1
Petra Vašíčková
pvasickova@sci.muni.cz
Molekulární epidemiologie ve virologii
potravin
Molekulární epidemiologie
2
• Snaha o dosledování vehikula/zdroje kontaminace
• Potvrzení/vyvrácení epidemiologických souvislostí
• Porovnání sekvencí genomu virových agens prokázaných u lidí × prostředí × potravin
• NoroNet × referenční sekvence
Molekulární epidemiologie
➢ Dosledování zdroje kontaminací, vehikula
➢ Porovnání sekvencí specifických oblastí genomu prokázaných agens → potvrzení × vyvrácení
zdroje
3
4
Molekulární epidemiologie
• Celogenomové sekvenování – klinický materiál (vysoká virová nálož)
• Sekvenace specifických oblastí genomu - vzorky prostředí (nízké koncentrace virů)
• https://www.rivm.nl/en/hevnet
• https://ictv.global/sg_wiki/hepeviridae/orthohepevirus
Tamura K, Stecher G, and Kumar S (2021)
MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics
Analysis version 11. Molecular Biology and
Evolution 38:3022-3027.
Molekulární epidemiologie
5
• Dominance NoV GII
NoV GI
NoV GII
G1
G2
G4
G3
• Lidské izoláty
• Prase domácí
▲Prase divoké,
volnost
▀ Prase divoké, obory
Molekulární
epidemiologie