: 1. naleziště 2. stanoviště 3. sběratel 4. rok Je vhodné aby na ní bylo: 5. jméno rostliny 6. jméno herbáře 7. datum 8. nadmořská výška / zeměpisné souřadnice 1 m Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. V renesanční bylinářích nebyly rostliny hierarchicky klasifikovány -tsccjtv/ uromirA^ iiies bylo jich několik set 200-500 ^^^^^^^^^^^^^^ ^M^^V^^U^M^ I,J,Vi«ňI laj R Ntl/6 Ivumro fom pt i«n JnlcbKirfo inu Ctúrfťfytt SantKti Htijmv |lfifíi<(N»rgcbrhnr nífijrÍKi-ii v-iirib túb »ni> rróf}lt Vo:ab Nin gonítritn onfalii.' gmií^.mn. t>ur a mkrontmvm *ock cm fľa|]i'g ĎíxrflfcitMf ■ ;f. rx »nb gcrod)tct.i>aul mi Kíípfdxn arftgtn vnb úbUdjm ^ijjumi lUiícHf bK^nmbK C.mnif*«wib<6:((ťtHf(tvn*mm 5>re ■ jTl»m rV*OM/.j;f.f»»»ri:ř«»nu.I».ti.-».' -"'K.rín r>ilh»T řui\ift»it^ A Carl Linne (Linnaeus) 1707-1778 4- Orale, t, j. Obion*!!m. 6. Laa:co latum. 7. Um 8. Subulatuím. 9. Rcnifonnc. 10. Cordatum. 11. I. mul j tum, íl. 1:. ■ iy ■ '. f e. ij. \i.■.■!..:. .. 1 I, I l-llt»tllO). 16. FU4URL 17. Triiobum. rS. iriľ'-iw. : 1. '.1 .; '(;■ ' irt. 31. b.r"4um. ai. ľ . ■! i - i---. 34. Liciniaiun. M. Íl I I íl, 36. Doi'Jff-fŕlHHII*. lÜ'. Par'£Ü£ sq. Kcpanaum. j o. Dc malum, í i > Senatum. 3V- Cr.ipum. 40. Obruium. 41. Acer u a. 41. Acuminatum. 44- It.-^iijui i.-.'f. 4f. ("H.TÍí/O-WÍOIJIi-ÍIl*.*. 46. Kr.,,;,. 47. Pilotům. 4-. ľ ■ 1 ľii: 49. Hiipidym. ro. Ciliar u*. í J. Ncrtoiuni. Í4. Papilloma. )I. L.ngj.Mxmr. 76. AclRaciiorme. 57. DolatKifcinií. .í. Pclioldn. f g. Trlijuctrum. 60. Carulii-uUiuB, 61. Sukatum, Li. ľera. 66. Digiuium. 6-. Tedaium. 65. ľmoitutn NM /-aj'/. Www -6. L y rat um. -i. BiTaaľftTľD, Ü-piintt-ttnoum. fť B*pinnatum (Saucif.), Dujli(M*-finm:*m. -9. Tiňcnuium, T'ifixui So. Tri pi n rut um (Suing.) i ■ IV Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Species plantarum (1753) 24 tříd dle počtu, délky, srůstu tyčinek a pestíků, tedy pohlavních orgánů je proto nazýván systém sexuální HO LMIJi. IHMMIH LAUREN-TII SALVU. I71J Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Plantae hybridae (1751) vzniku nových druhů n". 18. XXXII. PLANTA HYBRID JE, q U A s , Sub PR£SIDI0, D. D. Caroli LINNíEI, publica disquisitioni S i s t i t stipf.NDIARIUS nesseli anus, joannes Jnis ha art man, A u s t R o-f INLANDUS. U ř sa i i í, 13 Novembr. 17Ji. I Omnivjm fére unanimis diu fuit confenfus , viva I "mnia ex femine propagari ; foetus eandem inire vivendi l«honem , quam antea parentes ; fingula intra fuas li^cies multiplicari, atque adeo univerfa viventia , líwlia in principio inftituta erant, talia etiam in polte-I *to fine 1'pecíerum, yel tautatione , vel mistione per- Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. První přirozené systémy (2. pol. 18. stol.) Michel Adanson 1727 - 1805 Antoine Laurent de Jussieu 1748 - 1836 1763 58 čeledí 1. komplex morfologických znaků 2. hodnota všech znaků stejná 1789 rozpracoval systém svého strýce Bernarda 20.000 druhů ve 100 čeledích a 15 třídách 1. v diagnózách čeledí má vztahy k sousedním čeledím 2. tyto vztahy použil jako třídící kriterium 3. hodnota znaků (hlavně stavba květu) v různých skupinách různá Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Objev a zobecnění rodozměny (18/19. stol) Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Objev a zobecnění rodozměny (1. pol. 19. stol) 1796 - první zobrazení klíčení spor kapradin a vznik sporofytu na gametofytu John Lindsay (britský lékař působící na Jamaice) 1851 - rodozměna = životní cyklus všech výtrusných vyšších rostlin - Wilhelm Hofmeister (1824-1877 německý botanik) ^Ej 1874 - genetická podstata haploidní a diploidní fáze - \f Eduard Strassburger (1844-1912, prof. botaniky univ. v Jeně) Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Objev principu opylení rostlin (1. pol. 19. stol) Giovanni Battista Amici (1786-1863) prof. fyziky v Mondeně 1823 objevuje pylovou láčku, jež proroste krz čnělku do semenníku. sservazioni microscopiche sopra varie piante (Mondena 1823) Carl Wilhelm von Naegeli (1817 -1891) prof. botaniky na univ. v Zürichu 1842 studuje dělení buněk uvnitř vznikajícího pylového zrna Zur Entwicklungs-geschichte des Pollens bei den Phanerogamen. (Zürich 1842). Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Objev principu oplození rostlin (2. pol. 19. stol) 1877 popis dělení a diferenciace buněk uvnitř zárodečného vaku Über Befruchtung und Zelltheilung (Jena 1877) Eduard Strassburger, 1844-1912, prof. botaniky univ. v Jene 1898 objev dvojího oplození u rostlin Novyje nabljuděnija nad oplodotvorenijem u Fritillaria tenella i Lilium martagon, které vyšlo jako součást sborníku Dněvnik X. sjezda russkich estěstvoispytatělej i vracej v Kijevě. Sergej Gavrilovič Navašin, 1857-1930, prof. botaniky na univ v Moskvě Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Evoluční teorie (2. pol. 19. stol.) 1859 evoluční teorie - Angličan Charles Darwin (1809-1882). On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life. (O vzniku druhů přírodním výběrem neboli uchováním prospěšných plemen v boji o život) (1859). 1866, Němec Ernst Haeckel (1834-1919) vyslovuje zákon rekapitulace = biogenetický zákon: ontogeneze = zkrácená fylogeneze (v temže roce zavádí pojem ekologie jakožto vztah organismu a prostředí). homoplasiích 1846 Angličan Richard Owen (1804-1892) definoval homologie a analogie / později obdoba v Hennigových apomorfiích a Report on the archetype and homologies of vertebrate skeleton Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Paleobotanické přístupy (počátky) Johann Jakob Scheuchzer (1672-1733) švýcarský kartografa lékař 1709 - Herbarium diluvianum - první vyobrazení nálezů fosilních rostlin, zejména otisků listů kapradin z karbonu a permu a také třetihorních nálezů krytosemenných - zejména listů stromů Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Paleobotanické přístupy (19. století) Kašpar Maria Šternberk(1761-1838) český botanik, mineralog a geolog zakladatel národního muzea (1818) 1820-1825 Versuch einer geognostisch-botanischen darstellung der flora der vorwelt- „Nástin zeměznalecko-botanického přehledu flóry prasvěta" = „starting point" nomenklatury fosilních rostlin Alexandre Brongniart (1770-1847) francouzský chemik, mineralog a geolog - Histoire des végétaux fossiles (1828-37) 1828 - první periodizace fosilní flóry do 4 období - výtrusných rostlin, jehličnanů, cykasů, kvetoucích rostlin Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Paleobotanické přístupy (od 1. pol. 20. stol.) Skot Robert Kidston a Brit William Henry Lang během 1. svět. války studovali fosilie u obce Rhynie ve Skotsku Popsali radu unikátních prvních terestrických rostlin - ryniofytů Včetně jejich anatomické stavby V, /; Übengipfelung Pianation Verwachsung im Blatt Y-l Iß T Telomová teorie: evoluční základ všech rostlinných orgánů = prastonek = telom Z jeho prostorové dichotomické podoby u ryniofyt vznikly různé typ větvení stonku, postavení a uspořádání sporangií a w t j listy u všech dalších rostin. \jf Reduktion Einkrümmung Verwachsung in UerAchse listy J Na základě studia fosilních rostlin, zejména ryniofyt, ji poprvé postuloval roku 1930 Němec Walter Zimmermann (v díle Die Phylogenie der Pflanzen). Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Chromosomy v rostlinné systematice (20. stol.) 1842 - Švýcar Carl Wilhelm von Nägeli pozoruje 12 Bfi^j subcelulárních šlemovitých shluků (chromosomů) Oběhem studia vývoje pylu u Tradescantia virginica 1882 - Němec Eduard Strasburger si poprvé všímá, že počet diferencujících chromosomů je při mitóze stálý. ■ Boveri 1915 1888 „Počet chromosomů: druhově specifický ^^^^^ stabilní znak" - německý cytogenetik a anatom SJ Theodor Boveri. 1886 nová polyploidní forma Oenothera lamarckiana „Gigas" - Holanďan Hugo de Vries (chromosomy analyzovala u tohoto polyploida v roce 1907 Američanka Anne Lutz) 1917 Švéd Ojvind Winge - role chromosomů a Polyploidie v evoluci a klasifikaci rostlin Ojvind Winge 1886-1964 V rostlinné systematice se chromosomy zjišťují od 20. let 20. stol. Dnes u 25-30% rostlinných druhů znám počet chromosomů Od počtu chromosomů k velikosti genomu průtoková cytometrie (konec 20 stol.) FLOW CYTOM6TRY Od poloviny 80. let 20. stol. prodělává dramatický rozvoj Původně sloužila k analýze krevních buněk U rostlin umožňuje měření obsahu DN a stupeň ploidie v buněčných jádrech Efektivní a šetrná metoda umožňující sledovat mikroevoluční procesy v populacích Vedle Polyploidie, velikosti genomu umožňuje analyzovat breeding systémy (identifikovat, kolik semen vzniklo apomixií a kolik sexuálně) Velikost genomu známa u 4 % druhů vyšších rostlin Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Kde najít kumulovaná data o počtu chromosomů a velikostech genomu? i http://ccdb.tau.ac.il/home/ u https://cvalues.science.kew.org/ Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Syntetická teorie evoluce (1. pol. 20. stol.) (k, L ■ r í Godrey Harold Hardy 1877-1947 britský genetik Wilhelm Weinberg 1862-1937 německý genetik Theodosius Dob 1900-1975 amer. populační genetik George Ledyard Stebbins 1906-2000 americký botanik 1937 zákon o frekvenci alel v panmiktické populaci = Hardy-Weinbergova rovnováha. Darwinismus + genetika = syntetická teorie evoluce Ne jedinec, ale populace je základní jednotkou evoluce. Evoluce frekvence alel v populaci - selekce, ... drift,... drive(s) = zmena Theodosius Dobzhansky (Genetics and the origin of species 1937). G. Ledyard Stebbins (Variation and Evolution of Plants 1950). Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Isoenzymy - markery populační genetiky 20. stol. Gelová elektroforéza zviditelní rozdíly v prostorovém uspořádání, hmotnosti a síle elektrického náboje enzymů, bílkovin, nukl. kyselin Elektroforézu vynalezl 1937 švédský biochemik Arne ^řV^l Wilhelm Kaurin Tiselius (1902-1971) (Nob. cena 1948). ÍJA v systematice od 80 let - hybridní původ druhů, breeding systémy: selfing vers, outcrossing, populační genetika Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Objektivizace a racionalizace taxono-mických dat = Biostatistika (20. století) Biometrika rostlin - přelom 19/20. stol. britský matematik Charles Pearson definoval základní pojmy popisné statistiky - např. koeficient variance; pracoval většinou se znaky s normální gausovskou distribucí-sledoval např. počty ostnů na listech llexaquifolium Charles Pearson (1857-1936) Fenetika = „každý znak má a priori stejnou váhu" 1963 Američané Robert Sokal a Peter Sneath numerická taxonomie - využívá shlukové analýzy, diskriminační analýzy, analýzy hlavních komponent a mnoha dalších, Uplatnění podmíněno rozvojem výpočetní techniky Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Znaky kvantitativní a kvalitativní - biometrika. Variabilita živých organismů si vynucuje použití metod biostatistiky. Nejčastějšími výstupy numericko taxonomických metod jsou: dendrogram (v případě metod klasifikačních jako je např. clustrová analýza) nebo ordinační diagram (vyjádřený obvykle ve formě scatter plotu, v případě metod ordinačních jako je např. analýza hlavních komponent PCA = principál component analysis, a. hlavních koordinát PCoA, či analýza DCA). Hyper? allne Anoxic marine Anoxic freshwater Marine sediment j H arj n e w aler c oľu m n Freshwater m dl m ents f.fň/i>. DtMňlňi * Al40.iOA.L4t1li* ♦Anoxic--I nes hiůcyiíf q-£hvh b^ybypira Arů ■ Part jKhŕon • Dtľ*^ denmark ?. :-. ■• TM iFiVi 1 FiJ ' Quctrafmtf f ""=:■■:. o ciptlblajíliort ' "voči Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Kladistika Wi (1Í Willi Hennig (1913-1976) 1950 něm. entomolog Willi Hennig Rekonstrukce fylogeneze = spojování skupin se společnými předky, na základě sdílení nově se v evoluci objevivších (odvozených) znaků = apomorfií I Gymno3perms I Conifers, cycads | First plants to reproduce with seeds, located inside of a cone, inside spores Dlcots: Tomatoes, Cacti, & most tree species Second and larger class of flowering plants r Kladogram vychází z apomorfií při maximální úspornosti (= minimálního počtu změn) „maximum parsimony tree". Každý znak byl někdy v evoluci nový - např.: genetický kód = apomorfie všech živých organizmů, cévní svazkv = apomorfie vvšších rostlin kromě mechorostů I Moss & llvervorts: I Basal plants potato & eggplant Bell peppers Flower parts in multiples of 4or 5 ANGIOSPERMS: Flowering plants — — -carpels in flowers & insect pollination - — -Embryos in protective seed & secondary growth, two cotyledons Developed vascular system & sporophyte dominant Dhlorophyta: green algae (photosynthesis, reproduction via spores ular or filamentous body) Terrestrial &, domi nant gametophyte & unbranched dependent sporophyte Taxon 1 (monophyletic) □ E G h J K V V V Taxon 3 (paraphyieiic) D E G H J K V V V C P I konduplikátně svinutý plodolist = apomorfie krytosemenných. Může ale vzniknout i nezávisle vícekrát, evoluce může vést vlivem selekce i ke konvergenci znaků. Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Studium DNA 90. léta 20. stol. (1) postupy založené na polymerázové řetězcové reakci (PCR) v programovatelném zařízení, zvaném termocykler. (2) Pro čtení sekvence nukleotidů - sekven(c)ování se využívá automatický sekvenátor. Výhodou metod je, že stačí jen malé množství materiálu umožňující přežití zkoumaného jedince. - ■ j ^. % r "JI The Nobel Prize \ ĚĚk ] , £k É^.j L LÁ in Chemistry 1980 ^H§§ | 926- Berg Walter Gilbert 1932- [1; . Mullis 1944-2019 in Chemistry 1993 Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Bar-coding identifikace rostlin pomocí sekvence DNA SITE MAP Alphabetical List Resource Guide About NCBI An introduction to NCBI GenBank Sequence submission support and software Př. Eriophorum angustifolium: sekvence intronu chloroplastového genu pro transferovou RNA National Center for Biotechnology Information National Library of Medicine National Institutes of Health databases BLAST OMII Books TaxBrowse-r Structure ► What does NCBI do? Hot Spots Established in 1988 as a national resource for molecular biology information, NCBI creates public databases, conducts research in computational biology, develops software tools for analyzing genome data, and disseminates biomedical information - all for the better understanding of molecular processes affecting human health and disease. More about NCBI... ► Clusters of orthologous groups ► Coffee Break, Genes & Disease, NCBI Handbook ► Electronic PCR ► Entrez Home CCTCTTACTATAAATTTCATTGTTGTCGATATTGACATGTAGAATGGACTCTCTCTTTATTCTCGTTTGATTTATCATCATT TTTTCAATCTAACAAATTCTATAATGAATAAAATAAATAGAATAAATTGATTACTAAAAATTGAGTTTTTTTCTCATTAAACTT CATATTTGAATCAATTTACCATAAATAATTCATAATTTATGGAATTCAAAAAAATTCCTGAATTTGCTATTCCATAATCATTG TCAATTTCTTTATTGACATGAAAAATATGATTTGATTGTTATTATGATCAATCATTTGATCATTGAGTATATATACGTACGTC TTTTTTTGGTATAGACGGCTATCCTTTCTCTTATTTCGATAAAGATATTTTAGTAATGCAACATAATCAACTTTATTCGTTA GAAAAACTTCCATCGAGTCTCTGCACCTATCTTTAATATTAGATAAGAAATATTTTATTTCTTATAATAAATAAGAGATATTT TATATCTCTCATTTTCTCAAAATGAAAGATTTGGCTCAGGATTGCCCACTCTTAATTCCAGGGTTTCTCTGAATTTGGAA GTTAACACTTAGCAAGTTNCCATACCAAGGCCAATCCAATGC http://blast.ncbi.nlm.nih.qov/Blast.cqi?PROGRAM=blastn&PAGE TYPE=BlastSearch&LINK LOC=blasthome Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Next-generation-sequencing = kombinace štěpení DNA PCR a nanotechnologií L iíTT" Nano-porová metoda HMinION Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. J Anglos perm P hylogeny Website - Microsoft Internet Explorer 5oubor Úpravy Zobrazit Oblíbené Nástroje Nápověda Qzpět - .^J ^ $ p Hledat Oblíbené ^ ^ 1*1 ' □ fl Adresa 4£\ http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/ v 0 Přejíc Odkazy HOME TREES APOMORPHIES ORDERS FAMILIES CHARACTERS REFERENCES SEARCH LINKS SUMMARY n„„-___..... r,. . .„___„. ... ,__:. GLOSSARY Angiosperm Phylogeny Website Angiosperm Phylogeny Group Stevens, P. F. (2001 onwards). Angiosperm Phylogeny Website. Version 7, May 2006 [and more or less continuously updated since]. http://www.mobot.org/MOBOT /research/APweb/. Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Kde najít kumulovaná data o fylogenetických stromech? iw.timetree.org 120% — q Ír I q, Wíetío^^^^^^^^^^^^^^^^ m\ n m e ■íjfr NejnivaévovanéjĚÍ Jak;ačít ^| Přehled zp áv ® ISIWebof Knowledge... r1 V negativním slova...... © Ele ctronic library, Dqw... 3 Výsledek obrázku pro J,„ TIMETREE 3,163 Studies 97,085 Species THE TIMESCALE of LIFE Home About Book Studies Resources News FAQs Contact TimeTree is a public knowledge-base for information on the evolutionary timescale of life. Data from thousands of published studies are assembled into a searchable tree of life scaled to time. Three search modes are possible: * NODE TIME - to find the divergence time of two species or higher taxa • TIMELINE - to drill back through time and find evolutionary branches from the perspective of a single species ■ TIMETREE - to build a timetree of a group of species or custom list TIMEPANEL5 showing events in geological time and astronomical history are provided for comparison with timelines and timetrees. Results can be exported in different formats for additional analyses and publication. GET DIVERGENCE TIME FOR A PAIR OF TAXA (?) Specify 2 Taxon Names -' ResoLve Ambiguity Taxon 1: Taxon 2: TIMELINE GET AN EVOLUTIONARY TIMELINE FOR A TAXON I - J Specify a Taxon Name ■ I Taxon: ResoLve Ambiguity Taxon © Show Timeline BUILD A TIMETREE Specify a Group of Taxa Group: © Or © Load a List of Species Upload: | Procházet... Soubor nevyb Resolve Ambiguity Group Select Taxonomie Rank Rank: Show Timetree © http://www.timetree.org/ Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Rekapitulace Botanika = vědní obor starší než křesťanství Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Rekapitulace Botanika = vědní obor starší než křesťanství Klasifikace hierarchická = důsledek rostoucího počtu klasifikovaných druhů Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Rekapitulace Botanika = vědní obor starší než křesťanství Klasifikace hierarchická = důsledek rostoucího počtu klasifikovaných druhů Objektivizace / opakovatelnost / jednoznačnost klasifikace = fylogenetická příbuznost, Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Rekapitulace Botanika = vědní obor starší než křesťanství Klasifikace hierarchická = důsledek rostoucího počtu klasifikovaných druhů Objektivizace / opakovatelnost / jednoznačnost klasifikace = fylogenetická příbuznost, Kumulace analytických dat z: morfologie, paleontologie, biometriky, karyologie, studia sekvencí, ... umožnila Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Rekapitulace Botanika = vědní obor starší než křesťanství Klasifikace hierarchická = důsledek rostoucího počtu klasifikovaných druhů Objektivizace / opakovatelnost / jednoznačnost klasifikace = fylogenetická příbuznost, Kumulace analytických dat z: morfologie, paleontologie, biometriky, karyologie, studia sekvencí, ... umožnila Syntézu v: teorii rodozměny, evoluční teorii, populační genetice, fenetice, kladistice, molekulární fylogenetice, ... Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2. Rekapitulace Botanika = vědní obor starší než křesťanství Klasifikace hierarchická = důsledek rostoucího počtu klasifikovaných druhů Objektivizace / opakovatelnost / jednoznačnost klasifikace = fylogenetická příbuznost Kumulace analytických dat z: morfologie, paleontologie, biometriky, karyologie, studia sekvencí, ... umožnila Syntézu v: teorii rodozměny, evoluční teorii, populační genetice, fenetice, kladistice, molekulární fylogenetice, ... Data o fylogenetice, sekvencích, chromosomech, velikosti genomu jsou kumulována v internetové dostupných databázích Petr Bureš: Prezentace přednášky Fylogeneze a diverzita vyšších rostlin - část 2.