C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -1-organizace C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii Petr Kulhánek kulhanek@chemi.muni.cz Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Kamenice 5, CZ-62500 Brno 0. lekce (organizace) Revize 1 C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -2-organizace Obsah ➢ Organizace výuky harmonogram, zakončení předmětu ➢ Klastr WOLF struktura, pravidla používání, správci, učebna 1.18, lokální a vzdálený přístup ➢ Prerekvizity účty na klastru WOLF ➢ Probírané okruhy C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -3-organizace Organizace výuky C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -4-0. organizace Harmonogram semestru Výuka: 14. února 2022 - 20. května 2022 Zkouškové období: 23. května 2022 - 1. července 2022 Celkový počet odpřednášených hodin: 14 x 2 hodiny = 28 hodin Zakončení: kolokvium (3 kredity) Celková hodinová zátěž předmětu: 1 ECTS kredit -> 26 hodin studijní zátěže; 3 kredity -> 2x 26 hodin = 78 hodin studijní zátěže Samostudium, domácí úlohy, příprava na zkoušku: 50 hodin Prezenční forma výuky Prezenční výuka: 28 hodin Účast na cvičení je povinná. Jsou povoleny dvě dopředu omluvené absence. C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -5-organizace Zakončení předmětu ➢ Odevzdávají se vypracované úkoly řešené v hodinách cvičení ve formě stručného souhrnu. Souhrn bude obsahovat jméno, datum vypracovaní, čísla řešených úkolů a výsledek (typicky vytvořený obrázek nebo snímek vytvořeného materálu). ➢ Dále se odevzdává závěrečný projekt, který je vhodné vypracovávat průběžně během semestru. Může se jednat o plakátové sdělení (poster) či prezentaci z vlastních nebo převzatých dat. Vytvořený materiál bude student prezentovat v poslední hodině cvičení. Ln.Cm.Uk číslo lekce číslo cvičení číslo úkolu C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -6-organizace Klastr WOLF C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -7-0. organizace Učebna 1.18 ➢Učebna s 23 PC ➢Uspořádaní do výpočetního klastru Učebna je volně přístupná studentům, kteří pracují na projektech v NCBR, a dále studentům, kterým v daném semestru v učebně probíhá výuka. Bezpečnost práce! https://wolf.ncbr.muni.cz Základní informace: C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -8-0. organizace Struktura klastru WOLF wolf wolf03 wolf23wolf02 pracovní stanice vyučujícího univerzitní síť pracovní stanice studentů (výpočetní uzly)server/čelní uzel Operační systém: Ubuntu 20.04 (Focal) LTS (http://www.ubuntu.com/) 0.18 1.18 wolf32wolf31 0.18 wolf01 switch výpočetní uzly Místnosti: 0.18 Serverovna C04/UKB 1.18 Počítačová učebna C04/UKB Všechny uzly jsou přístupné přímo z veřejné sítě. Doména: ncbr.muni.cz zakázáno se přihlašovat wolf33 C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -9-0. organizace Pravidla používání Klastr WOLF je určen výhradně pro účely výuky či pro vědeckou práci v rámci Národního centra pro výzkum biomolekul. Závazná jsou pravidla užívání počítačové sítě Masarykovy univerzity: https://is.muni.cz/auth/do/mu/Uredni_deska/Predpisy_MU/Masarykova_univerzita/Smernice_MU/SM10-17/ Klastr WOLF je vysloveně zakázáno používat pro: ➢ stahování nelegálního obsahu (autorsky chráněná díla apod.) ➢ rozesílání virů, spamů, nevyžádané pošty a podobných materiálů ➢ prolomení ochrany jiných počítačů ➢ čtení, mazaní či změnu nechráněného obsahu souborů jiných uživatelů Přihlašovací jméno a heslo tvoří identitu uživatele a proto ji zásadně nesdělujeme třetím osobám, neukládáme či zasíláme (např. e-mailem) v nešifrované formě! C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -10-0. organizace Pravidla používání .... Na klastru WOLF je dále vysloveně zakázáno: ➢ spouštět úlohy na čelním uzlu (wolf.ncbr.muni.cz) ➢ spouštět úlohy kdekoliv v domovském adresáři (obzvláště datově náročné úlohy) ➢ spouštět úlohy na pracovních stanicích v průběhu výuky (pokud není povoleno vyučujícím) Časově delší úlohy je nutné spouštět pomocí dávkového systému. Bližší informace v C2115 Praktický úvod do superpočítaní. C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -11-organizace Správci klastru Než kontaktujete správce, konzultujte svůj problém s vaším kolegou, vyučujícím nebo školitelem. Pokud problém nevyřešíte, oznamte problém správcům e-mailem na support@lcc.ncbr.muni.cz Ve zprávě uveďte ➢ Popis problému, název příkazu ➢ Jméno uživatele, stroje ➢ Kopie chybového výstupu (celý od zadání příkazu) C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -12-organizace GNOME Desktop nastavení, odhlášení Standardní aplikace Dock (běžící aplikace, často používané aplikace) Terminal vyhledat aplikaci, např. "terminal" C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -13-organizace Vzdálený přístup na klastr WOLF Na klastr WOLF je možné přistupovat vzdáleně: • v příkazovém režimu (ssh, scp, Putty) • v grafickém režimu • vzdálená plocha (zabezpečené VNC) • export X11 displeje Návody pro přístup z MS Windows, macOS, či Linuxu jsou uvedeny v samostatných prezentacích. Protože budeme převážně pracovat s grafickými aplikacemi, doporučuji zprovoznit vzdálený přístup pomocí vzdálené plochy. C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -14-0. organizace Ukázka vzdálené plochy Spuštění VNC serveru, terminál je možné ukončit Spuštění VNC prohlížeče gimpVzdálená plocha Ubuntu GNOME desktop Vzdálená plocha Ubuntu GNOME desktop MS Windows Vzdálená plocha: VNC na uzlu wol04 C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -15-organizace Prerekvizity C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -16-organizace Prerekvizity - účty ➢ Účet na klastru WOLF https://wolf.ncbr.muni.cz ▪ založení účtu ▪ reset hesla, prodlužování platnosti účtu ▪ obsazení učebny ▪ dokumentace C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -17-organizace Probírané okruhy C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii a biochemii -18-0. organizace ➢ Publikování vědecko-technických dat ➢ Reporty/Protokoly/Souhrnné zprávy ➢ Prezentace ➢ Bakalářské/Diplomové/Disertační práce ➢ Články a publikační proces ➢ Primární a sekundární data ➢ Evidence a archivace dat, surová data ➢ Zpracovávání dat (obrázky, grafy, …) ➢ Citace ➢ Primární a sekundární literární zdroje ➢ Citační managery (Zotero, …) ➢ Prezentace 3D molekulárních struktur ➢ VMD, Pymol, Chimera ➢ Blender ➢ 3D tisk ➢ Prezentace 2D molekulárních struktur ➢ ChemSketch ➢ Ketcher ➢ XDrawChem ➢ Kompozice obrazových dat ➢ Inkscape (vektorová grafika) ➢ GIMP (rastrová grafika) ➢ Vytváření dokumentů ➢ MS Office ➢ Libre Office ➢ LaTeX (overleaf) ➢ Vytváření grafů ➢ gnuplot ➢ matplotlib ➢ tabulkové kalkulátory ➢ Vytváření 3D modelů molekulárních struktur ➢ Nemesis ➢ Avogadro ➢ Sázení matematických rovnic ➢ MS Office ➢ Libre Office ➢ LaTeX (overleaf)