Složení mikrobiomu u BRAF pozitivních nádorů kolorekta
Eva Budinská
eva.budinska@recetox.muni.cz, D29/113
•Mutace protoonkogenu BRAF, důležitého člena MAPK/ERK signální dráhy regulující růst a proliferaci
buněk, se objevuje u nemetastazujících nádorů (15% KRK) •V600E, kdy je valin na pozici 600
aminokyseliny zaměněn za kyselinu glutamovou, vede ke stálé aktivaci BRAF proteinu a ten pak
nereaguje na fyziologickou regulaci a ve většině případů ani na léčbu inhibitory EGFR •Pacienti
mají horší prognózu a včasné odhalení nádoru s touto mutací může prodloužit dobu jejich přežití
u
E4013 Týmový projekt z Matematické biologie a biomedicíny – biomedicínská bioinformatika (jaro
2024)

BRAF positive populace
•Popovici et al. 2012 vytvořil klasifikátor založený na genové expresi
•Pacienti, kteří nebyli BRAFmut, ale na základě klasifikátoru byli označování jako
BRAFmut (BRAFpos) vykazovali podobné rysy jako BRAFmut

Hlavní kroky projektu:
1.Nastudovat si mikrobiomová data z 16S rRNA sekvenování a WMGS 2.Nastudovat si regresní modely a
vícerozměrné statistické metody a jejich aplikace v R 3.Popsat rozdíly v diverzitě a ve složení
mikrobiomu z nádorových stěrů mezi BRAFmut/BRAFpos/BRAFwt 4.Zjistit, zda se jednotlivé skupiny liší
složení mikrobiomu ve stolici
5.Výsledky vizualizovat a interpretovat
Je mikrobiom BRAFpos nádorů podobný mikrobiomu nádorů BRAFmut?