Fylogenetická analýza


Vyberte si 18 sekvencí různých proteinů, ktere sdílejí alespoň 30% identitu. Zvolte sekvence z
různých oraganismů.  Zvolte i dvě sekvence, které mají identitu nižší (ale jsou nalezeny jako
potenciální podobné sekvence) - nevolte ale totálně odlišné (především v délce)


1) Připravte si data (zeditujte nazvy), tak aby byla jednoznacne kratce a smysluplne pojmenovana
(napr: vymazte"sp|gi|P31415626|QNXY_CJAPONa nahradte slovem rice, R. solanacearum, myš, atd ..., ze
které sekvence pochází. Bude to následně přehlednější.


2) Udělejte vícenásobné sekvenční přiložení (ideálně ClustalW2 (už není dostupný na EBI, dá se
stáhnout jako stand-alone z clustal.org či je dostupný na stránkách
https://www.genome.jp/tools-bin/clustalw), Clustal Omega či jiným softwate.  Pro jednodušší práci
je mít sekvence obdobné délky, ale není nutné


3) Proveďte dvě fylogenetické analýzy s použitím Neighbor Joining metodou a pak UPGMA  (možno na:
https://www.ebi.ac.uk/Tools/phylogeny/simple_phylogeny/), ale klidne vyzkoušejte jiné stránky


4) Popište výsledné přiložení a zahrňte grafické obrázky alignmentu i fylogeneze.


(5) Proveďte totéž na úrovni (c)DNA..


(6) Mají stromy stejnou topologii?


(7) Mají stromy stejnou délku větví?

?

(8) Pokud 6 a 7 není pravda, popište rozdíly a zkuste navrhnout, proč se tyto stromy  od sebe liší.


(9) Ukazují stromy náznaky paralogní evoluce_?


(10) Které uzly jsou ortologní a které paralogní?


Pro znázornění a formátování stromů můžete využít např. http://itol.embl.de (upload) či jakýkoli
jiný program.

Do protokolu zahrňte i Vaše sekvence ve FASTA formátu


(11) vyberte si nejkonzervovanější část přiložení a vygenerujte jeho "sekvenční logo" (např.
http://weblogo.berkeley.edu/)