Požadavky na samostatné prezentace

• cca 10-15 stránek
• 20 minut
• stručně uvést k čemu daná metoda slouží
• nebo demonstrovat vybranou metodu na publikovaném problému
  

Okruhy pro samostatné prezentace

• Kvantově-chemické metody
  
  • ab initio metody
  • DFT metody
  • CPMD
  • Hybridní QM/MM
  • Modelování excitovaných stavů
    
• Empirické metody
  • Polarizovatelné silové pole
  • EVB (metoda empirických valenčních struktur)
  • ReaxFF
• Modelování solventu
  • Poisson-Boltzman
  • 3D-RISM
    
• Molekulové simulace
  • Metody výpočtu volných energií (MetaDynamika)
  • Simulace za konstantního pH
  • Termostaty a barostaty
  • Statistika (chyby v MD simulacích)
• Modelování biomolekulárních systémů
  • propKa
  • Modeller
    
  • Alphafold
  • Virtuální screening
    
• Monte-Carlo simulace