Adaptivní introgrese u vlků
E4013: Týmový projekt z Matematické biologie a biomedicíny – biomedicínská
bioinformatika
Natália Martínková
RECETOX, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita
N. Martínková ·E4013: černé vlky · 1 / 6
Adaptivní introgrese u vlků
N. Martínková ·E4013: černé vlky · 2 / 6
Hybridizace vlků se psy
V Severní Americe mají vlci často černou srst
Černé zbarvení zřejmě způsobuje delece kodonu v genu CBD103 (Anderson et al.
2009. Science)
Alela s delecí má původ u psů
Severoamerické vlky ale v jiných částech genomu nemají signál pro křížení se psy
Černí vlci sa objevují i v jiných částech světa – Irán, Itálie, Francie
N. Martínková ·E4013: černé vlky · 3 / 6
Zadání
Černí vlci zřejmě získali mutaci, která způsobuje melanizmus,
hybridizací se psy. Cílem projektu je pomocí
polarizace genomů nalézt introgrese v okolí
genu CBD103, které potvrzují hybridizaci vlků se psy.
N. Martínková ·E4013: černé vlky · 4 / 6
Postup
Zjistit, kde se v genomu vlka a psa vyskytuje gen CBD103
Stáhnout data o jednonukleotidových polymorfizmech vlků a psů pro daný
chromozom z databáze iDOG
Převést dostupná genotypová data do formátu vhodného pro metodu polarizace
genomu diem
Polarizovat genomická data (Baird et al. 2023)
Zobrazit polarizovaný úsek chromozomu s genem CBD103 a interpretovat možné
introgrese u vlků nebo psů
N. Martínková ·E4013: černé vlky · 5 / 6