# Chí^2 test - test dobré shody pro stanovení jestli je populace v HWE, resp. jestli pozorované (P) počty genotypů odpovídají těm, za genetické rovnováhy (očekávané O)
 # nadefinujeme si počty jednotlivých genotypů
D <- 66
H <- 20
R <- 14
N <- 100
  # výpočet relativních frekvencí genotypů
d <- D/N
h <- H/N
r <- R/N
d ; h; r
  # výpočet relativních frekvencí alel
p <- d + (h/2)
q <- r + (h/2)
p; q

 # výpočet relativních frekvencí genotypů za HWE (dosazení frekvencí alel, p a q, do rovnice genetické rovnováhy)
p2 <- p*p
pq2 <- 2*p*q
q2 <- q*q
p2
pq2
q2
  # přepočet na absolutní očekávané frekvence genotypů
O1 <- p2 *N
O2 <- pq2 *N
O3 <- q2 *N
O1
O2
O3
  # výpočet dílčích chí^2 (pro jednotlivé genotypy) 
chi1 <- ((D - O1)^2)/O1
chi2 <- ((H - O2)^2)/O2
chi3 <- ((R - O3)^2)/O3
chi <- chi1 + chi2 +chi3
chi

  # výpočet chí^2 pomocí balíčku HardyWeiberg (nutno si stáhout a nainstalovat)
x <- c(SS=66,FS =20, FF=14)   # vytvoření vektoru x s počty genotypů
x
HWChisq(x, cc=0, verbose=TRUE)   # použití funkce HWChisq()