Cvičení 9
1. Pomocí Twinspanu zanalyzujte data druhového složení vinohradů
a. Zobrazte klasifikační dendrogram – pro snímky i pro druhy
b. Zobrazte twinspan tabulku
c. Zkuste zopakovat analýzu pro jiný počet úrovní
d. Zanalyzujte výsledky obou analýz pomocí šířky siluety
e. Zobrazte některý z výsledků v DCA ordinaci
2. Analyzujte tytéž data pomocí metody Isopam
a. Zobrazte klasifikační dendrogram
b. Zobrazte Isopam tabulku s indikátorovými druhy
c. Zkuste zopakovat analýzu s jiným nastavením parametrů
d. Zobrazte některý z výsledků v PCoA
R funkce
twinspan v package twinspan dostupný pomocí:
devtools::install_github("jarioksa/twinspan")
Nejprve bude třeba instalovat package devtools a další software (nejspíš bude třeba restartovat R)
Podrobný manuál najdete zde: https://github.com/jarioksa/twinspan
twinspan provede twinspan analýzu
plot(twinspan.object) – nakreslí dendrogram pro rozdělení kvadrantů
plot(twinspan.object, what="species") – nakreslí dendrogram pro rozdělení druhů
cut(twinspan.object) – vrátí příslušnost do shluků (možno volit úroveň)
cuth(twinspan.object, ngroups=k) – redukuje twinspan výsledek na k skupin (=
modifikovaný Twinspan)
summary(twinspan.object) – zobrazí klasifikační pravidla
Isopam
dosupný v package Isopam
isopam – spustí Isopam analýzu
plot(isopam.object) – nakteslí dendrogram
isotab(isopam.object) – popis výsledků analýzy včetně diagnostických druhů