C2110 Operační systém UNIX a základy programování U02: Desktopové prostředí -1C2110 Operační systém UNIX a základy programování Petr Kulhánek kulhanek@chemi.muni.cz Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Kamenice 5, CZ-62500 Brno PS/2022 Prezenční forma výuky: Rev5 U02: Desktopové prostředí C2110 Operační systém UNIX a základy programování U02: Desktopové prostředí -2Desktopové prostředí ➢ GNOME ➢ standardní aplikace ➢ příkazová řádka ➢ vědecko-technické aplikace C2110 Operační systém UNIX a základy programování U02: Desktopové prostředí -3GNOME - Standardní aplikace Vyhledávání Hlavní menu Firefox firefox webový prohlížeč Chrome google-chrome webový prohlížeč LibreOffice libreoffice textový editor (Writer), tabulkový kalkulátor (Calc), prezentace (Impress) Gimp gimp editor rastrové grafiky Inkscape inkscape editor vektorové grafiky Okular okular prohlížeč PDF dokumentů Evince evince prohlížeč PDF dokumentů jméno příkazu, který spouští aplikaci v příkazové řádce C2110 Operační systém UNIX a základy programování U02: Desktopové prostředí -4Přizpůsobení rychlého přístupu C2110 Operační systém UNIX a základy programování U02: Desktopové prostředí -5Cvičení 1 1. Spusťte program Gimp pomocí menu prostředí GNOME. V programu nakreslete domeček jedním tahem. Vzniklé trojúhelníky vyplňte různými barvami. 2. Spusťte program Inkscape. V programu nakreslete vlajku české republiky. Zkuste odhadnout principiální rozdíl mezi programy Inkscape a Gimp. 3. Spusťte program LibreOffice. V tabulkovém kalkulátoru zobrazte průběh funkce sinus v rozsahu 0 až 360˚. C2110 Operační systém UNIX a základy programování U02: Desktopové prostředí -6- Terminály Příkazová řádka je přístupná přímo z textových terminálů. V grafickém prostředí X11 je nutné spustit vhodnou aplikaci emulující textový terminál: ➢ gnome-terminal (Terminal) ➢ konsole (Konsole) ➢ xterm (XTerm) xterm konsole jednoduché, standard na všech UNIXových systémech Výchozím adresářem je: /home/username jednoduché, přitom značně konfigurovatelné gnome-terminal C2110 Operační systém UNIX a základy programování U02: Desktopové prostředí -7Příkazová řádka [kulhanek@wolf ~]$ jméno uživatele jméno počítače aktuální adresář (~ znamená domovský adresář /home/username) Prompt - typ uživatele / výzvy ($ běžný uživatel, # super uživatel, další možné %, >) místo pro příkaz Příkaz se vykoná zmáčknutím klávesy Enter. Kopírování textu: Ne pomocí Ctrl+C! Pro kopírování textu z terminálu stačí text označit, pro následné vložení stiskněte kolečko (prostřední tlačítko) myši. Automatické doplňování: zmáčknutím klávesy Tab (tabulátor) se interpret příkazové řádky snaží dokončit rozepsané slovo. Doplňují se jména příkazů, cesty a jména souborů (pokud jeden stisk nic nevyvolá, existuje více možností doplnění, opakovaný stisk je zobrazí). Historie: pomocí kurzorových šipek nahoru a dolů lze procházet seznamem již zadaných příkazů. Příkaz z historie lze znovu použít nebo upravit a upravený použít. Historie je přístupná i příkazem history. C2110 Operační systém UNIX a základy programování U02: Desktopové prostředí -8Správce souborů !!!! nepoužívat !!!! Těžko na cvičišti – lehko na bojišti. Během cvičení, pokud není řečeno jinak, používejte výhradně příkazovou řádku. V superpočítačových centrech nejsou většinou grafické rozhranní dostupná. OK Správci souborů: GNOME: nautilus KDE: dolphin C2110 Operační systém UNIX a základy programování U02: Desktopové prostředí -9Vědecko-technické aplikace Přehled dostupných aplikací: $ module $ module versions pymol Přehled dostupných verzí modulu: Aktivace modulu: $ module add pymol Spuštění aplikace z modulu pymol $ pymol Vědeckotechnické aplikace, které jsou instalovány v několika verzích (verze aplikace, typ kompilace, paralelní verze), jsou dostupné ve formě modulů. Před použitím aplikace je nutné příslušný modul aktivovat. $ module add pymol:2.2.0.0 číslo verze se od jména modulu odděluje dvojtečkou aktivuje výchozí verzi modulu zadává se do příkazové řádky, text se píše bez znaku $ jméno modulu a aplikace nemusí být stejné $ module help pymol Dokumentace k modulu: C2110 Operační systém UNIX a základy programování U02: Desktopové prostředí -10Cvičení 2 Pracujte v terminálu: 1. Z terminálu spusťte program Inkscape. Do příkazové řádky napište „inkscape“ a zmáčkněte Enter. 2. Co se stane pokud napíšete „Inkscape“? 3. Zobrazte všechny dostupné moduly. 4. K čemu slouží modul pymol? 5. Zkuste spustit program pymol bez aktivace modulu. Co se stane? 6. Aktivujete module pymol a spusťte program pymol. 7. V programu otevřete PDB strukturu 2O8B (File > Get PDB). 8. K čemu slouží modul nemesis? 9. Aktivujte modul „nemesis“ a spusťte program nemesis. 10. V programu namodelujte molekulu kyseliny octové a proveďte optimalizaci její geometrie.