PTM úkol
•Glyceraldehyd-3-fosfátdehydrogenáza je enzym glykolýzy. Kromě své role v glykolýze se ale
uplatňuje             i v dalších biologických procesech. U patogenů se dokonce může vyskytovat v
buněčné stěně a sloužit         k adhezi na hostitelské buňky.
•
•Predikujte případnou fosforylaci u GAPDH z patogenních kvasinek.
•Porovnejte počet (četnost) PTM u jednotlivých GAPDH.
•
•Volitelný úkol: Predikujte strukturu jedné vybrané GAPDH a pomocí PyTMs zvýrazněte ve struktuře
proteinu PTM.
•
•

•
•

•Glyceraldehyd-3-fosfátdehydrogenáza je enzym glykolýzy. Kromě své role v glykolýze se ale
uplatňuje             i v dalších biologických procesech. U patogenů se dokonce může vyskytovat v
buněčné stěně a sloužit         k adhezi na hostitelské buňky.
•
•Predikujte případnou fosforylaci u GAPDH z patogenních kvasinek.
•Porovnejte počet (četnost) PTM u jednotlivých GAPDH.
•
•Volitelný úkol: Predikujte strukturu jedné vybrané GAPDH a pomocí PyTMs zvýrazněte ve struktuře
proteinu PTM.
•
•

•
•
PTM úkol

>ACJ22876.1 glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase [Candida tropicalis]
MAAIKVGINGFGRIGRLVLRIALTRKDIEVVAVNDPFIGAEYAAYMFKYDSTHRTFKGEVKAEGDSLIID
GHKIHVFQERDPINIPWAKNGVEYVIDSTGVFTKIEGAQKHIDAGAKKVIITAPSADAPMFVVGVNEDKY
TPDLKIISNASCTTNCLAPLAKVINDTFGIADGLMTTVHSITATQKTVDGPSHKDWRGGRTASGNIIPSS
TGAAKAVGKVIPELNGKLTGMSLRVPTTDVSVVDLTVNLKKPATYEEICDAIKKASEGPLKGVLGYTEDA
VVSSDFLTTNLSSVFDAKAGILLTPTFVKLISWYDNEYGYSTRVVDLLEHVAKVSGSA
>sp|Q6FPW3.1|G3P1_CANGA RecName: Full=Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1; Short=GAPDH 1
[[Candida] glabrata CBS 138]
MVRVAINGFGRIGRIVLRIAMKRDGIDVVAINDPFITNDYAAYMFKYDSTHGRYDGEVTHDDKDLIIDGK
AIKCYQERDPADLPWGDNDIDIVIEATGVFTAKDLAEKHITAGAKKVVITGPSATAPMFVKGVNDDKYTS
DVTVISNASCTTNCLAPLAKVLQDNFGIEEALMSTVHSQTATQKTVDGPSKKDWRGGRTASANIIPSSTG
AAKAVTKVLPELEGKLTGMAFRVPTVDVSVVDLTVRFAKDVTYDEIKAAIKKASEGEMKGILAYTEDAVV
STDFLGDTHSSIFDASAGIQLSPRFVKLVSWYDNEYGFSARVVDMVELVSKA
>sp|Q92211.2|G3P_CANAW RecName: Full=Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase; Short=GAPDH (Candida
albicans)
MAIKIGINGFGRIGRLVLRVALGRKDIEVVAVNDPFIAPDYAAYMFKYDSTHGRYKGEVTASGDDLVIDG
HKIKVFQERDPANIPWGKSGVDYVIESTGVFTKLEGAQKHIDAGAKKVIITAPSADAPMFVVGVNEDKYT
PDLKIISNASCTTNCLAPLAKVVNDTFGIEEGLMTTVHSITATQKTVDGPSHKDWRGGRTASGNIIPSST
GAAKAVGKVIPELNGKLTGMSLRVPTTDVSVVDLTVRLKKAASYEEIAQAIKKASEGPLKGVLGYTEDAV
VSTDFLGSSYSSIFDEKAGILLSPTFVKLISWYDNEYGYSTRVVDLLEHVAKASA
•Glyceraldehyd-3-fosfátdehydrogenáza je enzym glykolýzy. Kromě své role v glykolýze se ale
uplatňuje             i v dalších biologických procesech. U patogenů se dokonce může vyskytovat v
buněčné stěně a sloužit         k adhezi na hostitelské buňky.
•
•Predikujte případnou fosforylaci u GAPDH z patogenních kvasinek.
•Porovnejte počet (četnost) PTM u jednotlivých GAPDH.
•
•Volitelný úkol: Predikujte strukturu jedné vybrané GAPDH a pomocí PyTMs zvýrazněte ve struktuře
proteinu PTM.
•
•

•
•
PTM úkol

Glyko úkol
•S využitím nástroje DrawGlycan graficky znázorněte antigeny krevních skupin systému AB0.
Znázorněte i jednotlivé typy glykosidových vazeb a ukotvení.
•
•

•
•
http://www.virtualglycome.org/DrawGlycan/

Glyko úkol
•Nacházejí se v databázi Unilectin3D struktury lektinů schopných vázat A antigen? Předpokládáte, že
se jedná  o nativní ligand daných lektinů? Jaká je možná funkce daných lektinů a jejich vazby na A
antigen?
•
•

•
•
?
Funkce?