Projekty
E5728
Jaro 2023

GEO databáze
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/advanced
Graphical user interface, text, application, email Description automatically generated

GEO databáze
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/advanced
Diagram Description automatically generated

GEO databáze
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/advanced
Graphical user interface, text, application, email Description automatically generated
Jak vybrat projekt:
-Téma, kterému rozumíte (jasný dizajn)
-
-Maximálně 20 vzorků (z výpočetních důvodů)
-
-Vhodná platforma (viz níže)
-
-Nejlépe porovnání skupin (a v každé skupině min. 3 biologické – ne technické – replikáty)
-

Informace o projektu
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE202536
Graphical user interface, text, application, email Description automatically generated
Typ platformy
Co si všímat dál v popisu projektu:
Existující publikace - pomůže Vám porovnat výsledky
Má základní data!

Graphical user interface, text, application, email Description automatically generated
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL570
Informace o platformě:
Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array
Jak vybrat platformu?
-Nejlépe Affymetrix nebo cDNA
-Nejlépe zavedenou (již je tady několik let) - viz status – pak již existují standardní metody
analýzy a balíky pro zpracování
-Ale musí být pravidelne udržována (viz description a pravidelné update)
-
-Nejlépe s hodně vzorky a datovými soubory (samples and series)

Doporučené parametry
1.Projekt na lidech nebo myších
2.Platforma Affymetrix nebo cDNA - čím více projektů je na platformě, tím lépe (nevybírat extra
vzácné nebo extra nové platformy)
3.Expresní data  transkriptom
4.Maximálně 20 vzorků, pokud více, nutno vybrat podskupinu vzorků – pak ale problém s bodem 4
5.Jasný a pochopitelný dizajn (něco, čemu rozumíte)
6.Existující publikace (pomůže Vám v analýze, můžete porovnat výsledky)
7.Má základní (raw) data a klinické informace

Jak stáhnout data
1.Přímo z webu
2.
2.
2.S pomocí Bioconductoru
3.
3.
A picture containing background pattern Description automatically generated