Projekty
E5728
Jaro 2024
Doporučené parametry
1. Projekt na lidech nebo myších
2. Platforma Affymetrix nebo cDNA - čím více projektů je na
platformě, tím lépe (nevybírat extra vzácné nebo extra nové
platformy)
3. Nedoporučujeme více než 100 vzorků, pokud více, nutno vybrat
podskupinu vzorků – pak ale může být problém s bodem 4
4. Jasný a pochopitelný dizajn (něco, čemu rozumíte)
5. Existující publikace (pomůže Vám v analýze, můžete porovnat
výsledky)
6. Má základní (raw) data a klinické informace
GEO databáze https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/advanced
GEO databáze https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/advanced
GEO databáze
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/advanced
Jak vybrat projekt:
- Téma, kterému rozumíte
(jasný dizajn)
- Maximálně100 vzorků
(z výpočetních důvodů)
- Vhodná platforma (viz
níže)
Informace o projektu
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE202536
Typ platformy
Co si všímat dál v popisu
projektu:
Existující publikacepomůže
Vám porovnat
výsledky
Má základní data!
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL570
Informace o platformě:
Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array
Jak vybrat platformu?
- Nejlépe Affymetrix nebo cDNA
- Nejlépe zavedenou(již je tady několik let) - viz
status – pak již existují standardnímetody
analýzya balíky pro zpracování
- Ale musí být pravidelneudržována (viz
description a pravidelnéupdate)
- Nejlépe s hodně vzorky a datovými soubory
(samples and series)
Jak stáhnout data
1. Přímo z webu
2. S pomocí Bioconductoru