Cvičení 2
1. Importujte dataset o popisující rybí společenstva v řece Doubs.
a) Proveďte souhrn dat a zkontrolujte, že se načetla správně
b) Spočítejte druhovou bohatost, Shannonův index a vyrovnanost (Pielou's eveness) pro
jednotlivé vzorky. Výsledek uložte do nového data frame.
c) Proveďte explorační analýzu dat. Z grafických metod použijte např. párový graf.
Navrhněte transformace proměnných pro výpočet regrese parametrů diverzity.
d) Spočtěte lineární model závislosti druhové bohatosti na podmínkách prostředí.
• Otestujte jednoduché korelace (marginal effects) mezi parametry diverzity a
podmínkami prostředí
• Proveďte výběr prediktorů a vyberte tak minimální adekvátní model
• Proveďte regresní diagnostiku modelu
e) Poveďte totéž s Shannonovým indexem a vyrovnaností
f) Exportujte výsledky do Wordové tabulky a napište k ní popisek
2. Importujte dataset o popisující společenstva rostlin na horských vrcholech v Andách
a) Proveďte souhrn dat a zkontrolujte, že se načetla správně.
b) Spočítejte druhovou bohatost, Simpsonův index a Simpsonovu vyrovnanost pro
jednotlivé vzorky. Výsledek uložte do nového data frame. Z proměnných prostředí k nim
přidejte ještě Prec, Tmean a Biome, které budeme používat.
c) Proveďte explorační analýzu dat. Z grafických metod použijte např. párový graf.
Navrhněte transformace proměnných pro výpočet regrese parametrů diverzity.
d) Spočtěte lineární model závislosti jednotlivých parametrů diverzity na podmínkách
prostředí.
• Otestujte jednoduché korelace (marginal effects) mezi durhovou bohatostí a
podmínkami prostředí
• Proveďte výběr prediktorů a vyberte tak minimální adekvátní model; zhodnoťte
použití korekcí pro mnohonásobné testování
• Proveďte regresní diagnostiku modelu
• Poveďte totéž se Simpsonovým indexem a vyrovnaností
as.formula(data.frame) převede jména sloupců (vars) na výraz var1
~ var2+var3+...
lm() fituje lineární model
summary(lm) provede vyhodnocení lm.
anova() testuje signifikanci lineárního modelu (i dalších modelů)
add1() zhodnotí efekt přidání prediktoru do modelu; hodí se k
otestování jednoduchých párových korelací
update() umožňuje upravit strukturu a další parametry modelu
step() provede automatický výběr minimálního adekvátního modelu na
základě AIC
plot(lm) nakreslí grafy regresní diagnostiky pro lineární model
vegan:
specnumber() spočte druhovou bohatosti
diversity() diverzitní indexy
psych:
pairs.panels() párový graf pro exploraci vztahů a rozdělení