Fylogeografie Studuje pomocí molekulárních markerů příbuznost mezi jedinci jednoho druhu v různých částech areálu Historie druhu v geografickém kontextu Další pohled na migraci, relikty refugia, taxonomii, původnost… Často kombinace s klimatickými a migračními modely i paleoekologickými daty Fylogeografie • Časté otázky • Glaciální refugia současné bioty • Migrační koridory • Původ izolovaných lokalit (relikty vs. přirozené výsadky) • Změny genomu variability v prostoru a čase • Vliv disperzních vlastností taxonu na genetickou strukturu • Organelární DNA (hlavně chloroplastová cpDNA - haplotyp) • maternální dedičnost • bez rekombinace • variabilita vzniká jen mutacemi (bodové, délkové) • nejčastěji zkoumány nekódující úseky • Jaderná DNA Metody • AFLP – štěpení celkové DNA restrikčním enzymem a porovnání fragmentů • Amplified Fragment Length Polymorphism • DW index – zastoupeních vzácných fragmentů, míra odlišnosti populace od ostatních • RFLP – délková variabilita fragmentů cpDNA po štěpení restrikčním enzymem • Restriction fragment length polymorphism • Mikrosatelity – krátké repetitivně sekvence v cpDNA a jejich variabilita • Haplotypová variabilita – nekódující úseky cpDNA a jejich variabilita Metody Pinus sylvestris Cheddadi et al. 2006 3 haplotypy mtDNA Krascheninnikovia ceratoides Adenophora liliifolia Vaculná et al. 2021 Stepní druhy cpDNA haplotypy Willner et al. 2021 cpDNA haplotypy Willner et al. 2021 Atriplex tatarica Haplotypy cpDNA Hodková et al. 2019 Hordelymus europaeus Dvořáková et al. 2010 cpDNA haplotypy Hacquetia epipactis Urbaniak et al. 2018 AFLP + DW Cyclamen purpurascens Slovak et al. 2012 AFLP Rosa pendulina Fér et al. 2007 5 cpDNA haplotypů Lonicera nigra Daneck et al. 2011 AFLP DW index Polygala chamaebuxus AFLP Pinus mugo Zukowskia & Wahowiak 2017 Gentiana pannonica DW index uvnitř populací DW index v rámci celého datasetu Ekrtová 2014 AFLP Swertia perennis Rhododendron ferrugineum Suchan et al. 2018 AFLP • Reliktní a velmi vzácný druh s disjunktivním areálem • Bílé Karpaty, Rumunsko, Ukrajina • Květnaté louky Pedicularis exaltata Pedicularis exaltata ? = Carex agastachys • Carex pendula agg. • dva druhy + široká přechodná zóna C. pendula C. agastachys Míguez et al. 2018 Trichomanes speciosum Schuller et al. 2022 Kryptická invaze – Puccinelia distans Kúr et al. 2023