Předpříprava

Šesté cvičení se bude skládat ze dvou nezávislých částí – kvantitativní PCR a izolace plazmidů.
Pomocí qPCR budeme kvantifikovat množství DNA cytomegaloviru (CMV) v klinickém vzorku (již
purifikovaná DNA, abychom se vyhnuli zdravotnímu riziku). Paralelně budeme izolovat plazmidovou DNA
pomocí komerčního kitu; budeme podrobněji procházet jednotlivé kroky a probírat jeho možné
modifikace.

Cytomegalovirus:

·         Epidemiologie a patofyziologie CMV

o   https://www.youtube.com/watch?v=7HJZFRnVct8&ab_channel=macrophage

·         Histopatologie – mikroskopický průkaz CMV infekce

o   https://www.youtube.com/watch?v=Daz7gH0kYY0&ab_channel=WashingtonDeceit

o   hlavně části v 2:22 a 3:22

qPCR:

·         Princip metody

o   https://www.youtube.com/watch?v=1kvy17ugI4w&ab_channel=NewEnglandBiolabs

·         Analýza dat

o   https://www.youtube.com/watch?v=vc823HKfYDI&ab_channel=ThermoFisherScientific

o   stačí po 1:15

·         Zjistěte, prosím, rovnici pro výpočet efektivity qPCR reakce

Plazmid je malá, často kružnicová, molekula DNA převážně u bakterií. Replikace probíhá nezávisle na
chromozomu. Pro hostitelskou buňku nejsou nezbytné, ale často přináší nějakou konkurenční výhodu,
např. rezistenci k antibiotiku/ům. Nesou jen několik málo genů. Jsou často využívány pro
laboratorní genovou manipulaci.

Plazmidy:

·         Příprava k diskusi:

o   I v genomu se můžou nacházet elementy, které nejsou pro hostitelskou buňku nezbytné, ale můžou
pro ni být výhodné. Jaké to jsou? Liší se nějak charakteristiky těchto genů v genomu a na plazmidu?

o   Který krok při izolaci plazmidové DNA je podle Vás nejkritičtější a proč? Jak bychom ho mohli
vylepšit? Využijte zkušenosti s izolací bakteriální genomové DNA. Vyberte pouze jeden krok. (Tip –
neexistuje jediná správná ani špatná odpověď.)

o   Co si myslíte o této modifikaci tradičního protokolu purifikace plazmidů? (jen abstrakt)
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0160509