Humánní klinická mikrobiologie: Úvod pro studenty PřF hlavně pro obor Obecná biologie (ostatní se přizpůsobí) Ondřej Zahradníček Dnes máme na programu n Co je to humánní klinická mikrobiologie n Co je to laboratoř klinické mikrobiologie (hlavně bakteriologie), jak funguje a proč funguje právě tak, jak funguje n Které jsou lékařsky významné mikroby a kterými metodami je zkoumáme Humánní klinická mikrobiologie n Je to průnik množiny všelijakých mikrobiologických aplikací a množiny lékařských oborů. n Pro lékaře jsme příliš mikrobiologičtí. Pro „pořádné mikrobiology“ jsme příliš načichlí felčařinou n Veterináři nám nadávají (a mají někdy pravdu), že si myslíme, že klinická mikrobiologie je jen humánní. Co nás zajímá n Podrobněji to bude v další části, ale ve zkratce: humánní klinická mikrobiologie se skládá z lékařské bakteriologie, lékařské virologie, lékařské mykologie a lékařské parazitologie. To odpovídá čtyřem hlavním skupinám lékařsky významných mikrobů (mlčky se tváříme, že priony neexistují) Proč si budeme hrát hlavně s bakteriemi n Na viry, houby a parazity máte samostatné předměty, i když některé z nich jsou volitelné n Houby a paraziti, při vší úctě, způsobují relativně méně onemocnění člověka než viry a bakterie n Zabývat se viry je obtížné a zatím to nemá zpravidla příliš velký praktický dopad Proč je méně klinických virologů než bakteriologů n Mnohá virová onemocnění (hlavně dětská) se projevují typickými klinickými příznaky a nevyžadují laboratorní diagnostiku n Mnohá virová onemocnění se neléčí kauzálně, tj. léčí se pouze příznaky. Je-li tomu tak, není nutno bezpodmínečně znát původce. n Virologická diagnostika je obtížnější a dražší a proto se pro ni rozhodujeme jen když je opravdu pádný důvod Jak je organizována laboratoř klinické bakteriologie n Příjem vzorku. Dobrý primář se pozná podle toho, že ví, že právě příjem je nejdůležitější součástí laboratoře. n Vlastní bakteriologické vyšetření. Je-li jeho součástí kultivace, trvá 1 až 10 dní, dle požadovaného spektra n Expedice výsledku v takové formě, aby umožnila správnou interpretaci Cíle mikrobiologického vyšetření n Zjištění mikrobiálního agens n přímo (prokážeme mikroba, jeho součást či produkt ve vzorku; v případě izolačních metod sem patří i identifikace kmene) n nepřímo (prokážeme protilátky, které si makroorganismus vytvořil jako odezvu na antigenní výzvu n Jen někdy též: zjištění in vitro citlivosti mikrobiálního agens na antimikrobiální látky (kultivovatelné bakterie a houby) Rozdíl mezi klinickou bakteriologií a bakteriologickým výzkumem n Badatel má relativně dost času. Když mu to dlouho trvá, nikdo na něj vztekle neřve do telefonu. n Badatel na druhou stranu musí diagnostikovat přesně. Klinickému mikrobiologovi jeho klienti rádi odpustí, pokud bakterii určí jen rodově či skupinově, jen když to rychle. n Klinika (zvláště chirurga) ostatně skoro vůbec nezajímá, jak se ta potvora jmenuje, ale výhradně, jaký „mycín“ nebo „cilín“ má pacientovi podat. Rozdíl mezi klinickou mikrobiologií a klinickou biochemií – 1 n Doba biochemického stanovení závisí převážně na organizaci práce v.biochemické laboratoři n Doba mikrobiologického vyšetření závisí převážně na tom, jak rychle se těm potvůrkám uráčí vyrůst; sebeúpornější a sebezavilejší ortoped či doktor z ARK jim nedokáže poručit Rozdíl mezi klinickou mikrobiologií a klinickou biochemií – 2 n Biochemik (ale i serolog) pracuje takto: n Stanovení 1 `a výsledek 1 n Stanovení 2 `a výsledek 2 n Stanovení 3 `a výsledek 3 n Bakteriolog pracuje jinak: n Vzorek `a metoda `a podle výsledku případně kupa dalších metod `a možná časem i nějaký výsledek n Bakteriologie se mnohem hůř automatizuje Rozdíl mezi klinickou mikrobiologií a klinickou biochemií – 3 n Dalším rozdílem jsou i typy vzorků. Biochemici pracují téměř výhradně se sérem, plazmou a močí. Mikrobiolog u nepřímého průkazu rovněž pracuje se sérem. U přímého průkazu je však nutno použít vzorek odpovídající lokalizaci mikroorganismu Typy vzorků n Tekuté a kusové materiály se zasílají zpravidla ve sterilních nádobkách různého tvaru a velikosti. Může to být krev, moč, mozkomíšní mok a různé jiné tělní tekutiny n Výtěry a stěry se zasílají zpravidla zanořené do tramsportní půdy, nejčastěji Amiesovy n Zvláštní případy: zaslání sklíčka s.nátěrem, speciální odběrové soupravy (hemokultury) aj. Algoritmy n Bakteriologické vyšetření je ve své podstatě algoritmus. Je podobné kriminalistice – postupně se zužuje okruh podezřelých, až je pachatel usvědčen. (A jako v kriminalistice, i zdemohou nastat justiční omyly) Časový faktor n V „den 0“ obvykle pouze přijde vzorek. Provést lze leda mikroskopii, přímý průkaz antigenu ve vzorku či průkaz DNA n V „den 1“ či „den 2“ je k dispozici výsledek primokultivace. Když je podezřelý nebo pozitivní, pokračuje diagnostika do dalšího dne n Negativní výsledky se expedují v „den 1“ nebo „den 2“, pozitivní v „den dva až „den 5“ podle situace Den 0. (přijatá stolice) Negativní výsledek je za 48h Pozitivní za 72h a déle Přehled klinicky významných bakterií n Nejdůležitější grampozitivní koky: n Staphylococcus: S. aureus, koaguláza-negativní stafylokoky n Streptococcus: hemolytické, viridující, streptokoky bez hemolýzy (gamahemolytické) n Enterococcus: E. faecalis, E. faecium dtto 2 n 1.1.3.2 Nejdůležitější grampozitivní tyčinky: n Listeria, Corynebacterium, Bacillus (ten je sporulující, tj. tvoří spory) n 1.1.3.3 Nejdůležitější gramnegativní koky: n Neisseria (N. gonorrhoeae – „gonokok“, N. meningitidis – „meningokok“, „ústní“ neisserie) n Moraxella catarrhalis – také Branhamella catarrhalis dtto 3 n Nejdůležitější gramnegativní tyčinky: n Enterobakterie: obligátní patogeny: Salmonella, Shigella, Yersinia; oportunní patogeny: Escherichia coli, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Proteus, Providencia, Morganella, Serratia, n Gramnegativní nefermentující tyčinky (popř. i kokotyčinky, event. koky): Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter, Burkholderia, Stenotrophomonas n Ostatní: Haemophilus Pasteurella (rány po pokousání psem); Campylobacter, Helicobacter; Vibrio (např. V. cholerae); Legionella, Bordetella Francisella dtto 4 n Nejdůležitější anaeroby: n Clostridium (C. tetani, C. botulinum, C. difficile, C. perfringens a jiná tzv. „klostridia plynatých snětí) – grampozitivní sporulující tyčinky n Actinomyces – původce aktinomykózy n Ostatní anaeroby většinou působí ve směsi. Např. (Propionibacterium) (Peptococcus), (Bacteroides, Prevotella, Fusobacterium) či koky (Veillonella) gramnegativní. dtto 5 n Nejdůležitější spirochety: n Treponema, Borrelia, Leptospira n Nejdůležitější z ostatních bakterií: n Mycobacterium (M. tuberculosis, M. leprae), Mycoplasma (M. pneumoniae, M. hominis), Ureaplasma (U. urealyticum), rickettsie, chlamydie Ostatní klinicky významné mikroby n Klinicky významné viry patří mezi obalené i neobalené, DNA i RNA viry n Rovněž klinicky významné mikromycety patří do různých taxonomických skupin. n Humánní parazité mohou být protozoa, Nematoda, Trematoda, Cestoda, a ektoparazité – členovci n Podrobněji bude probráno později Prozatím děkuji za pozornost