KURZ ZÁKLADŮ PROTEOMIKY
ČASOVÝ ROZVRH:
PONDĚLÍ C02/2.11
8:30 - 8:35 Zahájení praktika (Dr. Hejátko)
C02/2.11
8:35 – 8:45 Úvod do experimentální části (přednášky)
8.35 – 8:40 Příprava vzorku pro MS: SP3, obohacení fosfopeptidů
MS analýza (Dr. Šedo)
8:40 – 8:45 Rekombinantní proteiny (Dr. Pekárová)
C02/3.39
8:45 – 9:15 Exprese rekombinantních proteinů – zaočkování expresní kultury
E26/116
9:15 – 11:00 Příprava vzorku: SP3
11:00 – 11:30 Vyřezání gelu pro in-gel digesci
11:30 – 12:30 OBĚD
C02/3.39
12:30 – 13:15 Exprese rekombinantních proteinů – indukce
E26/117
13:30 -14:45 Příprava vzorku: in-gel digesce
15:00 -15:30 Ukončení digesce proteinů na SP3.
ÚTERÝ
E26/117
9:00 – 9:30 Ukončení přípravy vzorku pro LC-MS/MS analýzu (SP3, in-gel
digesce, obohacení fosfopeptidů), nasazení vzorků do autosampleru
a začátek LC-MS/MS analýzy.
9:30 – 10:30 Obohacení fosfopeptidů.
.
10:45 – 12:15 C02/3.39
Příprava 1-D gelu (SDS i nativní PAGE)
12:15 – 13:15 OBĚD
C02/1.21
13:15 – 16:00 Struktura proteinů, proteomické databáze
(Dr. Klumpler, Dr. Dopitová)
STŘEDA
C02/3.39
8:30-13:00 Purifikace rekombinantních proteinů pomocí metalochelatační
afinitní chromatografie
Demonstrační chromatografie – FPLC
PAGE analýza rekombinantních proteinů – příprava vzorků
- SDS-PAGE analýza
Stanovení koncentrace proteinů metodou dle Bradforda
ČTVRTEK C02/3.39
8:00 – 9:30 Skupina 1-3
Nativní PAGE analýza – nanesení vzorků na gel
8:00 – 9:30 Skupina 4-7
E26/116
Analýza proteomu – identifikace proteinů metodou MALDI-TOF
MS
9:30 – 11:00 Skupina 4-7
Nativní PAGE analýza – nanesení vzorků na gel
9:30 – 11:00 Skupina 1-3
E26/116
Analýza proteomu – identifikace proteinů metodou MALDI-TOF
MS
C02/3.39
11:10 – 12:30 Ukončení nativní PAGE – aktivitní barvení (MUG)
- Western blotting
12:30 – 13:30 OBĚD
C02/3.39
13:30 – 16:30 Western blotting
Analýza obrazu – densitometrie. software pro vyhodnocování 1D gelů
(vyhodnocení čistoty purifikovaných proteinů)
PÁTEK C02/1.21
8:00 – 10:00 Vyhodnocení výsledků LC-MS/MS a MALDI-TOF MS analýz
C02/2.11
10:00 – 10:30 “dodělávky“, konzultace, vypracování a odevzdání protokolů
10:30 Kolokvium
Cvičící (legenda):
Příprava pro MS Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D.
Ing. Renata Holánková
MS analýza Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D.
Struktura proteinů Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D.
Exprese a purifikace rekombinantních proteinů Ing. Blanka Pekárová, Ph.D
Dohled nad laboratoří a přípravou materiálu Ing. Eliška Kadlecová