Cvičení 7
1. Test lineárního modelu pomocí RDA: Načtěte data popisující rybí společenstva v řece
Doubs. Spočítejte druhovou bohatost. Tu následně použijte jako odpověď v lineárním
modelu, který sestavíte pomocí postupného výběru prediktorů. Totéž proveďte pomocí RDA
a porovnejte výsledky.
2. Analýza opakovaných pozorování (BACI design). Stáhněte si data z článku „Suppressing
competitive dominants and community restoration with native parasitic plants using the
hemiparasitic Rhinanthus alectorolophus and the dominant grass Calamagrostis epigejos“
zde: https://datadryad.org/stash/dataset/doi:10.5061/dryad.4r390
a. Na prvním listu najdete data k prvnímu experimentu. Naimportujte je do R: data jsou
v excelovém formátu transponovaná, což je třeba vyřešit. Lze buď v Excelu nebo po
importu v R. Pak je třeba dávat pozor, kdy importovat jména sloupců/řádků a kdy ne.
Při importu, dejte pozor, abyste neimportovali do druhových dat RhinAlec
(Rhinanthus alectorolophus), který byl vyséván. Importujte pouze krátká jména
druhů.
b. Odstraňte druhy, které se vyskytly jen jednou
c. Sestavte model, který otestuje efekt interakce čas x Rhinanthus a čas x koseno 2x
(MownTwice)
d. Otestujte oba prediktory správně specifikovaným permutačním testem. Pokud je
některý neprůkazný, tak ho z modelu odstraňte a znova otestujte finální model.
3. Lineární diskriminační analýza: načtěte data o morfometrice bruslařek. Vyberte z nich pouze
ta pro 6. instar.
a. Samostatně spočtěte a nakreslete PCA na které zobrazíte skupiny pozorování
klasifikované podle druhů a zobrazte šipky odpovídající morfometrickým
parametrům.
b. Samostatně otestujte, zda se druhy průkazně liší parametrech pomocí RDA.
c. Spočítejte LDA.
d. Nakreslete ordinační diagram LDA s vyznačením druhů a morfometrických
parametrů, porovnejte s PCA diagramem.
e. Sestavte diskriminační funkci a zhodnoťte její úspěšnost pomocí krosvalidace.
R funkce
vegan:
how slouží ke specifikaci permutačních designů v anova.cca
blocks – bloky
plots = Plots(strata=main-ploty, type=typ permutace)
within = Within(type= typ permutace) typ permutace split plotů
MASS:
lda lineární diskriminační analýza
s parametrem CV=T provádí kros-validaci diskriminační funkce
fastDummies:
dummy_cols převádí faktor na sérii binárních proměnných (dummy
variables)